<div dir="ltr"><div>Dear All,</div><div><br></div><div>I have 32-channel Neuroscan recordings (ca. 1 hr per subject) and am recently trying to use ICA to remove blinks and eye movements from the data (EEGLAB version 12.0.2.4b). After checking out some relevant discussions/wiki pages/tutorials I find myself however still a bit confused (particularly regarding re-referencing, baseline correction, and channels to be included when running ICA) and am having some further questions. I'd really appreciate your help.</div><div><br></div><div>Some essential steps as I understand now involve (pls correct me if I'm wrong):</div><div><br></div><div>1. Reject bad epochs/channels to prune the data.</div><div>(source: <a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA</a> ; <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/workshop06/handout/Practicum_3_ICA_Process.pdf">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/workshop06/handout/Practicum_3_ICA_Process.pdf</a>)</div><div>2. Train ICA firstly on 1 Hz high-pass filtered pruned dataset.<br></div><div>3. Apply ICA weights to the same subject's 0.1 Hz high-pass filtered data and evaluate components.</div><div>(source: <a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2011/004424.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2011/004424.html</a>)</div><div>4. Interpolate bad channels.<br></div><div><br></div><div>I'm however not so clear about:</div><div><br></div><div>1. When to perform base-line correction: <br></div><div>It seems most people suggest not to do it before ICA training based on Groppe's 'split-half' paper: </div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/003080.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/003080.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div>But there are some counterarguments:</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/005513.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/005513.html</a><br></div><div>So I guess it's still better to do it after ICA?</div><div><br></div><div>2. When and how to perform re-referencing:</div><div>It seems I should re-reference to average before ICA, but there seems to be some counterarguments, too:</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008309.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008309.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2003/000090.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2003/000090.html</a><br></div><div><br></div><div>I'm not pretty sure whether to include EOG channels either, as there seems to be pros and cons: <br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2007/001801.html">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2007/001801.html</a></div><div><br></div><div><div>Also is it all right to use average of M1/M2 (mastoid sites) for re-referencing instead? Should M1/M2 be included for ICA training?</div></div><div><br></div><div>Many thanks!</div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><br style="color:rgb(136,136,136)"><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><div><span style="color:rgb(68,68,68)"><div>Paul Yu-Chun Chang</div><div>Graduate School Language & Literature Munich - Class of Language</div><div>Ludwig-Maximilians-Universität München</div><div>Schellingstraße 10</div><div>80799 München, Deutschland</div><div>Email: <a href="mailto:Y.Chang@lipp.lmu.de" target="_blank">Y.Chang@lipp.lmu.de</a></div></span></div></div></div></div>