<div dir="ltr">Dear Angel,<div><br></div><div>Good skepticism.</div><div>You can run a simple experiment with STUDY to see whether it really subtract the baseline.</div><div><br></div><div>1. precompute ONLY ERP</div><div>

2. set baseline period to a) -200 to 0 ms b) entire epoch length, to see the difference in the end (i.e. after clustering)</div><div><br></div><div>Because here you are only dealing with ERP precompute and clustering should not take too long time.</div>

<div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 29, 2014 at 4:23 AM, Angel Tabullo <span dir="ltr"><<a href="mailto:angeltabullo@yahoo.com" target="_blank">angeltabullo@yahoo.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:bookman old style,new york,times,serif;font-size:14pt"><div>

<span>Thanks for the reply, it was helpful. However: can anyone confirm that the baseline parameter in the "Precompute channel measures" window actually removes the baseline from the data? Because I just assumed it, but could not find it in any tutorial.</span></div>

 <div><br><br></div><div style="display:block"> <div style="font-family:'bookman old style','new york',times,serif;font-size:14pt"> <div style="font-family:HelveticaNeue,'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,'Lucida Grande',sans-serif;font-size:12pt">

 <div dir="ltr"> <font face="Arial"> El Jueves, 28 de agosto, 2014 22:27:51, bjj2909102003 <<a href="mailto:bjj2909102003@163.com" target="_blank">bjj2909102003@163.com</a>> escribió:<br> </font> </div><div><div class="h5">

  <br><br> <div><div><div>
<div><font face="\bookman old style\, \new york\, times, serif"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span></span>Hello,Angel.</span></font></div><div><font face="\bookman old style\, \new york\, times, serif"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Firstly, if you already had baseline correction, it was not necesssary to repeat. And even you repeated it, it did not bring big influences for your data.</span></font></div>

<div><font face="\bookman old style\, \new york\, times, serif"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Secondly,in my opinion,<span> </span><span style="line-height:28px">precompute ERPs was necessary for guys who did not have baseline correction.</span></span></font></div>

<div><font face="\\bookman old style, new york, times\, serif"><span style="line-height:28px">In a word, </span><span style="line-height:28px">precompute ERPs(baseline correction) is
 reasonable!</span></font></div>
<div><br></div><hr style="width:210px;min-height:1px" color="#b5c4df" size="1" align="left">
<div><span>bjj2909102003</span></div>
<blockquote style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.5em"><div> </div><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><div style="padding:8px;font-size:12px;font-family:tahoma;color:rgb(0,0,0);background:rgb(239,239,239)">

<div><b>From:</b> <a rel="nofollow" href="mailto:angeltabullo@yahoo.com" target="_blank">Angel Tabullo</a></div><div><b>Date:</b> 2014-08-27 23:13</div><div><b>To:</b> <a rel="nofollow" href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a></div>

<div><b>Subject:</b> [Eeglablist] baseline correction</div></div></div><div><div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:'bookman old style','new york',times,serif;font-size:14pt;background-color:rgb(255,255,255)">

<div>Hi everyone! I have a doubt regarding how ERP manages baseline correction in individual datasets and study data. </div><div><br></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-size:19px;font-family:'bookman old style','new york',times,serif;font-style:normal;background-color:transparent">

Everytime I epoch individual data, extract the epochs that correspond to each experimental condition and save them in separate datasets, I use the "Remove Baseline" Tool ("rmbase") to sustract the mean value of the prestimulus period from the epochs.  However, EEGLAB offers another instance of baseline removal when precomputing channel measures for STUDY data. When you choose to precompute ERPs,  you can indicate the time window for the baseline correction. My question is: is it necessary to repeat this baseline
 correction step when calculating the grand average with the study data if you already removed baseline mean values from individual epoched data?</div></div></div></div></blockquote>
</div></div><br><br></div>  </div></div></div> </div>  </div> </div></div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>

-- <br><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div>
</div></div>