<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi there,<br>
    <br>
    we just published a new toolbox (LIMO EEG) which allows to this kind
    of analysis no problem - indeed it deals with any designs :-)<br>
    you will have to analyze each subject (1st level) specifying the 2
    conditions which will allow you to obtain beta parameters (or
    regression coef if you prefer) for each condition (and electrodes
    and time frames). Then perform a second level analysis you can do
    the repeated measure x gp anova on those beta parameters (see
    hierarchical linear model in wikipedia). At this stage our toolbox
    uses bootstrap and spatial-temporal clustering to correct for
    multiple comparisons. Such analysis will tell you if, at the
    population level, you have gp differences, conditions differences
    and interactions (again for all electrodes and time frames if you
    wish).<br>
    <br>
    You can find the toolbox here
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://gforge.dcn.ed.ac.uk/gf/project/limo_eeg/">https://gforge.dcn.ed.ac.uk/gf/project/limo_eeg/</a><br>
    and paper here <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.hindawi.com/journals/cin/2011/831409/">http://www.hindawi.com/journals/cin/2011/831409/</a><br>
    <br>
    Best<br>
    Cyril<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:93DB8219-40CE-497C-A3CC-D8AEE8469C7D@psy.gla.ac.uk"
      type="cite">
      <div><br>
        <blockquote type="cite">
          <div style="word-wrap: break-word;">
            <div>
              <div>
                <blockquote type="cite">
                  <div style="word-wrap: break-word;">
                    <div>2) Non-bootstrap options:  for permutation or
                      parametric, and calculating stats on first and
                      second variable, the matlab window output suggests
                      that I should not be running this type of ANOVA on
                      the parametric/permutation data, e.g.:</div>
                    <div><br>
                    </div>
                    <div>... (2 balanced 1-way ANOVAS and then 4 paired
                      t-tests)</div>
                    <div>4 x 2, unpaired data, computing F values</div>
                    <div>Using balanced 2-way ANOVA<b><i> (not suitable
                          for parametric testing, only bootstrap)</i></b></div>
                    <div>...</div>
                  </div>
                </blockquote>
                <div><br>
                </div>
                <div><br>
                </div>
                <div>You have a mixed design (paired for one variable
                  and unpaired for the other one). Therefore the
                  balanced Anova is not strictly correct (both variables
                  should be unpaired). For permutation, it does not
                  really matter (the ANOVA computation is just a way to
                  compute a combined 2x2 measure - and the pairing of
                  values is preserved based on your settings during the
                  permutation). There is no functions in Matlab to
                  handle this special case to our knowledge, but there
                  is one in "R". Email David Groppe for more info <<a
                    moz-do-not-send="true"
                    href="mailto:dgroppe@cogsci.ucsd.edu">dgroppe@cogsci.ucsd.edu</a>>.</div>
                <div><br>
                </div>
              </div>
              <br>
            </div>
          </div>
          _______________________________________________<br>
          Eeglablist page: <a moz-do-not-send="true"
            href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
          To unsubscribe, send an empty email to <a
            moz-do-not-send="true"
            href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
          For digest mode, send an email with the subject "set digest
          mime" to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr Cyril Pernet,
Academic Fellow
SBIRC fMRI Manager

SFC Brain Imaging Research Center
Division of Clinical Neurosciences
University of Edinburgh
Western General Hospital
Crewe Road
Edinburgh
EH4 2XU
Scotland, UK

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:cyril.pernet@ed.ac.uk">cyril.pernet@ed.ac.uk</a>
tel: +44(0)1315373661
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.sbirc.ed.ac.uk/cyril">http://www.sbirc.ed.ac.uk/cyril</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.sinapse.ac.uk/">http://www.sinapse.ac.uk/</a>
</pre>
  </body>
</html>