<div>Dear Zara,</div><div><br></div>The following paper states exactly how to do this, and demonstrates<div>numerically the advantages of this way of estimating average reference.</div><div>Furthermore, in my own studies I have seen that it improves the </div>
<div>accuracy of topographic maps, which was your original question.</div><div><br></div><div>There is not a new channel per se, so your question on that point need</div><div>not be addressed.</div><div><br></div><div>I have Matlab code for doing this that I might be willing to share. It is</div>
<div>set up to work with EEGLAB data structures, but I have not gotten around</div><div>to making a plug-in for it.  Please contact me in person about that.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Tom.<br><div><br>
</div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; "><p class="title" style="margin-left: 55px; font-size: 0.9em; margin-bottom: 0px; "><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17019635?ordinalpos=4&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum" style="color: rgb(85, 26, 139); ">Spherical splines and average referencing in scalp electroencephalography.</a></p>
<p class="authors" style="line-height: 1em; margin-top: 0.3em; margin-right: 0em; margin-bottom: 0em; margin-left: 55px; font-size: 0.9em; ">Ferree TC.</p><p class="source" style="margin-left: 55px; font-size: 0.75em; line-height: 1em; margin-bottom: 0.35em; margin-top: 0.5em; ">
<span class="journalname" title="Brain topography">Brain Topogr</span>. 2006 Winter;19(1-2):43-52.</p></span><br><div class="gmail_quote">2009/7/2 Zara Bergström <span dir="ltr"><<a href="mailto:zara.bergstroem@med.ovgu.de">zara.bergstroem@med.ovgu.de</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Andrew and list members,<br>
<br>
what you are describing sounds like a bias in the average reference<br>
transform known as the polar average reference effect (PARE, Junghöfer<br>
et al.,1999, see abstract below). Junghöfer et al recommend a particular<br>
method for correcting this bias, described in their paper. I also have a<br>
very large PARE in 64 channel data, and would like to use their method<br>
for correcting it, but I'm a little bit confused about how to implement<br>
that correction in practice.<br>
So, I was hoping that someone on this list might be able to please<br>
explain it?<br>
<br>
In their paper, Junghöfer et al. describe how one can correct for the<br>
PARE by using the scalp electrodes to estimate the potential on the<br>
surface not covered by electrodes using a spherical spline<br>
interpolation, and then computing the average reference for the entire<br>
surface using the results from the interpolation.<br>
<br>
How exactly can I implement this in practice? I'm guessing that it would<br>
involve creating a new "channel" representing the non-sampled area, and<br>
then including that channel in the average reference (so, PARE-corrected<br>
average reference = average of (all scalp channels + interpolated new<br>
channel)). But how can I compute an interpolated channel without<br>
inputting the coordinates of the channel to be computed? And how do I<br>
update the EEGLAB data structure to take into account this new channel<br>
when re-referencing? Will the re-referencing work without channel<br>
coordinates for the new channel?<br>
<br>
Or even better, does anyone know of an already existing EEGLAB function<br>
or plugin (or a MATLAB script) that implements a PARE correction when<br>
re-referencing to an average reference?<br>
<br>
Any comments will be much appreciated!<br>
<br>
Thank you very much in advance,<br>
<br>
Zara<br>
<br>
<br>
Abstract from Junghöfer et al., The polar average reference effect: a<br>
bias in estimating the head surface integral in EEG recording. Clin<br>
Neurophysiol. 1999 110(6):1149-55<br>
<br>
"A reference-independent measure of potential is helpful for studying<br>
the multichannel EEG. The potentials integrated over the surface of<br>
the body is a constant, i.e. inactive across time, regardless of the<br>
activity and distribution of brain electric sources. Therefore, the average<br>
reference, the mean of all recording channels at each time point, may be<br>
used to approximate an inactive reference. However, this<br>
approximation is valid only with accurate spatial sampling of the scalp<br>
fields. Accurate sampling requires a sufficient electrode density<br>
and full coverage of the head's surface. If electrodes are concentrated<br>
in one region of the surface, such as just on the scalp, then the average is<br>
biased toward that region. Differences from the average will then be<br>
smaller in the center of the region, e.g. the vertex, than at the periphery.<br>
In this paper, we illustrate how this polar average reference effect<br>
(PARE) may be created by both the inadequate density and the uneven<br>
distribution of EEG electrodes. The greater the coverage of the surface<br>
of the volume conductor, the more the average reference approaches<br>
the ideal inactive reference."<br>
<br>
<br>
<br>
[Eeglablist] re-refeference?<br>
Andrew Hill andrewhill at <a href="http://ucla.edu" target="_blank">ucla.edu</a><br>
Tue Jun 16 19:01:59 PDT 2009<br>
<br>
    * Previous message: [Eeglablist] Research Assistantship/Fellowship<br>
position available at NIH/WRAIR in Bethesda MD<br>
    * Next message: [Eeglablist] 5th BCI2000 Workshop and Workshop on<br>
Electrocorticography, Oct. 1-3, 2009<br>
    * Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ]<br>
<br>
hello folks,<br>
<br>
i've got a question on data referencing on some .CNT files.<br>
<br>
it seems that using reref to avgref state still shows an inverse<br>
relationship between the (vertex) reference and all (64) electrodes,<br>
getting larger as they get further away from the original common<br>
average reference.<br>
<br>
this data was from a 64-channel recording on a Synamps2 (32-bit).<br>
creating epochs/averages from this data either with linked ears re-ref<br>
or average reference, i still "see" the influence of the reference<br>
near Cz.<br>
<br>
is there any way to correct for this when performing a compute average<br>
reference in EEGLab?<br>
<br>
thanks,<br>
andrew<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Dr. Zara Bergström<br>
<br>
Postdoctoral research fellow<br>
Memory and consciousness research group<br>
Department of Neurology<br>
Faculty of Medicine<br>
Otto von Guericke University Magdeburg<br>
Leipziger Str. 44<br>
39120 Magdeburg<br>
Germany<br>
<br>
Tel. +49 (0)391 6117544<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thomas Ferree, PhD<br>Department of Radiology<br>UT Southwestern Medical Center<br>Email: <a href="mailto:tom.ferree@gmail.com">tom.ferree@gmail.com</a><br>Voice: (214) 648-9767<br>

</div></div>