<div dir="ltr">Dear Mikolaj and James,<div><br></div><div>Great job Mikolaj!</div><div><br></div><div>I would use RPDC because this is fully normalized so you can use it for any comparison (within subject, between subject, etc).</div>

<div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-02-13 9:24 GMT-08:00 Mikołaj Magnuski <span dir="ltr"><<a href="mailto:imponderabilion@gmail.com" target="_blank">imponderabilion@gmail.com</a>></span>:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p dir="ltr">You can also plot the measures with imagesc if you <br>want to create a customized figure.<br>


The Conn matrices are [to x from x freq x time] <br>(checked yesterday to be sure :) ) so to plot for <br>example first kept IC --> second kept IC one can:<br></p>
<p dir="ltr">% PLOT WITH IMAGESC<br>% change 'your_measure' to your measure of interest, <br>% use abs() or abs().^2 if your data are complex<br>imh = imagesc(squeeze(EEG.CAT.Conn.your_measure(2, 1, :, :))); <br>


<br>% adjust the color scale (imagesc does it by itself <br>% but sometimes you want to have the same scale on all figures)<br>caxis([0, 0.2]); <br>% plot freqs rising from bottom to top<br>set(gca, 'YDir', 'normal'); <br>


<br>% set xdata and ydata so that you see time and <br>% frequency pixel coordinates:<br>wint = EEG.CAT.Conn.erWinCenterTimes; % event related times for window centers<br>set(imh, 'XData', [wint(1), wint(end)]);<br>


set(gca, 'XLim', [wint(1), wint(end)]);<br>freq = EEG.CAT.Conn.freqs;<br>set(imh, 'YData', [freq(1), freq(end)]);<br>set(gca, 'YLim', [freq(1), freq(end)]);<br>clear wint freq</p>
<p dir="ltr">% you can also set the tics, add labels, title, lines etc. but the above is the basic setup<br><br></p><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


<div class="gmail_extra"><div dir="ltr">
</div>
</div>
</blockquote></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>

-- <br><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div>
</div>