<div dir="ltr">Dear Jeff and Iman,<div><br></div>> I wish I could prove it mathematically,<div><br><div>I read 'Behaviour of Granger causality under filtering: Theoretical invariance and practical application' by Barnett and Seth (2011) J Neurosci Methods. They say 'We now explain the theoretical basis for this possibly counterintiutive result' and showed the proof.</div><div><br></div><div>So, Iman, you were right after all!</div><div><br></div>> I know BESA proponents have argued about “future leaking into the past”, but I think that is simply a common sense notion that is not really true globally.<div><br></div><div>Ah huh, maybe that's the source of info I heard a while ago (however, it was definitely after 2011.)</div><div><br></div><div>According to Barnett and Seth (2011),</div><div><br></div><div><i>'The first and most important is the increase in model order entailed by filtering' and that's the potential problem of applying filter.'</i></div><div><i><br></i></div><div>Notably, they also say</div><div><i><br></i></div><div><i>'To aid intuition on this issue, recall that in practice highpass, lowpass, bandpass and notch filters are often applied for which the frequency response is very close to zero in the stop band, where filtered series will consequently have power spectra very close to zero. Further, for high-order filters (and particularly IIR filters) there may be steep roll-off on the edges of the stop band (e.g., elliptic filters ) and/or broad, flat spectra in the pass band (e.g. butterworth filters). Filtering thus "distorts" the power spectrum of the process so that filtered data will need to be modeled by a high order VAR to capture the detail in the modified spectrum'</i></div><div><br></div><div>If this is the cause of the problem, it does not completely help even if I use sliding window linear regression method for high-pass filter purpose, which is implemented in source information flow toolbox (SIFT; by Tim Mullen).</div><div><br></div><div>I also want to add that they recommend to use notch filter if line noise is present.</div><div><br></div><div>Thank you for your input!</div><div><br></div><div>Makoto<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 24, 2015 at 3:15 PM, K Jeffrey Eriksen <span dir="ltr"><<a href="mailto:eriksenj@ohsu.edu" target="_blank">eriksenj@ohsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">I agree that zero phase lag is best. Anything else distorts the phase relationships. I know BESA proponents have argued about “future leaking into the past”,
 but I think that is simply a common sense notion that is not really true globally.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">I wish I could prove it mathematically, but a simple simulation should demonstrate it. Maybe I will get around to it someday.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">-Jeff Eriksen<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10pt;font-family:Tahoma,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:10pt;font-family:Tahoma,sans-serif"> <a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a> [mailto:<a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Makoto Miyakoshi<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, June 23, 2015 5:59 PM<br>
<b>To:</b> Iman Mohammad-Rezazadeh</span></p><div><div class="h5"><br>
<b>Cc:</b> EEGLAB List<br>
<b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] Effect of anti-aliasing low-pass filter on connectivity analysis<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear Iman,<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">> Using causal filter may adversely effect the direction of information</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">flow in the GC analysis. It is recommended that one use a</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">non-causal filter (for example, finite impulse response filters) with</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">zero phase lag</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Really? The impulse response of the non-causal FIR filter spreads in both ways in the time domain, which means info of future events leak to past... I thought using causal filter with minimum phase makes more sense.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Makoto<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Tue, Jun 23, 2015 at 4:29 PM, Iman Mohammad-Rezazadeh <<a href="mailto:irezazadeh@ucdavis.edu" target="_blank">irezazadeh@ucdavis.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">
<span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black"><a href="http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2015.00194/abstract" target="_blank">http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fnhum.2015.00194/abstract</a></span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">
<span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">
<span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">Using causal filter may adversely effect the direction of information</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">
<span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">flow in the GC analysis. It is recommended that one use a</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">
<span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">non-causal filter (for example, finite impulse response filters) with</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">zero phase lag (</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:rgb(115,115,115)">Mullen
 et al., 2012</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:Minion-Regular,serif;color:black">, Coben and Rezazadeh, 2015)
</span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a name="14e27a41c87abdc9_14e22c10c4aae8fe__MailEndCompose"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span></a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a> [mailto:<a href="mailto:eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-bounces@sccn.ucsd.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Makoto Miyakoshi<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, June 23, 2015 2:07 PM<br>
<b>To:</b> Vito De Feo<br>
<b>Cc:</b> EEGLAB List<br>
<b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] Effect of anti-aliasing low-pass filter on connectivity analysis</span><u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you Vito for your response. Forgive me to ask you one more question.<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">As the ERP handbook by Luck (or his other book) recommends, anti-aliasing should better have the margin of 4-5 times of the new sampling rate e.g. if you downsample signlas to 250
 Hz, anti-aliasing low-pass at 125 Hz is the standard, but recommendation is 75 Hz or even 50 Hz. Well, I haven't tested it myself so I am not sure what bad it would do if I use 125 Hz (any comment on this, anyone?) but in this case, I guess the anti-aliasing
 low-pass filter does affect the subsequest connectivity analysis--am I correct (assuming that I analyze EEG up to 50 Hz)?<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Makoto<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, Jun 22, 2015 at 9:31 AM, Vito De Feo <<a href="mailto:vito.defeo@zmnh.uni-hamburg.de" target="_blank">vito.defeo@zmnh.uni-hamburg.de</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<blockquote style="border-style:none none none solid;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1pt;padding:0in 0in 0in 6pt;margin:5pt 0in 5pt 4.8pt">
<p class="MsoNormal">Dear Makoto,<br>
this will not affect the connectivity analysis if the frequency of interest are far from the Nyquist frequency. For example if you downsample to 500 Hz (Nyquist freq = 250 Hz) you will have no problem in the band 0-100 Hz.<br>
Best<br>
Vito<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
Il giorno 20/giu/2015, alle ore 00:28, Makoto Miyakoshi ha scritto:<br>
<br>
> Dear List,<br>
><br>
> If I use zero-phase low-pass filter for anti-aliasing, does it affect the subsequent connectivity analysis? I ask this because EEGLAB pop_resample() automatically applies it. If it does, is there a workaround? Should I use minimum phase causal filter for
 anti-aliasing?<br>
><br>
> --<br>
> Makoto Miyakoshi<br>
> Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
> Institute for Neural Computation, University of California San Diego<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt">> _______________________________________________<br>
> Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank">
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
> To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
> For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">
eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
<br>
<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(136,136,136)">--<br>
Pflichtangaben gemäß Gesetz über elektronische Handelsregister und Genossenschaftsregister sowie das Unternehmensregister (EHUG):<br>
<br>
Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf<br>
Körperschaft des öffentlichen Rechts<br>
Gerichtsstand: Hamburg<br>
<br>
Vorstandsmitglieder:<br>
Prof. Dr. Burkhard Göke (Vorsitzender)<br>
Prof. Dr. Dr. Uwe Koch-Gromus<br>
Joachim Prölß<br>
Rainer Schoppik</span><u></u><u></u></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">--
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Makoto Miyakoshi<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Makoto Miyakoshi<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San Diego<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div></div>