<div dir="ltr">Dear Makoto,<div><br></div><div>Wow many thanks and I appreciate that!</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Paul</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-30 0:09 GMT+01:00 Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Paul,<div><br></div><div>I made this page for you.</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Preprocess_pipeline" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Preprocess_pipeline</a><br></div><div><br></div><div><span class=""><div>> 1. When to perform base-line correction: <br></div><div>It seems most people suggest not to do it before ICA training based on Groppe's 'split-half' paper: </div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/003080.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/003080.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div>But there are some counterarguments:</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/005513.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/005513.html</a><br></div><div>So I guess it's still better to do it after ICA?</div><div><br></div></span><div>Yes, do it after ICA.</div><span class=""><div><br></div><div>> 2. When and how to perform re-referencing:</div><div>It seems I should re-reference to average before ICA, but there seems to be some counterarguments, too:</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008309.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008309.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2003/000090.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2003/000090.html</a><br></div><div><br></div></span><div>Just re-reference to the average reference. Don't forget to reject one channel after this.</div><span class=""><div><br></div><div>> I'm not pretty sure whether to include EOG channels either, as there seems to be pros and cons: <br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2007/001801.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2007/001801.html</a></div></span></div><div><br></div><div>Do include EOG channels for ICA. I made a wrong answer last time.</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Sat, Oct 25, 2014 at 2:54 AM, Paul Yu-Chun Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:Y.Chang@lipp.lmu.de" target="_blank">Y.Chang@lipp.lmu.de</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div>Dear All,</div><div><br></div><div>I have 32-channel Neuroscan recordings (ca. 1 hr per subject) and am recently trying to use ICA to remove blinks and eye movements from the data (EEGLAB version 12.0.2.4b). After checking out some relevant discussions/wiki pages/tutorials I find myself however still a bit confused (particularly regarding re-referencing, baseline correction, and channels to be included when running ICA) and am having some further questions. I'd really appreciate your help.</div><div><br></div><div>Some essential steps as I understand now involve (pls correct me if I'm wrong):</div><div><br></div><div>1. Reject bad epochs/channels to prune the data.</div><div>(source: <a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA</a> ; <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/workshop06/handout/Practicum_3_ICA_Process.pdf" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/workshop06/handout/Practicum_3_ICA_Process.pdf</a>)</div><div>2. Train ICA firstly on 1 Hz high-pass filtered pruned dataset.<br></div><div>3. Apply ICA weights to the same subject's 0.1 Hz high-pass filtered data and evaluate components.</div><div>(source: <a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2011/004424.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2011/004424.html</a>)</div><div>4. Interpolate bad channels.<br></div><div><br></div><div>I'm however not so clear about:</div><div><br></div><div>1. When to perform base-line correction: <br></div><div>It seems most people suggest not to do it before ICA training based on Groppe's 'split-half' paper: </div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/003080.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/003080.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div>But there are some counterarguments:</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/005513.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/005513.html</a><br></div><div>So I guess it's still better to do it after ICA?</div><div><br></div><div>2. When and how to perform re-referencing:</div><div>It seems I should re-reference to average before ICA, but there seems to be some counterarguments, too:</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008309.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008309.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2003/000090.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2003/000090.html</a><br></div><div><br></div><div>I'm not pretty sure whether to include EOG channels either, as there seems to be pros and cons: <br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2014/008854.html</a><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2007/001801.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2007/001801.html</a></div><div><br></div><div><div>Also is it all right to use average of M1/M2 (mastoid sites) for re-referencing instead? Should M1/M2 be included for ICA training?</div></div><div><br></div><div>Many thanks!</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><br style="color:rgb(136,136,136)"><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><div><span style="color:rgb(68,68,68)"><div>Paul Yu-Chun Chang</div><div>Graduate School Language & Literature Munich - Class of Language</div><div>Ludwig-Maximilians-Universität München</div><div>Schellingstraße 10</div><div>80799 München, Deutschland</div><div>Email: <a href="mailto:Y.Chang@lipp.lmu.de" target="_blank">Y.Chang@lipp.lmu.de</a></div></span></div></div></div></font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><br style="color:rgb(136,136,136)"><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136)"><div><span style="color:rgb(68,68,68)"><div>Paul Yu-Chun Chang</div><div>Graduate School Language & Literature Munich - Class of Language</div><div>Ludwig-Maximilians-Universität München</div><div>Schellingstraße 10</div><div>80799 München, Deutschland</div><div>Email: <a href="mailto:Y.Chang@lipp.lmu.de" target="_blank">Y.Chang@lipp.lmu.de</a></div></span></div></div></div></div>
</div>