Thank you very much Joe.   I've copied and pasted critical sentences from your message to organize my response.<br><br><br>
"I definitely wouldn't drop the EOG channels until after you've dealt with the EOG artifacts in whatever manner."<br><br>My experimental paradigm is trying to use increased P1 amplitude as a measure of covert attention capture, so during stimulus presentation I do not want any blinks or saccades present at all.  I am primarily using the eye channels to identify blinks and saccades while the stimuli are present on the screen and removing those epochs.  My trials are very very short and I have 1000 of them so I can afford to lose them.  I am going to be doing my data analysis in component space and so won't be using ICA for artifact removal.  <br>
<br>So my goal is simply to clean the data as effectively as I can to prepare it for a single optimal ICA decomposition.  I was originally using the mean of the two mastoids as a reference, but I found that if I switch to the average reference the data appears much cleaner.  While I inspect the data for blinks and saccades, remove bad epochs, and remove bad channels I just want to have the cleanest data to look at as possible.  So in that context and for that purpose, it seems I should just use the scalp electrodes for the average reference?<br>
<br>Since my target component is occipital and I am not using ICA to remove eye artifacts it seems like it is simplest and defensible to just remove the eye channels from the data processing stream once blinks and saccades have been identified and removed.  Does that make sense?<br>
<br><br>"That depends on how high quality the signal from the EOG channels is. In
 this context, "noise" means electrode noise due to poor contact with 
the skin and due to physical displacement of the electrode as opposed to
 unwanted but real electrical fields from either eye movements or from 
background EEG."<br><br>Well thank you for that distinction, that makes a lot of sense and hadn't occurred to me.  It is very possible that the facial electrodes could have been less stable than the scalp electrodes, as the scalp electrodes are plugged in to the cap and the facial electrodes are secured with a sticker, and tend to have more "tug" on them from the way we have the cords set up.  I have no idea.  Obviously they are visibly more noisy, but that of course could be soley because of the real electrical activity in their face.<br>
<br>"I can't see any way that operations like epoching and baseline correction can cause problems for average reference.<br><br>My understanding is that it theoretically would cause problems for the ICA decomposition.  I am basing this on this post that Arnaud made a while ago...<br>
<br><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2008/002539.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2008/002539.html</a><br><br>Specifically he said:<br><br>"<i>>Do I need to reference the data before epoching or can I do so </i><i>after?<
<br></i>
If you do not remove the baseline after epoching, it is equivalent.  
However, if you do, it is not. It only valid to rerefence non-epoched  
data. When you remove the baseline, you introduce some offset in each  
data epoch and for each channel. If there is an EEG/ERP source that  
project linearly to all channels, the linear relationship will be lost  
after baseline removal. We usually do not subtract baseline or use  
long baselines (1 second). Simulations have showed that ICA is  
unstable if the epochs baseline is too short (and baseline is removed  
of course). It is described in more detail in David Groppe's  
conference papers."<br><br>As a matter of fact, since I am interested soley in isolating the P1 I have decided to filter at 1hz based on the logic that this should attenuate the P1 minimally.  Unfortunately there is still drift present in some of my data even with this aggressive filter, so I have also pursued the alterate strategy suggested by David Groppe of taking the mean of the entire epoch and subtracting it to serve as a kind of additional high pass filter.   This does indeed seem to get rid of the remaining drift, and from what I gather should minimally affect the quality of the ICA decomposition.  I am planning on removing the prestimulus average after ICA has been done.<br>
<br><br>"Not sure what you mean by baseline correcting and not epoching though, but agree that it sounds problematic."<br><br>This is a misunderstanding from my vague language I think, I was just referring to the idea that it is the removal of the baseline that is non-optimal for the ICA, not epoching itself.  I meant to confirm that it was a possibility to epoch but NOT remove the baseline, then run ICA, then remove the baseline.<br>
<br><br>"5) If you rereference only the 128 channels and then add in the 4 EOG channels then the data will be badly distorted. "<br><br>I don't believe that I did this but I'm not sure.  What do you mean by add in the eye channels?  I didn't remove them, I simply indicated that they be excluded from the calculation of the average reference.  Is that what you mean?  Or do you mean specifically that it will be problematic for some later process like ICA?  Because if that's the case then it shouldn't matter since I am not planning on including them after I reject epochs containing blinks and saccades (again because I am not using ICA to detect and remove eye artifacts).  For that purpose what I did didn't seem to change things too much.<br>
<br><br>Thanks for all the help.<br><br>-Matthew Stief<br><br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 20, 2012 at 7:24 PM, Joseph Dien <span dir="ltr"><<a href="mailto:jdien07@mac.com">jdien07@mac.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><br><div>1) One question is whether you're re-referencing before or after dealing with the eye blinks etc.  I definitely wouldn't drop the EOG channels until after you've dealt with the EOG artifacts in whatever manner.  Keeping the EOG channels in there during the EOG artifact correction/rejection process can only help.  I normally use ICA to remove eye blinks and deal with other types of artifacts and bad channels before going to average reference to avoid spreading the artifacts around to the other channels.  The high amplitude of the EOG artifacts in the EOG channels can only help.  Think of it as being especially high signal-to-noise (where signal is the blink activity that you're trying to characterize and then remove).</div>
<div><br></div><div>2) Once you've dealt with the major EOG artifacts, then it's less clear whether to keep them or not.  I generally leave them in since with a high-density montage the distinction between an EOG channel and a regular channel is fairly arbitrary (assuming they are all referenced to a common reference channel(s), as you indicated yours are.  I do usually leave the EOG channels out during source analysis since they are more susceptible to signal leakage out the optic tract, which distorts source analysis algorithms that don't account for the presence of the optic tract.</div>
<div><br></div><div>3) Regarding the average reference itself, keep in mind that some of the signal from the EOG activity is going to end up in the other channels anyway (which is why we record EOG channels in the first place) so as far as the average reference goes, the more completely you are characterizing the fields the better.  The flip side is whether you might be keeping more noise than signal.  That depends on how high quality the signal from the EOG channels is. In this context, "noise" means electrode noise due to poor contact with the skin and due to physical displacement of the electrode as opposed to unwanted but real electrical fields from either eye movements or from background EEG.  The latter is also ending up in the other channels so characterizing that real electrical activity is good.</div>
<div><br></div><div>4) I can't see any way that operations like epoching and baseline correction can cause problems for average reference.  Average reference is computed on a timepoint by timepoint basis.  It makes no difference what is happening at other timepoints.  In fact, informally, I've found that you get better results from data that are both epoched and baseline corrected prior to performing ICA for eyeblink correction (this is how my EP Toolkit does it).  This seems to be the case because it helps deal with slow high amplitude variations in the EEG data that can otherwise swamp out the EEG and EOG activity.  Whether this is an issue likely depends on the filter settings and the nature of the equipment (I observed this with an EGI system with a digital .1 high-pass setting).  Been meaning to write up my automated artifact correction algorithm up.  Hope to do so soon.  If you'd like to try it out, it's at: <a href="http://sourceforge.net/projects/erppcatoolkit/" target="_blank">http://sourceforge.net/projects/erppcatoolkit/</a></div>
<div><br></div><div>Not sure what you mean by baseline correcting and not epoching though, but agree that it sounds problematic.</div><div><br></div><div>5) If you rereference only the 128 channels and then add in the 4 EOG channels then the data will be badly distorted.  Don't do it!</div>
<div><br></div><div>Cheers!</div><div><br></div><div>Joe</div><div><div class="h5"><div><br></div><br></div></div></div></blockquote></div>-- <br>_________________________________________________________________<br>Matthew Stief<br>
Human Development | Sex & Gender Lab | Cornell University<br><a href="http://www.human.cornell.edu/HD/sexgender" target="_blank">http://www.human.cornell.edu/HD/sexgender</a><br><br><br>Heterosexuality isn't normal, it's just common.<br>
-Dorothy Parker<br>