James - <div><br></div><div>I would not suggest epoching the data before ICA decomposition, unless to remove highly irrelevant data periods. I do suggest running binica (on a 64-bit machine) instead of (Matlab) runica -- or still better, AMICA, available from Jason Palmer. You mighty consider downsampling your data to 512. Also, be sure to check that the solution is not 'blowing up' because of insufficient data rank.</div>
<div><br></div><div>Scott Makeig<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 5, 2012 at 5:24 PM, James Schaeffer <span dir="ltr"><<a href="mailto:schaefj3@gmail.com" target="_blank">schaefj3@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


        
        
        
        

<p style="margin-bottom:0in">Dear eeglablist, 
</p>
<p style="margin-bottom:0in">I am running ICAs on 10 minutes of
Biosemi EEG data, collected from 128 channels, and sampled at 2048
Hz. However, the ICAs have been running for a few days without much
progress. Two computers have 8G RAM and an Intel(R) Xeon(TM) CPU
2.80GHz. One has been running an ICA for 6 days and is on step 33;
the other, for 4 days, and is on step 28. Another computer has 12G
RAM and an Intel(R) Xeon(R) CPU 5110 @ 1.60GHz; it has been running
for 3 days and is on step 60. All are running openSUSE 12.1 (x86_64),
with eeglab version 10.2.2.4b. The 'free' command indicates that they
are not using any swap space.  Should it be taking this long? 
Is it possible that we have more than the one copy of the data in ram
or that Matlab or Eeglab has placed something else in ram, or is busy
with other processes? Is there anything I can do to speed up this
process? Any help would be greatly appreciated.</p>

<p>Thanks in advance,<br>James 
</p>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>
-- <br>Scott Makeig, Research Scientist and Director, Swartz Center for Computational Neuroscience, Institute for Neural Computation; Prof. of Neurosciences (Adj.), University of California San Diego, La Jolla CA 92093-0559, <a href="http://sccn.ucsd.edu/%7Escott" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/~scott</a><br>

</div>