Hi Josh,<br><br>While there's no way to do difference topoplots from the user interface (as far as I know), the input to topoplot() is just a vector of amplitudes (1 measurement for each channel), and thus it can be done straightforwardly from the command line. If you have your two conditions (could be single-subject or grand average data), and put the data from each one into a variable, like<br>
<br><div style="margin-left:40px">condition1 = EEG.data;<br>...<br>condition2 = EEG.data;<br></div><br>Then you can subtract them:<br><br><div style="margin-left:40px">diff = condition1-condition2;<br></div><br>And get a mean over some particular time window:<br>
<br><div style="margin-left:40px">mean_to_plot = mean(diff(:,starttime:endtime),2);<br></div><br>Then you can feed "mean_to_plot" to topoplot(), along with whatever other parameters you want.<br><br>The details will of course vary depending on the format of your data, how you have grand averages saved or not, etc. But I can send you a sample of the code I used for my data if you like.<br>
<br>Best,<br>Steve Politzer-Ahles<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 3, 2012 at 10:17 PM, Joshua Hartshorne <span dir="ltr"><<a href="mailto:jkhartshorne@gmail.com" target="_blank">jkhartshorne@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I have been trying to plot difference waves (well, really difference topoplots) in EEGLab. Since there didn't appear to be any way to actually do this, I thought I'd get around the problem by exporting the data, computing the condition averages, subtracting the one condition from the other, and then reimport in order to then plot.
<div><br></div><div>Unfortunately, importing has not bee working. I followed several examples in the wiki, including the one for Matlab arrays which gives and example involving made-up data (<a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/A01:_Importing_Continuous_and_Epoched_Data#Importing_a_Matlab_array" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/A01:_Importing_Continuous_and_Epoched_Data#Importing_a_Matlab_array</a>) but invariably get the following error:</div>


<div><br></div><div><div>eeg_checkset warning: 3rd dimension size of data (1) does not match the number of epochs (0), corrected</div><div>eeg_checkset warning: number of columns in data (25600) does not match the number of points (0): corrected</div>


<div>eeg_checkset note: upper time limit (xmax) adjusted so (xmax-xmin)*srate+1 = number of frames</div></div><div><br></div><div>When I plot the data, it ignores anything I told it about where the epoch starts (e.g., -0.2) and starts the epoch at 0 regardless. And when I edit channel info, it says there is only 1 channel, even though it's happy to plot all the channels. </div>


<div><br></div><div>Does anybody have any idea what might be happening?<br><br>Josh Hartshorne</div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Stephen Politzer-Ahles<br>
University of Kansas<br>Linguistics Department<br><a href="http://www.linguistics.ku.edu/">http://www.linguistics.ku.edu/</a><br>