Yes, temporal z-normalization will generally change the voltage topography, since each electrode's mean voltage (DC offset) is removed and each electrode's voltage has been independently rescaled by a different quantity. <div>

<br></div><div>Note that we are not describing *spatial* z-normalization, which, for a given time point, is equivalent to performing a common average reference (subtracting spatial mean from each electrode) followed by rescaling all electrodes by the same quantity (spatial stdev). This will preserve relative voltage between pairs of electrodes within a constant factor (pairwise voltage difference is also rescaled by the spatial stdev) -- and, if data is already CAR, does not affect pairwise voltage ratios.<div>

<br></div><div>In any case, I can't see why one would want to temporally normalize before plotting voltage maps.</div><div><br></div><div>Tim</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 7, 2012 at 3:01 PM, Iman M.Rezazadeh <span dir="ltr"><<a href="mailto:irezazadeh@ucdavis.edu" target="_blank">irezazadeh@ucdavis.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Hi,<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">So, I have one question here:<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">If you normalize the data using zscore , then at each time point the topography of original data and normalized one will be different since for topo map the voltage of adjacent electrodes are also important? <u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Could you please clarify more …<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Best,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Iman<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d">Iman M.Rezazadeh, PhD<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d">Postdoctoral Research Fellow<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d">Center for Mind and Brain<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d">University of California, Davis<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d"><a href="mailto:irezazadeh@ucdavis.edu" target="_blank"><span style="color:blue">irezazadeh@ucdavis.edu</span></a><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d">Cell:<a href="tel:310-490-1808" value="+13104901808" target="_blank">310-490-1808</a><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1f497d">Skype: Imanmr<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a> [mailto:<a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Edward Justin Modestino<br>

<b>Sent:</b> Tuesday, November 06, 2012 6:50 AM<br><b>To:</b> Tim Mullen<br><b>Cc:</b> EEGLAB List<br><b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] How to save the normalized data that we see in scroll data display?<u></u><u></u></span></p>

<div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Yes, this code works:<br><b>normdata = zscore(EEG.data,0,2);<br>EEG.data = normdata;</b><u></u><u></u></p><div>

<p class="MsoNormal">On Mon, Nov 5, 2012 at 9:07 PM, Tim Mullen <<a href="mailto:mullen.tim@gmail.com" target="_blank">mullen.tim@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">As I posted earlier, <span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">it's simple to compute:</span><u></u><u></u></p>

<div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">normdata = zscore(EEG.data,0,2);<u></u><u></u></span></p>

</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">No need to reshape, etc. This will normalize each channel and each epoch independently.<u></u><u></u></span></p>

</div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Tim<u></u><u></u></span></p>

</div></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Fri, Nov 2, 2012 at 11:23 AM, Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">Dear Edward,<br><br>> Error: Expression or statement is incorrect--possibly unbalanced (, {, or [.<br><br>Oops. The line must be<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><br>tmp = reshape(EEG.data, [size(EEG.data, 1) size(EEG.data, 2) *<u></u><u></u></p>

</div><p class="MsoNormal">size(EEG.data, 3) ]);<br><br>The last parenthesis was missing.<br>By the way I learned a shortcut for it yesterday, and<br><br>tmp = EEG.data(:,:);<br><br>should also work.<br><br>Makoto<br><br>

<br>2012/11/2 Edward Justin Modestino <<a href="mailto:edward.modestino@gmail.com" target="_blank">edward.modestino@gmail.com</a>>:<br>> Makoto,<br>> I need to be able to get this working as well. I tried it and got the<br>

> following error.<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">><br>><br>>>> tmp = reshape(EEG.data, [size(EEG.data, 1) size(EEG.data, 2) *<br>> size(EEG.data, 3) ];<br>> tmp = zscore(tmp, 0, 2);<br>

> tmp = reshape(tmp, size(EEG.data));<br>> EEG.data = tmp;<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">> ??? tmp = reshape(EEG.data, [size(EEG.data, 1) size(EEG.data, 2) *<br>>                                                                   |<br>

> Error: Expression or statement is incorrect--possibly unbalanced (, {, or [.<u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">><br>><br>> On Thu, Nov 1, 2012 at 1:21 PM, Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>><br>

> wrote:<br>>><br>>> Dear nabaraj,<br>>><br>>> Check out the function zscore.<br>>> If your data are epoched, then the code should be something like<br>>><br>>> tmp = reshape(EEG.data, [size(EEG.data, 1) size(EEG.data, 2) *<br>

>> size(EEG.data, 3) ];<br>>> tmp = zscore(tmp, 0, 2);<br>>> tmp = reshape(tmp, size(EEG.data));<br>>> EEG.data = tmp;<br>>><br>>> This should normalizes each channel.<br>>><br>>> Makoto<br>

>><br>>> 2012/10/29 nabaraj dahal <<a href="mailto:nabarajdahal@gmail.com" target="_blank">nabarajdahal@gmail.com</a>>:<br>>> > Dear list member,<br>>> > I wish to save the normalized data of all channels for further<br>

>> > processing.<br>>> > Is there any way I can save the normalized data of all channels that we<br>>> > see<br>>> > in scroll data display?<br>>> > I would be grateful for you help.<br>

>> ><br>>> > Best Regards,<br>>> > Nab<br>>> ><br>>> > _______________________________________________<br>>> > Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>

>> > To unsubscribe, send an empty email to<br>>> > <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>>> > For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>

>> > <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>>><br>>><br>>><br>>> --<br>>> Makoto Miyakoshi<br>>> JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>

>> Swartz Center for Computational Neuroscience<br>>> Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>>> _______________________________________________<br>>> Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>

>> To unsubscribe, send an empty email to<br>>> <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>>> For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>

>> <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>><br>><br>><br><br><br>--<br>Makoto Miyakoshi<br>JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>_______________________________________________<br>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>

To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><u></u><u></u></p>

</div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div><p class="MsoNormal"><br><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p></div></div>

<p class="MsoNormal">---------  αντίληψη -----------<u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br><br clear="all"><br>-- <br>Edward Justin Modestino, Ph.D.<br>Neuroscientist/Faculty<br>

Atlantic University<u></u><u></u></p></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>---------  αντίληψη -----------<br>
</div>