<div dir="ltr">Dear Alexander,<div><br></div><div>Makoto's pipeline is perfect for applying ADJUST, and I agree with Makoto that you should not remove blink and eye movement artifacts before doing ICA, otherwise there will not be clear artifact "examples" that ICA can identify.</div><div><br></div><div>For an alternative preprocessing pipeline, see ADJUST tutorial here: <a href="http://www.unicog.org/pm/uploads/MEG/TutorialADJUST1_1.pdf">http://www.unicog.org/pm/uploads/MEG/TutorialADJUST1_1.pdf</a></div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Marco    </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 3 June 2015 at 20:14, Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Alexander,<div><br></div><div>Here is Makoto's pipeline for your info</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto%27s_preprocessing_pipeline" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto%27s_preprocessing_pipeline</a><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Don't use EOG artifact remover before ICA. Let ICA take care of it, since it's the best algorithm to decompose EOG and blinks. I compared 33ch vs. same data but reduced to 3ch (Fz, Cz, Pz) and run ICA. Interestingly, the first component in both results showed identical ERPimage!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">If you apply ICA, apply high-pass filter at 1Hz with transition bandwidth 1Hz (0.25-0.75Hz transition).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">You may not need to epoch before ICA. Make sure that you have enough (i.e. channel^2 x 30 or larger) datapoints if sampled at 250Hz (you can downsample to 125Hz if you inspect only up to 60Hz or around... this actually helps ICA)</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I have no experience with ADJUST, sorry.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">If you re-reference, do it to average reference. According to Jason Palmer, it's better that you average reference before ICA (but after bad-channel removal).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 29, 2015 at 5:26 AM, Alexander Quent <span dir="ltr"><<a href="mailto:alexander.quent@rub.de" target="_blank">alexander.quent@rub.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
I have a more general question concerning the order of steps in<br>
pre-processing process.<br>
<br>
Aim: I want to look at negative mean amplitudes between 440 and 540 msec.<br>
<br>
My set up:<br>
32 channels of which 4 are used for recording EOG and 1 is used an<br>
additional mastoid reference electrode.<br>
<br>
My general plan:<br>
I want to use remove artifacts using ICA. What I am asking myself is<br>
whether it is legitimate to remove EOG artifacts before running the ICA<br>
using a different plugin? Is the apparent redundancy in any way problematic?<br>
This is what I want to do:<br>
1. Removing slow linear trend (high pass filter circa 0.3 Hz)<br>
2. Removing EOG artifacts using BSS with AAR plugin<br>
(<a href="http://www.germangh.com/eeglab_plugin_aar/" target="_blank">http://www.germangh.com/eeglab_plugin_aar/</a>)<br>
3. Removing EOG channels<br>
4. Visually inspect data for artifacts<br>
5. Remove bad channels<br>
6. Low pass filter and epoching<br>
7. Run ICA<br>
8. Run ADJUST 1.1<br>
9. Re-reference to linked mastoid and baseline correction<br>
<br>
Since this is my first ERP analysis, I am sure whether this pipeline is<br>
legitimate: Especially due to the fact that I want use BSS and ICA, but<br>
also whether it is okay to re-reference to linked mastoid at the end.<br>
<br>
Maybe you have some advise for me.<br>
<br>
With best regards,<br>
Alexander Quent<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Marco Buiatti<br><br><span style="font-size:small">Neonatal Neurocognition Lab</span><br><span style="font-size:small">Center for Mind/Brain Sciences</span><br style="font-size:small"><span style="font-size:small">University of Trento,</span></div>Corso Bettini 31, 38068 Rovereto (TN), Italy<div>E-mail: <a href="mailto:marco.buiatti@unitn.it" target="_blank">marco.buiatti@unitn.it</a></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Phone: </span>+39 0464-808178</div><div><br>***********************************************</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>