<div dir="ltr"><p dir="ltr">> Awesome, thanks! Is there any advantage to using clean_rawdata's built-in filter vs. ERPlab filter that automatically does DC mean subtraction?</p><p>I have never used ERPlab so hard to say anything. I know clean_rawdata's filter is IIR with no phase shift though.</p><p dir="ltr">> Also, when you say you get better ASR results with SD=20, do you mean for burst criterion or also line noise criterion?<br></p><div class="gmail_extra">burst criterion. You don't need to use line noise criterion if your data is clean. Enter -1 to disable it.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 7, 2015 at 12:21 PM, Kevin Tan <span dir="ltr"><<a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Awesome, thanks! Is there any advantage to using clean_rawdata's built-in filter vs. ERPlab filter that automatically does DC mean subtraction?</p>
<p dir="ltr">Also, when you say you get better ASR results with SD=20, do you mean for burst criterion or also line noise criterion?</p>
<p dir="ltr">Thanks again, this is really helping me a lot!!</p>
<p dir="ltr">–Kevin<br>
--<br>
Sent with Gmail for Android</p><div class=""><div class="h5">
<div class="gmail_quote">On May 7, 2015 2:27 PM, "Makoto Miyakoshi" <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Kevin,<div><br></div><div>> Should I remove DC mean before running ASR? <br></div><div><br></div><div>Yes.</div><div>That is why the high-pass filter process is positioned at the first step in the clean_rawdata(). If DC and slow wave (< 1.0 Hz) are not removed, ASR does not work well. </div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 5, 2015 at 6:14 PM, Kevin Tan <span dir="ltr"><<a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks so much for the response! Much appreciated. <div><br></div><div>I have another question: the BioSemi runs off a battery; "DC mean" has to be removed until the EEG signal looks normal.</div><div><br></div><div>Should I remove DC mean before running ASR? Seems to make a difference in terms of # of blocks ASR cleans.</div><div><br></div><div>Cheers, </div><span><font color="#888888"><div>Kevin</div></font></span></div><div class="gmail_extra"><span><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Kevin Alastair M. Tan</font><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Lab Manager/Research Assistant<br></font><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Department of Psychology & Center for the Neural Basis of Cognition</font></div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Carnegie Mellon University</font></div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://www.google.com/maps/place/40%C2%B026%2729.5%22N+79%C2%B056%2744.0%22W/@40.4414869,-79.9455701,61m/data=!3m1!1e3!4m2!3m1!1s0x0:0x0" target="_blank">Baker Hall 434</a> | <a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a> | <a href="http://tarrlabwiki.cnbc.cmu.edu/index.php/KevinTan" target="_blank">tarrlab.org/kevintan</a></font></div></div></div></div></div></div></div>
<br></span><div><div><div class="gmail_quote">On Tue, May 5, 2015 at 1:43 PM, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Kevin,<span><div><br></div><div>> I'm wondering whether to include EOG and ECG channels in ASR like in traditional ICA? Also, whether to apply ASR before referencing?<br></div><div><br></div></span><div>Yes, for the purpose of consistency. If I understand correctly (I say this because the main algorithm is totally Christian's, and I just wrote a wrapper) ASR computes correlation matrix of the channels. You may want to include all channels rather than separate some of them (unless you reject them permanently). Applying it before rereferencing makes sense, since you want to clean the data (i.e. exclude noisy channels) before referencing.</div><div><br></div><div>Your pipeline looks fine to me. Good luck!</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><div><div><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 1, 2015 at 1:36 PM, Kevin Tan <span dir="ltr"><<a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Dr. Miyakoshi & EEGlab list members, <div><br></div><div>I'm exploring artifact subspace reconstruction (<font face="monospace, monospace">clean_rawdata</font> plugin) as an alternative to threshold-based artifact rejection. </div><div><br></div><div>I'm wondering whether to include EOG and ECG channels in ASR like in traditional ICA? Also, whether to apply ASR before referencing?</div><div><br></div><div>I am using a 128-channel BioSemi ActiveTwo with 8 external channels: M1, M2, bipolar hEOG, bipolar left vEOG, bottom right vEOG, and ECG. </div><div><br></div><div>BioSemi always records unreferenced. I recorded at 512hz for the sake of comp resources. </div><div><br></div><div>Here's my preliminary preproc pipeline: </div><div><ol><li>Import data using BDF plugin (unreferenced)<br></li><li>Add channel location info<br></li><li>CleanLine<br></li><li>ASR (including EOG/ECG?)<br></li><li>Reference to 128ch scalp average<br></li><li>ERPlab:<br></li><ol><li>Create Eventlist</li><li>Extract event-based epochs</li><li>Create averaged ERPs</li><li>Lo-pass @ 30hz</li></ol></ol></div><div>Any advice would be appreciated :-)</div><div><br></div><div>Many thanks, </div><div>Kevin</div><div><div><div><div dir="ltr"><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">--</font></div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Kevin Alastair M. Tan</font><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Lab Manager/Research Assistant<br></font><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Department of Psychology & Center for the Neural Basis of Cognition</font></div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif">Carnegie Mellon University</font></div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><div><div><font size="1" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://www.google.com/maps/place/40%C2%B026%2729.5%22N+79%C2%B056%2744.0%22W/@40.4414869,-79.9455701,61m/data=!3m1!1e3!4m2!3m1!1s0x0:0x0" target="_blank">Baker Hall 434</a> | <a href="mailto:kevintan@cmu.edu" target="_blank">kevintan@cmu.edu</a> | <a href="http://tarrlabwiki.cnbc.cmu.edu/index.php/KevinTan" target="_blank">tarrlab.org/kevintan</a></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>