I'm currently struggling with this one as well.<br><br>An added little problem, is the 3T scanner needs a little bit of 'dead time' just before beginning with a new volume scan. That is, if the TR of the EPI is set to 'shortest possible' on the scanner. Then you'd have to optimize for the amount of dead time just before a volume, and then place your triggers.
<br><br>Once the triggers are 'somewhat correctly' placed in this way (taking into account a little bit of 'dead time' just before a new volume, the oversampling (stage 1) in the fmrib (with matlab's interp function) together with slice alignment should take care of mis-placement of slicetriggers... i think.
<br><br>But... i'm not overly confident if this is indeed the case! <br><br><br>Regards,<br>Johan<br><br><br><br><br><br><br><br><br> <div class="gmail_quote">On Jun 15, 2007 8:52 PM, Stefan Debener <<a href="mailto:s.debener@uke.uni-hamburg.de">
s.debener@uke.uni-hamburg.de</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Jenni,<br><br> you need to add event labels and latencies to the 
EEG.event field, eg,:<br><br>evts = length(EEG.event);<br>EEG.event(evts+1).latency = 1234567;<br>EEG.event(evts+1).type = 'tr';<br>EEG = eeg_checkset(EEG);<br><br>You should also run eeg_checkset, which will place the new events at the
<br>correct index in the event field (among other things)...<br><br>However, the problem in your case is that the placement of the TR<br>triggers should be as accuarte as possible. It is therefore better to<br>collect the trigger by reading the TTL from the scanner while recording
<br>the EEG data with a high sampling rate). Even at 5 kHz sampling, a<br>trigger misplaced by just one sampling point will cause problems.<br><br>Best,<br>Stefan<br><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br><br><br>Jennifer Wilson wrote:
<br><br>> Hi,<br>>       I'm hoping that this is an appropriate question for the list...<br>> We are trying to use the FASTR function on the fMRIB plugin to remove<br>> gradient artifacts from ECG data collected from subjects in a 3T
<br>> scanner.  I can't think of any log files that would have the timing<br>> info, so I think I need to make a .txt myself (from scratch) to<br>> specify the timing of each slice.  How does eeglab want this
<br>> information formatted though?   I couldn't find this info on the<br>> tutorials online.  Or has anyone found a different method that works<br>> well?<br>> Thanks!<br>><br>> Jenni Wilson<br>> Cognitive Neuroscience Lab
<br>> Department of Psychology<br>> Emory University<br>><br></div></div>>------------------------------------------------------------------------<br>><br>>_______________________________________________
<br>>eeglablist mailing list <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html
</a><br>>To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>><br><br><br><br>_______________________________________________<br>eeglablist mailing list 
<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>To unsubscribe, send an empty email to 
<a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Johan van der Meer<br>Shackletonstraat 44-III<br>1056 RN A'dam<br>06-22040404