<div dir="ltr">Dear Mina,<div><br></div><div>> 1) Removing bad channels *before* epoching: During examination of the continuous signal, if the parts that consist the epochs of interest are quite ok and only need to reject less than 5-10% of the epochs for bad channels, would it be ok to avoid interpolation, reject bad epochs, and *then* re-reference the good epochs that are left? <br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">re-referencing to average after removing bad channels. Epoch rejection does not matter (unless you have huge correlated noise that can be reduced by average referencing, which maybe very rare anyways)</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><div>> 2) Re-referencing to the common average: The data acquisition system was referencing to the common average online for some (unfortunate I guess) reason. Supposing I can extract enough epochs without bad electrode contamination, should I re-reference and if yes to what formula? </div><div><br></div><div>No. And if you want, you can reference to average for infinite amount of times because from the second time your channel average is 0.</div><div><br></div><div>> 3) Regarding the baseline subtraction: I am oriented towards single trial brain connectivity analysis. Should I do baseline subtraction?</div><div><br></div><div>Yes why not, but it may depend on your experimental design.</div><div><br></div><div>> The experiment has around 2 sec fixation cross and then the stimulus appears for 1 minute during which the subjects produce responses in self-paced manner. Whenever they come up with a response the press the button and say it. The epochs I will analyse are -1250 to -250 ms relative to the button press. If I should do baseline correction should I use the fixation cross interval or some resting eyes open intervals collected at the beginning of the experiment.</div><div><br></div><div>Epoch -1 to 2 seconds for the later ERSP/ITC purpose. Allow overlap of epochs, it's ok.</div><div><br></div><div>> 4) ICA: I did some tests and ended up with AMICA for EOG artifact removal, and then subsequently I used AAR to remove EMG artifact. Do you think this a proper way to deal with the artifacts?<br></div><div><br></div><div>I don't know what AAR is. We always recommend that you analyze ICs and not channel signals.</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 11, 2015 at 4:32 AM, Mina Marmpena <span dir="ltr"><<a href="mailto:mina.marmpena@gmail.com" target="_blank">mina.marmpena@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear EEGLAB list, <div><br><div>I have some EEG data from a cognitive experiment which I will analyze for my master thesis. I am not experienced with preprocessing and after I read Makoto's guidelines and other information in the internet I would like to ask for your help in some dilemmas I face.</div><div><br></div><div>1) Removing bad channels *before* epoching: During examination of the continuous signal, if the parts that consist the epochs of interest are quite ok and only need to reject less than 5-10% of the epochs for bad channels, would it be ok to avoid interpolation, reject bad epochs, and *then* re-reference the good epochs that are left? </div><div><br></div><div>2) Re-referencing to the common average: The data acquisition system was referencing to the common average online for some (unfortunate I guess) reason. Supposing I can extract enough epochs without bad electrode contamination, should I re-reference and if yes to what formula? </div><div><br></div><div>3) Regarding the baseline subtraction: I am oriented towards single trial brain connectivity analysis. Should I do baseline subtraction? The experiment has around 2 sec fixation cross and then the stimulus appears for 1 minute during which the subjects produce responses in self-paced manner. Whenever they come up with a response the press the button and say it. The epochs I will analyse are -1250 to -250 ms relative to the button press. If I should do baseline correction should I use the fixation cross interval or some resting eyes open intervals collected at the beginning of the experiment.</div><div><br></div><div>4) ICA: I did some tests and ended up with AMICA for EOG artifact removal, and then subsequently I used AAR to remove EMG artifact. Do you think this a proper way to deal with the artifacts?</div><div><br></div><div>Please take into consideration it's my first effort in the field and forgive my ignorance. </div><div><br></div><div>Thank you very much, </div><span class=""><font color="#888888"><div>Mina</div><div> </div><div><div><br></div><div><br></div></div></font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>