<div dir="ltr">Dear Nico,<div><br></div><div><span style="font-family:arial;font-size:13.333333015441895px">> I m still wondering if it's correct or if there is an easiest way?</span><br></div><div><br></div><div>I would not use pop_newtimef() simply because it's slow.</div><div>I still recommend the following solution</div><div>1) band-pass filter</div><div>2) EEG.data = hilbert(abs(EEG.data)); % EEG.data should be 'continuous', check also dimensions!</div><div>3) Epoch the data, use topoplot() </div><div><br></div><div>Makoto</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="font-family:arial;font-size:13.333333015441895px">For now, the only way I found (in theory, I have to try it) to get a topographical plot for a frequency band (let's say alpha 8-12Hz) is to run the pop_newtimef() function and then extract my frequencies of interest from the matrices and to average it for each time point, and to do so with all my 64 channels. Then, plot the values using pop_spectopo() function. I m still wondering if it's correct or if there is an easiest way?</span><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 29, 2014 at 1:28 AM, Nicolas LEBAR <span dir="ltr"><<a href="mailto:nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr" target="_blank">nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-size:13px;line-height:normal;font-family:arial">Hi Rohit and Makoto,<br><br>Thanks for your comments!<br><br>For now, the 
only way I found (in theory, I have to try it) to get a topographical 
plot for a frequency band (let's say alpha 8-12Hz) is to run the 
pop_newtimef() function and then extract my frequencies of interest from
 the matrices and to average it for each time point, and to do so with 
all my 64 channels. Then, plot the values using pop_spectopo() function. I m still wondering if it's correct or if there is an easiest way?<br><br>Regards,<br>Nico<br><br><br><br><div>"Dr.Rohit Tyagi" <<a href="mailto:rohittyagi_2k@rediffmail.com" target="_blank">rohittyagi_2k@rediffmail.com</a>> wrote:<blockquote type="cite"><span class="">Thanks Makoto for your inputs.<br><br>Regards,<br>Rohit<br><br><br><br><br>From: Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>><br>Sent: Fri, 26 Dec 2014 08:42:18 <br>To: "Dr.Rohit Tyagi" <<a href="mailto:rohittyagi_2k@rediffmail.com" target="_blank">rohittyagi_2k@rediffmail.com</a>><br></span>Cc: eeglablist <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>>, Yamil Vidal Dos Santos <<a href="mailto:hvidaldossantos@gmail.com" target="_blank">hvidaldossantos@gmail.com</a>>, Nicolas LEBAR <<a href="mailto:nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr" target="_blank">nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr</a>><div><div class="h5"><br>Subject: Re: [Eeglablist] Topographical plots for frequency band<br><div dir="ltr">Dear Rohit,<div><br></div><div>> is it possible to give a frequency band - say Alpha as average of all frequencies from 8-12Hz ?<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Unfortunately I don';t think GUI supports it unless you read so in the help.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">> But from what Nico said - it seems he wants to plot this information "at a specific time point".</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Band-pass filter, Hilbert transform, and use pop_spectopo() function.</div><div class="gmail_extra"><br>> As far as I know, the frequency domain / power spectral density plot as made by spectopo should give this information about a specific time interval of data - say 1 second/ 10 seconds etc. I don';t think it can be for a particular time point.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Yes.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">> There might be ways to make this time segment shorter, but that would probably be detrimental to the depiction of slower waveforms.<br><br></div><div class="gmail_extra">You can';t cheat the time-frequency trade off.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">> On the other hand, I wonder whether Wavelet based methods will be more appropriate for shorter time segments ?<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I would use the abovementioned method using Hilbert transform since it gives you instantaneous amplitude.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 19, 2014 at 12:10 AM, Dr.Rohit Tyagi <span dir="ltr"><<a href="mailto:rohittyagi_2k@rediffmail.com" target="_blank">rohittyagi_2k@rediffmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi Nico and Yamil,<br><br>In addition to Nicolas'; question and Yamil';s suggestion, I also wanted to know a way to make topographical plots for particular frequency bands. like when using pop_spectopo, instead of giving particular frequency values (like default 6, 11 and 22) is it possible to give a frequency band - say Alpha as average of all frequencies from 8-12Hz ?<br><br>But from what Nico said - it seems he wants to plot this information "at a specific time point".<br>As far as I know, the frequency domain / power spectral density plot as made by spectopo should give this information about a specific time interval of data - say 1 second/ 10 seconds etc. I don';t think it can be for a particular time point. There might be ways to make this time segment shorter, but that would probably be detrimental to the depiction of slower waveforms.<br>On the other hand, I wonder whether Wavelet based methods will be more appropriate for shorter time segments ?<br><br>Regards,<br>Rohit<br><br><br><br>From: Yamil Vidal Dos Santos <<a href="mailto:hvidaldossantos@gmail.com" target="_blank">hvidaldossantos@gmail.com</a>><br>Sent: Tue, 09 Dec 2014 11:24:48 <br>To: Nicolas LEBAR <<a href="mailto:nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr" target="_blank">nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr</a>><br>Cc: eeglablist <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Subject: Re: [Eeglablist] Topographical plots for frequency band<br><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Nicolas,<br></div>The simplest would be to band pass filter the data to your freq range of interest and then you can simply use topoplot.m<br></div><div>As you would be using a rather narrow filter, I recommend you to read this article in order to design a filter that won';;t mess up your data.<br><a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165027014002866" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165027014002866</a><br><br></div>I cannot think of another option, but I';;m interested in the opinion of the community.<br></div>Best,<br>Yamil<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 5, 2014 at 5:57 PM, Nicolas LEBAR <span dir="ltr"><<a href="mailto:nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr" target="_blank">nicolas.lebar@etu.univ-amu.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi all!<br>
<br>
I';;m looking for a way to plot a frequency-band activity (let';;s say average alpha 8-12Hz) for 64 electrodes into a topographical map for each subjects (and eventually on a subject average) at a specific time point. The next step is then to have several of these maps for several chronologically different time point. Is there any option to do this, or a direction I can follow to make a script?<br>
<br>
Thanks a lot for anything that helps.<br>
<br>
Nico<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote></div><br></div>
<br><a href="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><img src="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle&rogue=1716b54fe387786204c5115fd1c9b84babf33ef6"></a><table cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:14px">Get your own <span style="padding:0px 3px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;color:rgb(255,255,255);font-size:12px;background-color:rgb(204,0,0)"><b>FREE</b></span> website,  <span style="padding:0px 3px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;color:rgb(255,255,255);font-size:12px;background-color:rgb(204,0,0)"><b>FREE</b></span> domain & <span style="padding:0px 3px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;color:rgb(255,255,255);font-size:12px;background-color:rgb(204,0,0)"><b>FREE</b></span> mobile app with Company email.  </div></td><td><a href="http://track.rediff.com/click?url=___http://businessemail.rediff.com/email-ids-for-companies-with-less-than-50-employees?sc_cid=sign-1-10-13___&cmp=host&lnk=sign-1-10-13&nsrv1=host" target="_blank"><b>Know More ></b></a></td></tr></tbody></table><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>
<br><a href="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><img src="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></a><table cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:14px">Get your own <span style="padding:0px 3px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;color:rgb(255,255,255);font-size:12px;background-color:rgb(204,0,0)"><b>FREE</b></span> website,  <span style="padding:0px 3px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;color:rgb(255,255,255);font-size:12px;background-color:rgb(204,0,0)"><b>FREE</b></span> domain & <span style="padding:0px 3px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;color:rgb(255,255,255);font-size:12px;background-color:rgb(204,0,0)"><b>FREE</b></span> mobile app with Company email.  </div></td><td><a href="http://track.rediff.com/click?url=___http://businessemail.rediff.com/email-ids-for-companies-with-less-than-50-employees?sc_cid=sign-1-10-13___&cmp=host&lnk=sign-1-10-13&nsrv1=host" style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:14px;color:rgb(0,0,204)" target="_blank"><b>Know More ></b></a></td></tr></tbody></table></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div></div>