<div>As you imply, there are issues to be aware of when comparing conditions with vastly different numbers of trials, but I couldn't do the topic justice.</div><div><br></div>To your second point, you could use the Matlab function randperm to make a random index. The following code may not be optimal, but it works, so just as an example:<br>

<div><br></div><div>ind = randperm(max([size(cond1,1),size(cond2,1)]));</div><div>ind = ind(1:min([size(cond1,1),size(cond2,1)]));</div><div><br></div><div>Don't forget to set the state of the rand function before using randperm; e.g., rand('state',sum(100*clock)).</div>

<div><br></div><div>-Matt Mollison</div><div><br clear="all">--<br>Univ. of Colorado at Boulder<br>Dept. of Psychology and Neuroscience<br><a href="mailto:matthew.mollison@colorado.edu">matthew.mollison@colorado.edu</a><br>

<a href="http://psych.colorado.edu/~mollison/">http://psych.colorado.edu/~mollison/</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 31, 2010 at 9:04 AM, Kris Baetens <span dir="ltr"><<a href="mailto:Kris.Baetens@vub.ac.be">Kris.Baetens@vub.ac.be</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Dear colleagues,<br>
<br>
We employ a paradigm which inherently leads to a different number of trials in both our conditions (oddball-like). We have two conditions, one with an average of about 150 trials, the other with about 1500 (artefact-free).<br>


<br>
- Does anybody have research to support my concern that comparing both conditions with the total number of trials may lead to artificial effects due to the different number of trials (and associated variance and "cleanliness" of the gavg's)? (I have seen such things published before.)<br>


- Does anybody know of an easy way to make a random selection of a predetermined number of trials out of the total number in EEGLAB or MATLAB? (Which would allow for selecting an equal number of trials in both conditions.) Obviously, we don't simply want to take the first or last 150 regular trials, since this would possibly lead to erronous conclusions.<br>


<br>
Thank you very much in advance,<br>
<br>
Kris Baetens<br>
Ph.D. fellow of the Research Foundation - Flanders (FWO)<br>
Dept. Experimental and Applied Psychology<br>
Faculty of Psychology and Educational Sciences<br>
Vrije Universiteit Brussel<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote></div><br></div>