I see,<br><br>However, I guessed that already actually but is good to know that s the right way. Thank you so much.<br>About
 the running the ICA. I ran the ICA on epochd data, sinche on the forum I
 saw people sayig it does not matter (e.g. ICA agnostic).<br>
I ran:<br>first ICA<br>utilities to reject epochs based on ICA analysis (unstereotyped artifcats)<br>second run ICA<br>visually removing bad component (hopefully containing stereotyped artifact such as blinks etc)<br><br>

<br>is that bad?<br><br>Why I need to run the ICA with the option pca afterwards? any idea?<br><br>Thank you<div class="yj6qo ajU"><div id=":1v" class="ajR" tabindex="0"><img class="ajT" src="https://mail.google.com/mail/images/cleardot.gif"></div>
</div><br><br>On Wed, Oct 10, 2012 at 9:01 PM, Tarik S Bel-Bahar <span dir="ltr"><<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<div>Greetings Massimiliano,</div><div><br></div><div>I am not sure if this is the most complete response, but hopefully this will help you a little. </div>
<div>I think that the "amount of data changed" in the tutorial text you sent </div>

<div>refers to "how many ICs" have been removed. It should be modified and expanded to be a bit more clear.</div><div><br></div><div>Perhaps an expert on the list has a better idea, but it seems that if you had</div>



<div>256 channels, and then ran ICA normally, and then removed 4 ICs, then you are left with 252 ICs but 256 channels.</div><div>If you run ICA again using the data and ICs that are left, </div><div>as per the tutorial instructions, you should then set PCA to 252, so that ICA generates the correct number of ICs.</div>



<div>it should then deliver 252 ICs in the new ICA decomposition.</div><div><br></div><div>Note that the above suggestion assumes (as per the tutorial)</div><div>that you are not epoching the data after dropping the ICs and that you are not epoching the data before doing your second ICA.</div>



<div><br></div><div>Note that you cannot hurt anything by trying a few different ICA runs. It's better to make some mistakes</div><div>and familiarize yourself with the processing.</div><div><br></div><div>Please also check the eeglab list archives for a variety of conversations about number of ICs,</div>



<div>and the best ways to run ICA under various conditions, and for various needs.</div><div><br></div><div>Bocca di lupe!</div>