Sebastian -<div><br></div><div>Our recent ICA comparison results indicate that AMICA by Jason Palmer at SCCN is the most effective ICA algorithm for EEG (and perhaps beyond). We have been working on an AMICA plug-in (though runica/binica came in 2nd in this test). Jason has been working on a cluster-based implementation since AMICA is also compute-intensive. You may contact him via his website if you'd like to test using it.</div>
<div><br></div><div>Scott Makeig</div><div><br></div><div><div class="gmail_quote">On Sat, Jun 4, 2011 at 8:31 AM, Sebastian Urchs <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebastian.urchs@gmail.com">sebastian.urchs@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div lang="DE" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span style="font-size:11.0pt">Hi,</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">I am setting up a pipeline for multi-subject data preprocessing including ICA on a cluster. Now in order to clean up the data before running ICA I would like to use pop_eegplot() from inside a script that loops through all my subjects. I will then halt the script until the pop_eegplot() window is closed again and run eeg_eegrej() on the marked data-parts. </span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Now my questions are:</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">: First, sliding through a large dataset in pop_eegplot() is not effective at the default displayed timerange. Of course this can be changed manually each time by pointing and clicking but it would be great if I could hand over arguments to pop_eegplot() when it is called that make the displayed time range say 50s. I have not managed to change </span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">“eegplotoptions = { 'winlength', 5, 'events', EEG.event };”</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">arguments from the pop_eegplot.m file itself – could it be that those settings are hardwired into the file?</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">: Second, I am wondering where the arrays with the data marked for rejection are stored within the EEG structure. I would then use this information to call pop_eegrej() in the script which would make the whole rejection process much faster.</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Thanks a lot in advance!</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span></font></p><p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Sebastian,</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Calibri"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">LMU Munich</span></font></p></div></div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Scott Makeig, Research Scientist and Director, Swartz Center for Computational Neuroscience, Institute for Neural Computation & Adj. Prof. of Neurosciences, University of California San Diego, La Jolla CA 92093-0559, <a href="http://sccn.ucsd.edu/~scott" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/~scott</a><br>

</div>