Dear Imali,<div><br></div><div>No, your dipoles are not coregistered correctly. Redo the head modeling.</div><div><br></div><div><span style="font-family:Arial,sans-serif">>Their selected activations are in visual, mid central and left motor cortex. Therefore I was looking at selecting components 1, 8, 10, 16, 17,18, 22, 23,25 for the connectivity analysis.</span><br>

<br>This seems fine.</div><div>Always remember that the more ICs you include, the more difficult it is for SIFT to model the network well. If you don't see good results in modeling, try to reduce the number of ICs (though 9 ICs should be fine).</div>

<div><br></div><div>Makoto<br><br><div class="gmail_quote">2013/3/21 IMALI THANUJA HETTIARACHCHI <span dir="ltr"><<a href="mailto:ith@deakin.edu.au" target="_blank">ith@deakin.edu.au</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">







<div lang="EN-AU" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear Makoto,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Things have been held up on our own data collection as there has been amendments for the ethics approval.  <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Therefore I decided to go ahead with some available real data for my connectivity analysis. I downloaded and had a good exploring on the   animal/distractor task data available on
<a href="http://sccn.ucsd.edu/~arno/fam2data/publicly_available_EEG_data.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/~arno/fam2data/publicly_available_EEG_data.html</a> .
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">What I need to do is to identify and extract the ICA activations (source waveforms) of the components that look like neural activity for this visual categorisation task.  I initially looked at the ICA maps for the subject ‘cba’ on the ‘animal’
 task (cbaanimal.set) and the the component maps are as follows;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span><img border="0" width="574" height="478" src="cid:image001.png@01CE26FE.7BAD59B0"></span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">However when I looked at the dipole locations also available with the data set, the 1^stdipole corresponding to the 1^st ICA component was in the attached figure. This was a bit confusing as the component 1 clearly is a bilateral occipital dipole.  <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p><u></u><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><span>1.)<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">   
</span></span></span><u></u><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">Do you see any reason for this? And/or what can I do to fix this?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p><u></u><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><span>2.)<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">   
</span></span></span><u></u><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">Also accordin to the first published work on this data set
<br>
<br>
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif"">Delorme, A., Rousselet, G., Mace, M., Fabre-Thorpe M. Interaction of Bottom-up and Top-down processing in the fast visual analysis of natural scenes<i>. Cognitive Brain Research</i>, 103-113.
<a href="http://www.sccn.ucsd.edu/%7Earno/mypapers/DelormeCBR2003.pdf" target="_blank">
Author's PDF</a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif"">Their selected activations are in visual, mid central and left motor cortex. Therefore I was looking at selecting components 1, 8, 10, 16, 17,18, 22, 23,25 for the connectivity analysis.<u></u><u></u></span></p>


<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif"">Do you think these are reasonable?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif"">I really appreciate any guidance and help that you can give for my analysis.  Thank you very much for your valuable time.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif"">Kind regards<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><u></u><u></u></font></span></span></p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial","sans-serif"">Imali<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><u></u> <u></u></span></b></p>
</font></span></div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Makoto Miyakoshi<br>JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>


</div>