Since most EEGLAB functionality depends only on platform-independent native Matlab code (i.e. no reliance on precompiled binaries/mex files), any significant differences in the results observed between different operating systems would have be due to core differences in Matlab itself across different OS' and/or Matlab versions. As such, this concern would also necessarily apply to *any* program executed in native Matlab. This would include a fair percentage of simulation and modeling work in physics, biology, engineering, etc. While a growing number of scientists and engineers may be rejecting Matlab due to its high cost relative to competitive free alternatives like Python/SciPy, I haven't heard of people rejecting Matlab due to shoddy cross-platform replicability (although of course some differences in results could occur between OS' and/or Matlab versions due to differences in e.g. BLAS or LAPACK implementations, among other things). So I don't think it's too much of a concern with EEGLAB :)<div>


<br></div><div><div>The 4e-11% difference between Mac/windows and Linux could be due a number of things including slightly different implementations/builds of BLAS or LAPACK libraries (which ship with Matlab and may not be strictly identical for different OS' or Matlab release versions). In any case, a *percent difference* this small is on the order of typical numerical imprecisions, such as rounding errors, that one might expect to encounter (and accumulate) in everyday computing tasks on a single machine. While one should always be careful to ensure one's algorithm is not sensitive to this kind of small numerical imprecision (which is why things like runica() and Matlab filtering ops use double-precision), it's a far cry from the massive differences found in FreeSurfer results across OS'...</div>


<div><div><br></div><div>Tim<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 22, 2012 at 8:57 AM, Arnaud Delorme <span dir="ltr"><<a href="mailto:arno@ucsd.edu" target="_blank">arno@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


Dear all,<br>
<br>
some of you might have heard this distressing news: FreeSurfer, the well known fMRI brain imaging software, gives different results depending on the operating system.<br>
<br>
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22675527" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22675527</a><br>
<br>
Is it the same for Matlab? We have performed basic tests and Matlab numerical computation seems to be relatively OS. We have tested<br>
<br>
A - Matlab 7.8.0.347 (R2009a) on Windows XP<br>
B - Matlab 7.11.0.584 (R2010b) on Mac OS X (Lion)<br>
C - Matlab 7.14.0.739 (R2012a) on Fedora core 3.3.6-3.fc16.x86_64<br>
<br>
We have tested the ERSP time-frequency decomposition function newtimef.m on the EEGLAB epoched tutorial dataset ('eeglab_data_epochs_ica.set'). We have kept all default values.<br>
<br>
A and B were strictly identical. It might be important to note that Windows XP was running on top of Mac OSX in a WMWARE virtual machine so the same Intel processor was being used in both cases. The difference between A/B and C was 4e-11% on average. Still it was not strictly equivalent. This type of difference might become more important for algorithms such as ICA which are iterative. We had noticed for example that ICA should not be run in simple precision or the ICA components would be qualitatively much poorer (EEGLAB forces double precision on the data before running ICA). Any comments or further tests welcomed.<br>



Thanks,<br>
<br>
Arno<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>---------  áíôßëçøç -----------<br>
</div></div></div>