<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div>I've had this problem in the past, too, using BioSemi's 128-channel system, which uses the ABCD montage (not 10-20). I had to do some manual warping, in the end, and I tried about a dozen set of parameters (x-, y-, and z-shift, pitch, roll and yaw, and radius changes in each dimension as well). For "pop_dipfit_settings", I use the standard MNI template brain image provided in EEGLAB's BEM folder, the BEM "standard_vol_SCCN.mat", and the "standard_alphabetic.elc" coordinate file, and these co-registration parameters:</div><div><br></div><div>'coord_transform', [0 -12  5  -0.1  0 -1.5708 97.88 92 97.8781] </div><div><br></div><div>This both looks qualitatively like the electrodes are all on the scalp, and out of the dozen or so parameters I tried, is the one that maximizes the number of components with residual variances under 25%, which I take as a general sign of accuracy and good-fit. Nevertheless, most of my dipoles are always stuffed a bit further into the brain than I think is accurate (assuming that the cortex is what is primarily responsible for the EEG signal in the first place). </div><div><br></div><div>I am soon going to be working on a project that has structural MR scans for each participant, which I hope will help improve the localization from the dipole-fitting process.</div><div><br></div><div>Hope that helps!</div><div><br>James<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 17, 2015 at 3:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
   1. Registering EGI 128 Channel GSN Electrode Locations to<br>
      BESA/BEM Coordinates (Michael Boyle)<br>
   2. Re: Processing Startle in EEGlab (Tara Miskovich)<br>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Michael Boyle <<a href="mailto:mrboyle@live.unc.edu">mrboyle@live.unc.edu</a>><br>To: EEGLAB Discussion Mailing List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Cc: <br>Date: Wed, 16 Sep 2015 22:36:47 +0000<br>Subject: [Eeglablist] Registering EGI 128 Channel GSN Electrode Locations to BESA/BEM Coordinates<br><div dir="ltr"><div><div><div>Hey all,<br><br></div>I have been trying to get a good registration between the sensor locations provided by EGI for their 128 channel geodesic sensor net and the default BESA and BEM coordinate systems that DIPFIT provides, but the results are quite unsatisfactory with the standard warping methods (no manual warping). I have tried using the automatic warp when aligning just the 10-20 sensor locations, the 10-10 sensor locations that EGI reports to be within 1cm of an EGI GSN electrode (<a href="ftp://ftp.egi.com/pub/documentation/technotes/HydroCelGSN_10-20.pdf" target="_blank">ftp://ftp.egi.com/pub/documentation/technotes/HydroCelGSN_10-20.pdf</a>), both with and without fiducials, and even just assessing the correspondence visually shows that the fits are quite poor. I was wondering if anyone has had success getting a good registration particularly with the BESA coordinates, since that is the dipole fitting method I've converged on. The most noticeable issue with my registrations is with the frontal electrodes in either model (the Fz's for example are clearly not well coregistered). Possibly as a result, I have had, in a few cases, DIPFIT place the well-fitting dipole for eye blink components slightly within the brain and thus not automatically exclude them.<br><br></div><div>I can send pictures of my best attempts at registration to anyone interested.<br><br></div>Thanks for your help!<br></div>Michael<br></div>
<br><br></blockquote></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>James Jones-Rounds</div>Laboratory Manager<br>Human Development EEG and Psychophysiology (HEP) Laboratory,<div>Department of Human Development,<br>--------------------------------------------<br>Cornell University | Ithaca, NY<br></div><div>607-255-9883</div><div><a href="mailto:eeg@cornell.edu" target="_blank">eeg@cornell.edu</a></div></div></div>
</div></div></div>