Paul - It should be straightforward for newtimef() to collect a histogram of adjacent alpha-level significant voxels in the surrogate data computed to determine the bootstrap significance threshold. Just collect the number of such contiguous, all-significant patches of the given size and shape. For example,<div>
<br></div><div>'contig', [2 3]  % This would ask for a contiguous 2x3 patch of (freqs,times) to be significant</div><div>                     % at the (separately specified or default) alpha level </div><div><br></div>
<div>The function could also return and/or print out the heuristically determined probability of this in the surrogate data.</div><div><br></div><div>Scott Makeig<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 20, 2008 at 4:19 AM, Kieffaber, Paul <<a href="mailto:kieffaberp@upmc.edu">kieffaberp@upmc.edu</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">








<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">

<div>

<p>I've been looking (so far in vein) for some precedent
or algorithm to determine a reasonable contiguity threshold for time-frequency
analysis.  My understanding is that the zero-masking done by newtimef() is
on a pixel (resel?) by pixel basis, showing only those pixels where the
deviation from baseline is statistically significant.  I'm wondering
if anyone is using the added constraint of a contiguity threshold in order to
mask even those pixels with statistically significant deviations by requiring that
there be multiple consecutive (in time and/or frequency) pixels with
significant deviations before that time-frequency perturbation is considered "significant."
 Two alternatives I'm imagining are: (1)a theoretically determined threshold
in terms of time and frequency (e.g., perturbation must span 50ms and/or 5Hz) that
is independent of the temporal/frequency resolution and (2) an algorithmically
determined threshold that is based on the dimensions of the
time-frequency  matrix (e.g., the joint probability of N consecutive
time-bins and N consecutive frequency-bins is less than alpha).  Any comments, 
recommendations and/or references would be greatly appreciated.</p>

<p> </p>

<p>Thanks!</p>

<p>Paul</p>

<p> </p>

</div>

</div>


<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Scott Makeig, Research Scientist and Director, Swartz Center for Computational Neuroscience, Institute for Neural Computation, University of California San Diego, La Jolla CA 92093-0961, <a href="http://sccn.ucsd.edu/~scott">http://sccn.ucsd.edu/~scott</a>
</div>