Hello Ida,<br><br>The purpose of baseline correction is not to know when the event happened (hopefully you already know that) but to ensure that when you compare data from different epochs or conditions you are controlling for differences that happened prior to the event (and thus are not relevant to the processing of that event). For example, if you have two events that elicited identical ERPs, but one event happened to occur right after a large positive drift whereas the other event happened to occur right after a large negative drift, you would incorrectly conclude that the events elicited different ERPs; by doing baseline-correction you subtract out those irrelevant pre-stimulus differences and avoid making an incorrect conclusion like that.<br>
<br>As for your second question: it is not necessary to use the entire pre-stimulus interval for baseline correction. So it should be fine for you to use for example a [-1000 0] ms baseline even if your epoch is actually bigger than that. <br>
<br>Best,<br>Steve Politzer-Ahles<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 11, 2012 at 1:47 AM, ida miokovic <span dir="ltr"><<a href="mailto:ida.miokovic@gmail.com" target="_blank">ida.miokovic@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Makoto,<br>
<br>
thank you for your answer, it cleared the doubts in my head regarding 
this =). As I understood, the purpose of Baseline Removal is for me/us 
to have better insight when event in observed epoch happened, so the 
value around corresponding marker is expected to be zero. Right?<br>
<br>
I have one more question regarding this - does it matter if I Remove 
Baseline for example (-1000ms to 0ms) if I have epoch that is longer (-4
 secs to 4 secs)? I read in Q&A list Arno's answer regarding similar
 question where he said that ICA can be unstable if the epochs baseline 
is too short, so he suggests longer baselines (i.e 1 sec).<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Ida<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 10, 2012 at 9:45 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Dear Ida,<br>
<br>
The consequence would be that you may not have near-zero potential<br>
at/around time zero (and this time zero which should be an onset of<br>
whatever event). Usually people want to reset their data to zero<br>
microvolt at/around time zero, so they subtract mean of short time<br>
period immediately before it (for example, -200 ms to 0 ms as a<br>
baseline period). Am I answering to your question? If not, let me<br>
know.<br>
<br>
Makoto<br>
<br>
2012/5/10 ida miokovic <<a href="mailto:ida.miokovic@gmail.com" target="_blank">ida.miokovic@gmail.com</a>>:<div><div class="h5"><br>
<div><div>> Hello everyone,<br>
><br>
> Since I do not have experience in eeg signal processing, I am asking you for<br>
> the opinion regarding epoch baseline removal (a window for this pops up<br>
> after I do the data epoching). Epochs I am extracting are quite long: -4<br>
> secs before and 4 secs after Marker of my interest.<br>
><br>
> Why is following suggested in tutorial:<br>
><br>
> "Using the mean value in the pre-stimulus period (the pop_rmbase() default)<br>
> is effective for many datasets, if the goal of the analysis is to define<br>
> transformations that occur in the data following the time-locking events."<br>
><br>
> What are the consequences if I leave the fields in pop up window (Epoch<br>
> Baseline Removal) empty and therefore have the whole epoch used as a<br>
> baseline?<br>
><br>
> Thank you in advance,<br>
><br>
> All the best,<br>
><br>
> Ida<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
</div></div></div></div>> _______________________________________________<br>
> Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
> To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
> For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
> <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<span><font color="#888888"><br>
<br><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
--<br>
Makoto Miyakoshi<br>
JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
</font></span></font></span></blockquote></div><br>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Stephen Politzer-Ahles<br>
University of Kansas<br>Linguistics Department<br><a href="http://www.linguistics.ku.edu/">http://www.linguistics.ku.edu/</a><br>