<div dir="ltr">Dear Chao,<div><br></div><div>> So, I just wonder how it assures the same correspondence across the 2 datasets when simply copying ICA weights from one to another.<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">That's a legitimate question!</div><div class="gmail_extra">'Copying ICA weight' we often say actually means copying EEG.icaweights, EEG.icachansind, and EEG.icasphere, as you can find these items when you 'copy ICA weights' from GUI ('Edit' -> 'Dataset info', bottom in the window.)</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto </div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 21, 2015 at 9:50 PM, chao wang <span dir="ltr"><<a href="mailto:hnchaowang@gmail.com" target="_blank">hnchaowang@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi, I am new in ICA and have a question related to this issue. Each column of ICA weight matrix is corresponding to a specific ICA component, but the sequences of components resulting from two different ICA processes (e.g. ica of 1 Hz and 0.01 Hz filtered datasets) might be very different. So, I just wonder how it assures the same correspondence across the 2 datasets when simply copying ICA weights from one to another.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Chao</div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 22, 2015 at 7:43 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>><br>To: Neil Bailey <<a href="mailto:neil.bailey@monash.edu" target="_blank">neil.bailey@monash.edu</a>><br>Cc: EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Date: Fri, 21 Aug 2015 16:43:24 -0700<br>Subject: Re: [Eeglablist] Applying ICA weights from 1Hz filtered data to 0.1Hz filtered data<br><div dir="ltr">Dear Neil,<div><br></div><div>I saw your code. I don't know what's wrong with it.</div><div>Maybe after copying the ICA matrices, you want to try</div><div><br></div><div>EEG = eeg_checkset(EEG, 'ica')'</div><div><br></div><div>to let EEGLAB re-calculate ICA activations etc. I'm not sure though if it will solve the problem.</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 19, 2015 at 8:29 PM, Neil Bailey <span dir="ltr"><<a href="mailto:neil.bailey@monash.edu" target="_blank">neil.bailey@monash.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all<div><br></div><div>I'm having trouble applying my ICA weights from 1Hz filtered data to my 0.1Hz filtered data.</div><div><br></div><div>I've been trying to use a script adapted from a previous post by Stefan Debener to take the ICA weights out of the 1Hz data and put them into the 0.1Hz data. The script is effective for transfering the ICA weights (they show up in the EEG.ica... sections of the 0.1Hz dataset), but when I plot the 0.1Hz dataset the components that I removed are still in the trace (ie. eye blinks remain in the trace). An example section of the script I'm using is listed below.</div><div><br></div><div>I'm applying the ICAs to epoched data rather than continuous data, but I can't see that that would be the problem. Am I missing a required step? Like perhaps removing the artifact components?</div><div><br></div><div>Load 1Hz filtered data set after ICA has been conducted and bad components have been removed, then:</div><div><pre style="color:rgb(0,0,0)">>><i> TMP.icawinv = EEG.icawinv;
</i>>><i> TMP.icasphere = EEG.icasphere;
</i>>><i> TMP.icaweights = EEG.icaweights;
</i>>><i> TMP.icachansind = EEG.icachansind;
</i>>><i>
</i>>><i> % apply to epoched dataset
</i>>><i> clear EEG;
</i>>><i> EEG = pop_loadset('filename', [SUBJ{s}, '_bcgrem.set'], 'filepath', PATHIN);
</i>>><i> EEG.icawinv = TMP.icawinv;
</i>>><i> EEG.icasphere = TMP.icasphere;
</i>>><i> EEG.icaweights = TMP.icaweights;
</i>>><i> EEG.icachansind = TMP.icachansind;
</i>>><i> clear TMP;
</i>>><i> EEG = pop_saveset(EEG, 'filename',[SUBJ{s}, '_epoched.set'],
</i>>><i> 'filepath',PATHOUT);
</i>>><i> [ALLEEG, EEG, CURRENTSET] = eeg_store(ALLEEG, EEG, 0);
</i>>><i>
</i>>><i> end
</i>>><i> eeglab redraw;</i></pre></div><div>Kind regards,</div><span><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Neil Bailey (PhD)</div><div>Monash Alfred Psychiatry Research Centre</div><div><a href="mailto:Neil.Bailey@Monash.edu" target="_blank">Neil.Bailey@Monash.edu</a></div><div>(03) 9076 5032</div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
eeglablist mailing list <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>
Eeglablist page: <a href="http://www.sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsub@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsub@sccn.ucsd.edu</a><br>
To switch to non-digest mode, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-nodigest@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-nodigest@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>