<div dir="ltr">Dear Salim,<div><br></div><div>Sorry for slow response.</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif">> for PCA-clustering I removed the noisy ICs and then I preselected ICs which are located in the Sensorimotor cortex, after that I created a STUDY and used a PCA for clustering and ensured each cluster has at most 2 components from the same subject to avoid biasing.</span><br></div><div><br></div><div>Interesting. As long as you choose them by anatomical locations, I believe you are fine.</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif">> and Whether these results are comparable to those of MPT?</span><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">First you have to check how much overlap between MPT-selected ICs and your selections.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">MPT is, to my understanding, a 'similarity filter'. Therefore, I expect that MPT-selected ICs could be more consistent in the selected measure than k-mean clustering (well, you can still tweak the parameters in k-mean clustering so that the result is maximally similar to that of MPT).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Sorry it could be confusing that there are two solutions for the group-level analysis.</div><div class="gmail_extra">By the way, before running MPT I recommend you clean the ICs in the following way (did I tell this to you before? If so excuse me)</div><div class="gmail_extra"><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Backproject_clustered_ICs">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Backproject_clustered_ICs</a><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 26, 2015 at 2:29 AM, Salim Al-wasity <span dir="ltr"><<a href="mailto:salim_alwasity@yahoo.com" target="_blank">salim_alwasity@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255,255,255)"><div dir="ltr">Dears</div><div dir="ltr">As I understood from the following discussion (<a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2013/006353.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2013/006353.html</a>), its not recommended to pre-select the components for a PCA-clustering approach?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I am comparing between the ERSP results of using MPT approach and PCA-clustering approach. In the first STUDY, I used the MPT to cluster the ICs (after removing the noisy ones). and for PCA-clustering I removed the noisy ICs and then I preselected ICs which are located in the Sensorimotor cortex, after that I created a STUDY and used a PCA for clustering and ensured each cluster has at most 2 components from the same subject to avoid biasing. </div><div dir="ltr">Is this technique of pre-selecting ICs based on ROI (Region Of Interest) prior to PCA-clustering is a good way to avoid biasing?  and Whether these results are comparable to those of MPT?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Sincerely</div><span class=""><font color="#888888"><div dir="ltr">Salim</div><div dir="ltr"> </div></font></span></div></div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>