<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi Stephen, </p>
<p> </p>
<p>Thanks for your answer. </p>
<p> </p>
<p>I don't know if we actually need to segment the recording. The problem was that our data seems to have many huge bugs that completely distorted the spectrum results. I was not aware that you can mark artifacts before the time-frequency decomposition. Can
 I do that in a script, or it has to be done manually? Is there a specific function?</p>
<p> </p>
<p><span>A little more info about the windows: We started with this idea after reading it in some articles in our field. (ex:
<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23641206">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23641206</a>). In this article, they even filter each window separately. But in our method, all filtering steps were performed before, so we don't have to worry about the
 filter artifacts.  </span></p>
<p> </p>
<p><span>In our analysis, I am not trying to average the signals together, as with ERPs. We only want information on the Fourier spectrum.  I thought that we could compute it on each window, considering that we are only interested in frequencies above 5 Hz
 anyways. But I had not realized that the spectrums would appear so smooth. (Ex, with spectopo, with our 500 Hz sampling rate, a 1 second window can be analyzed with a winsize of 2^8 max. 2 seconds allows 2^9. Visually, there is a huge difference!).</span></p>
<p> </p>
<p><span>That's when I came with the idea of a re-concatenated signal. I am not sure how I could assess the quality of an analysis on that whole signal. Did I miss some important discussions already done or articles already published on this subject?</span></p>
<p> </p>
<p>Thanks again,</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>Emmanuelle</p>
<p> </p>
<p> </p>
<div style="color: rgb(33, 33, 33);">
<hr tabindex="-1" style="width: 98%; display: inline-block;">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font color="#000000" face="Calibri, sans-serif" style="font-size: 11pt;"><b>De :</b> politzerahless@gmail.com <politzerahless@gmail.com> de la part de Stephen Politzer-Ahles <spa268@nyu.edu><br>
<b>Envoyé :</b> 26 août 2015 04:26<br>
<b>À :</b> Emmanuelle Renauld<br>
<b>Cc :</b> eeglablist@sccn.ucsd.edu<br>
<b>Objet :</b> Re: [Eeglablist] EEG data processing questions</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>Hi Emmanuelle,<br>
<br>
</div>
Windows of 1 second are pretty short, and keep in mind that there will be frequency issues near the edges (for example, if you use a filter, then even if you don't re-concatenate the epochs, there will be filter artifacts introduced at the edges of the epoch).
 So the usable window of analysis, practically speaking, is even shorter than 1 second.<br>
<br>
</div>
Do you actually need to segment the recording? I work in event-related potentials, so I'm not familiar with what is standard for analyzing data without events/epochs. But it seems to me like it might be better to just run your time-frequency decomposition on
 the continuous data, and then in later analysis (for example, if you want to average across timepoints over the entire recording---if there were no stimulus events, then maybe time is meaningless anyway) just ignore timepoints that are close to artifacts (you
 can mark artifacts in the continuous data, without actually removing the data, before running the time-frequency decomposition). 
<br>
<br>
</div>
Best,<br>
</div>
Steve<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br clear="all">
<div>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div><br>
<br>
</div>
Stephen Politzer-Ahles<br>
New York University, Abu Dhabi<br>
Neuroscience of Language Lab<br>
<a href="http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/" target="_blank">http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/</a><br>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">On Mon, Aug 24, 2015 at 11:23 PM, Emmanuelle Renauld <span dir="ltr">
<<a href="mailto:emmanuelle.renauld.1@ulaval.ca" target="_blank">emmanuelle.renauld.1@ulaval.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255);" dir="ltr">
<p>Hi everyone</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>I have many trouble processing some data, due to the many bugs in the data. We don't know yet what causes them, maybe the cap is broken or some electrodes work bad, still to see.</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>Anyways, now here is what I do:</p>
<p> </p>
<p>- rereferencing</p>
<p>- filtering (0.5 - 50 Hz)</p>
<p>- Cutting the data into windows of 1 seconds. (They are not epochs; we don't have events informations).</p>
<p>- Removing the worst windows with some rejection criteria.</p>
<p>- Keeping the subjects where < 10% of the windows are removed.</p>
<p> </p>
<p>We I want to compute the statistics (ex, Fourier spectrum), I read that it was better not to re-concatenate the windows together since it could cause false frequencies. So I compute Fourier on each window and average their spectrum. However, smaller data
 = less precise fourier spectrum. I am not really satisfied with the results. I feel that sometimes, the spectrum with a concatenated signal would be better. In particular, when I tried, I could see more alpha.</p>
<p> </p>
<p>What do you think?</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>P.S. I tried using ICA instead, but with only 8 channels (7 after re-referencing), it is very hard to do!</p>
<p> </p>
<p> </p>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" target="_blank" rel="noreferrer">
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">
eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">
eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>