Dear Jay,<div><br></div><div>FDR goes liberal only when you sufficiently amount of significant results. Imagine a guy who is nice to rich guys but mean to poor guys... FDR is like that.</div><div><br></div><div>Multiple comparisons on time-frequency maps are always pain in the neck. I haven't tried it yet, but I heard the current EEGLAB supports cluster-level statistics that should address the problem better. If you haven't tried it yet please do (and let us know how it works!)</div>

<div><br></div><div>Makoto</div><div><br><div class="gmail_quote">2013/1/13 J. L. Sanguinetti <span dir="ltr"><<a href="mailto:sanguine@email.arizona.edu" target="_blank">sanguine@email.arizona.edu</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hello,<div><br></div><div>I'm using EEGLAB v11 to run permutation statistics on a 2x2 design. I'm correcting for multiple comparisons with both the FDR and Bonferroni methods. As I understand those corrections, Bonferroni should be more conservative and less sensitive. FDR should be the opposite: less conservative but more sensitive. </div>


<div><br></div><div>When I run the analysis (using 1000 permutations), the output suggests that FDR is (much) more conservative than Bonferroni. For now assume my hypothesis is about an N400, I'm only using Cz, and I've constrained my time window to 250 ms to 500 ms. If I do not set the alpha level, then I get a flat line for the interaction graph (meaning p-values do not move from 1) with the FDR. However if I run the same exact analysis with Bonferroni on, then I get some significant points almost down to .01 in my interaction graph.</div>


<div><br>The same is true for the 1x2 plots that also come up--Bonferroni shows greater p-values than FDR in the N400 time range. I've also tried Holms (in v12), which gives me almost identical outputs to Bonferroni (although Holms should also be more sensitive than Bon).</div>


<div><br></div><div>Am I misunderstanding? Asking another way, which correction is most appropriate for ERP data with a constrained time window?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jay<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all">

<div><br></div>
-- <br>-- <br>J. L. Sanguinetti <br>Graduate Student<br>University of Arizona <br><a href="http://tegestologist.googlepages.com" target="_blank">http://tegestologist.googlepages.com</a><br><br>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>

-- <br>Makoto Miyakoshi<br>JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
</div>