<div>Hi James,</div><div> </div><div>I've never run ICA on continuous data so I don't have a feeling for how long yours should be taking; but one thing you can do that I imagine will sped things up significantly is to epoch the dataset, if that is an option for you; my understanding is that, while running ICA on continuous data is the best, you can still get acceptable decompositions from epoched data if your epochs are big enough and not too noisy.</div>
<div> </div><div>There are also some other algorithms available, like fastica and binica, that are supposed to be faster; I've never tried them so I'm not sure what the other consequences of using those rather than runica might be.</div>
<div> </div><div>Best,</div><div>Steve<br><br></div><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 6, 2012 at 8:24 AM, James Schaeffer <span dir="ltr"><<a href="mailto:schaefj3@gmail.com" target="_blank">schaefj3@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote">


        
        
        
        

<p style="margin-bottom:0in">Dear eeglablist, 
</p>
<p style="margin-bottom:0in">I am running ICAs on 10 minutes of
Biosemi EEG data, collected from 128 channels, and sampled at 2048
Hz. However, the ICAs have been running for a few days without much
progress. Two computers have 8G RAM and an Intel(R) Xeon(TM) CPU
2.80GHz. One has been running an ICA for 6 days and is on step 33;
the other, for 4 days, and is on step 28. Another computer has 12G
RAM and an Intel(R) Xeon(R) CPU 5110 @ 1.60GHz; it has been running
for 3 days and is on step 60. All are running openSUSE 12.1 (x86_64),
with eeglab version 10.2.2.4b. The 'free' command indicates that they
are not using any swap space.  Should it be taking this long? 
Is it possible that we have more than the one copy of the data in ram
or that Matlab or Eeglab has placed something else in ram, or is busy
with other processes? Is there anything I can do to speed up this
process? Any help would be greatly appreciated.</p>

<p>Thanks in advance,<br>James 
</p>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Stephen Politzer-Ahles<br>
University of Kansas<br>Linguistics Department<br><a href="http://www.linguistics.ku.edu/">http://www.linguistics.ku.edu/</a><br>