<div dir="ltr">Dear Brent,<div><br></div><div>By the way, did you try the memory mapping option on? It slows down the process but should address the memory issue. Let me know if it does not work.</div><div><br></div><div>Makoto</div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-02-12 14:26 GMT-08:00 Brent A. Field <span dir="ltr"><<a href="mailto:bfield@princeton.edu" target="_blank">bfield@princeton.edu</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">






<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">I running a computationally intensive analysis on a high-end cluster, but have been confounded because I periodically hit a Matlab Out of Memory error. The input data has a high sampling rate, has a lot of channels, and is collected over
 a long period. These can be simplified at later stages, but the first step requires inputting roughly a 4 GB continuous data file, with memory requirement far beyond that to actually run the analysis. I won’t go into it, but there is a reason why the data
 needs processed as one block.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">There are other tricks I can try, but one obviously one is just to slim down the input. And fortunately there is some fat I can trim out of input datasets. But it seems that EEGlab deals with this by offering the option to mark data in
 continuous files as irrelevant, not by making a new copy of the dataset which just contains the data of interest. Is this correct?
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Obviously I can write my own function to remove irrelevant sections from the dataset, but I just wanted to check that there wasn’t already some function out there first that chopped data out of EEG datasets.<u></u><u></u></p>


<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks for any thoughts on this matter!<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><u></u><u></u></font></span></p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Brent Field<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</font></span></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>

-- <br><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div>
</div>