<div dir="ltr"><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">Thanks Jason. This is what I did in Mac terminal. I didn't get any errors when I tried  </p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">[weights,sphere,mods] = runamica12( 'memorize.fdt', 'num_chans', 71,'outdir', outdir );</p><div><br></div><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><b><br></b></p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><b>$</b> cd /Users/administrator/Desktop/amica_matlab_scripts</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><b>amica_matlab_scripts administrator$</b> ls -l</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">total 25088</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">-rw-rw-rw-@ 1 administrator  staff  5205872 Jan 26  2012 amica12mac32</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">-rw-rw-rw-@ 1 administrator  staff  6479160 Jan 26  2012 amica12mac64</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><br></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><b>amica_matlab_scripts administrator$</b> chmod 755 amica12mac64</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><b>amica_matlab_scripts administrator$</b> ls -l</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">total 25088</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">-rw-rw-rw-@ 1 administrator  staff  5205872 Jan 26  2012 amica12mac32</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">-rwxr-xr-x@ 1 administrator  staff  6479160 Jan 26  2012 amica12mac64</p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><br></p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><br></p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><br></p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">Best</p><p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo">Srinivas</p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo"><br></p><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 8, 2015 at 10:21 AM, Jason Palmer <span dir="ltr"><<a href="mailto:japalmer29@gmail.com" target="_blank">japalmer29@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">From the error message, it looks like there is a permission problem. Can you use chmod or something in a Mac terminal to make amica12mac64 executable by all? I’m not a regular mac user, and don’t recall getting this in testing, but that’s the only thing I can see from the output. The binary is not running. As a baseline test, you should be able to run “amica12mac64 amicadefs.param” on the mac command line.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Jason<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Makoto Miyakoshi [mailto:<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Sunday, June 07, 2015 6:58 PM<br><b>To:</b> Tyler Grummett; Srinivas Kota; Jason Palmer<br><b>Cc:</b> EEGLAB List<br><b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] AMICA Error<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Dear Jason,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Could you help us here?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Makoto<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Thu, Jun 4, 2015 at 3:43 PM, Tyler Grummett <<a href="mailto:tyler.grummett@flinders.edu.au" target="_blank">tyler.grummett@flinders.edu.au</a>> wrote:<u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Hey Srinivas,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">AMICA has always struggled for me on matlab 2014a. I've run the code perfectly on 2012a and then used the same script in 2014a/b and it's given me the same kind of error.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I'm hoping someone with more experience will answer you, but it at least doesn't appear as though you're doing something wrong.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Hope that helps :)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Tyler<br><br><u></u><u></u></p></div><div><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>On 5 Jun 2015, at 7:00 am, Srinivas Kota <<a href="mailto:svkota@gmail.com" target="_blank">svkota@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">Any help would be appreciated with AMICA error.  <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I am using MATLAB R2014a on Mac OS 10.9.5. Here is the two lines of code I was trying to run.  <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">outdir = '/Users/administrator/Desktop/amica_practice/output';<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">runamica12( 'Memorize.fdt', 'num_chans', 71,'outdir', outdir );<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">To track error, I made minor changes in runamica12.m<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">% from line 850<u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">if RUN_LOCALLY == 1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    disp('line 852')<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    AMBIN<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    outdir<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    system([AMBIN ' ' outdir 'input.param'])<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    mods = loadmodout12(outdir)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    weights = mods.W(:,:,1);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    sphere = mods.S(1:mods.num_pcs,:);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    if isnumeric(dat)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">        delete(filename);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">        %system(['rm ' pwd filesep 'tmpdata.fdt']);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">        %system(['del ' pwd filesep 'tmpdata.fdt']);<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    end<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal"><b>Here is the error :</b><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">/bin/bash: qconf: command not found<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">/bin/bash: qconf: command not found<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">/bin/bash: qconf: command not found<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">No recognized parallel environment found. Run qconf -spl to get a list of available environments and use keyword use_pe.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Running locally with maximum of 4 threads.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">mkdir: /Users/administrator/Desktop/amica_practice/output/: File exists<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">line 852<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">AMBIN = /Users/administrator/Desktop/amica_matlab_scripts/amica12mac64<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">outdid = /Users/administrator/Desktop/amica_practice/output/<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:red">/bin/bash: /Users/administrator/Desktop/amica_matlab_scripts/amica12mac64: Permission denied</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">ans = 126<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">No gm present, setting num_models to 1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">No W present, exiting<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">mods = <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    num_models: 1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">      mod_prob: 1<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:red;background:#eeeeee">Reference to non-existent field 'W'.</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:red;background:#eeeeee">Error in runamica12 (line 856)</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:red;background:#eeeeee">    weights = mods.W(:,:,1);</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:red;background:#eeeeee">Error in prac_amica (line 7)</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:red;background:#eeeeee">runamica12( 'Memorize.fdt', 'num_chans', 71,'outdir', outdir );</span><u></u><u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal"><br>*********************************************************** <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">Srinivas Kota, Ph.D<br>Research Scientist<br>Movement and Neurosciences Center<br>Institute for Rehabilitation Science and Engineering<br>Madonna Rehabilitation Hospital<br>5401 South St, Lincoln, NE 68506<br>Email: <a href="mailto:svkota@gmail.com" target="_blank">svkota@gmail.com</a><br>Ph:  <a href="tel:%28618%29%20319-0471" value="+16183190471" target="_blank">(618) 319-0471</a> (cell)<span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:black"><br><a href="https://owa.madonna.org/owa/redir.aspx?C=RNnR5lrQvEmYU7lVtl6kLHIjwe3PiNAI8ouI90lD2Vnn4niuQ5QMBdLYDKmByFhfb525xS5XXT8.&URL=http%3a%2f%2fwww.madonna.org%2fresearch_institute%2findex.html" target="_blank"><span lang="EN" style="font-size:12.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">www.madonna.org/research_institute/index.html</span></a></span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:black"> </span><span lang="JA" style="font-size:10.0pt;font-family:SimSun;color:black">　</span><br>***********************************************************<u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div></div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><u></u><u></u></p></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><br>_______________________________________________<br>Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><br><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><br>***********************************************************<div>Srinivas Kota, Ph.D<br>Research Scientist<br>Movement and Neurosciences Center<br>Institute for Rehabilitation Science and Engineering<br>Madonna Rehabilitation Hospital<br>5401 South St, Lincoln, NE 68506<br>Email: <a href="mailto:svkota@gmail.com" target="_blank">svkota@gmail.com</a><br>Ph:  <a value="+16183190471">(618) 319-0471</a> (cell)<font color="#3F0080" face="Comic Sans MS,sans-serif" size="2"><span style="font-size:14px"><font color="black" face="Tahoma" size="2"><span style="font-size:10pt" dir="ltr"><font size="1"><span style="font-size:13px"><font face="Arial"><font size="2"><br><a href="https://owa.madonna.org/owa/redir.aspx?C=RNnR5lrQvEmYU7lVtl6kLHIjwe3PiNAI8ouI90lD2Vnn4niuQ5QMBdLYDKmByFhfb525xS5XXT8.&URL=http%3a%2f%2fwww.madonna.org%2fresearch_institute%2findex.html" target="_blank"><font face="Tahoma"><font size="3"><span style="font-size:12pt" lang="en">www.madonna.org/research_institute/index.html</span></font></font></a><font face="Tahoma"><span lang="en">
</span></font><font face="Tahoma"><span lang="ja">　</span></font></font></font></span></font></span></font></span></font><br>
***********************************************************</div></div></div>
</div></div>