Dear Arno,<div><br></div><div>I'm not sure about these details, though I would image that EEGLAB permutation simply shuffle labels across all conditions. Could you give us explanations?</div><div><br></div><div>Makoto<br>

<div><div><br><div class="gmail_quote">2013/3/27 Aleksandra Vuckovic <span dir="ltr"><<a href="mailto:Aleksandra.Vuckovic@glasgow.ac.uk" target="_blank">Aleksandra.Vuckovic@glasgow.ac.uk</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Can somebody explain me how Permutation test works for ANOVA (and 2 way ANOVA).<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="text-align:justify;text-autospace:none">

This is what I found in Blair R, Karniski W.. Psychophysiology. 1993;30:518-524 article, we normally reference for their paper for Permutation statistic, but they do no explain this.<span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><u></u><u></u></span></p>

<p style="margin-left:0cm"><u></u> <u></u></p><p style="margin-left:0cm"><i>A Brief Note on Permutation Tests for Agreement of Three or More Confusion Matrices<br><br>To this point, the matrix permutation test has been described within the context of comparing the agreement between two proximity matrices. Hubert (1979a, 1979b) extended this permutation test to three or more proximity matrices. The generation of the complete distribution for the [(n!).sup.Q] possible realizations of the index value is impractical for most n and Q, where Q is the number of matrices. This limitation necessitates the reliance on Monte Carlo sampling methods (i.e., using random number generators) to evaluate the significance of the index. If the statistic is sufficiently extreme with respect to the simulated agreement, then the null hypothesis of no agreement among the matrices is rejected.<u></u><u></u></i></p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:justify;text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="text-align:justify;text-autospace:none">

My question is: <span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:57.8pt;text-align:justify;text-autospace:none"><u></u><span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><span>a.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">     </span></span></span><u></u>do we check all possible options (e.g. if I have three groups then I’ll swap values between 1 and 2, leave 3 unchanged, then between 1 and 3 leave 2 unchanged etc) or we do just a certain percentage of it, and what percentage? <span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left:57.8pt;text-align:justify;text-autospace:none"><u></u><span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><span>b.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">     </span></span></span><u></u>Would bootstrapping for the same analysis be any more reliable?<span style="font-size:9.0pt;font-family:TimesNewRomanPSMT"><u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Many thanks,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Aleksnadra<u></u><u></u></p></div></div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>

-- <br>Makoto Miyakoshi<br>JSPS Postdoctral Fellow for Research Abroad<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
</div></div></div>