Dear Jason,<div><br></div><div>Here is a query for you.</div><div><br></div><div>Dear Cortney,</div><div><br></div><div>Why don't you try pcsquash()/pcexpand() to run PCA dimension reduction manually first and feed the data to AMICA?</div>

<div><br></div><div>Makoto<br><br><div class="gmail_quote">2013/3/12 Cortney Bradford <span dir="ltr"><<a href="mailto:jcbrad@umich.edu" target="_blank">jcbrad@umich.edu</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

We are interested in using using the PCA parameter when running AMICA (amica11).<div><br></div><div>sample of the parameter settings:</div><div><div><br></div><div>data_dim 229</div><div>doPCA 1</div><div>
pcakeep 150</div><div><br></div><div><br></div><div>AMICA seemed to run fine, but produced an ICA weights matrix that is 150x150 and sphere matrix that is 229x229. This becomes a problem when we try to compute the activations using the following equation, due to the matrices being different sizes. </div>


</div><div><br></div><div><pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font face="courier" color="blue"><b>activations = weights*sphere*(input_data - row_means);</b></font></font></font></font></font></font></pre>


<pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font face="courier" color="blue"><b><br>


</b></font></font></font></font></font></font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,221)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Are we doing something wrong in setting parameters or is this a bug?</font></pre>


<pre style="background-color:rgb(255,255,221)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,221)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thank you,</font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,221)">

<font face="arial, helvetica, sans-serif">J. Cortney Bradford</font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,221)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Post-doc</font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,221)">

<font face="arial, helvetica, sans-serif">University of Michigan</font></pre><pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font face="courier" color="blue"><b><br>


</b></font></font></font></font></font></font></pre><pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font color="#dd6a66"><font color="#000000"><font face="courier" color="blue"><b><br>


</b></font></font></font></font></font></font></pre><pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial;white-space:normal"><br></span></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,221)">

<br></pre><pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial;white-space:normal"><br></span></pre><pre style="color:rgb(221,106,102);background-color:rgb(255,255,221)">

<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial;white-space:normal"><br></span></pre></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>

-- <br>Makoto Miyakoshi<br>JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
</div>