<div dir="ltr">Dear Simon,<div><br></div><div>> Regarding the data-input to statcond: so I could provide a one-element cell containing a single data matrix with the four dimensions electrode, frequency, time, subject?</div><div><br></div><div>See the statcond help. They have an example code in the help, so always start from there since it may be a little bit tricky for the first time.</div><div><br>> Regarding permutation: for a one-sample test against zero, I would have to flip the sign of the data of randomly selected subjects in order to permute the data. As I understand it, this is not implemented. Am I wrong?<br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">statcond({rand(1,1000}}</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">ruturned</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">NaN</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">So it does not run one-sample t-test I guess.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 18, 2015 at 1:47 AM, Simon Ruch <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.ruch@psy.unibe.ch" target="_blank">simon.ruch@psy.unibe.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Dear Makoto<br>
      <br>
      Thanks for your help. I will look into this and especially into
      statcondfieldtrip(). I would like to correct for multiple
      electrodes using the fieldtrip cluster correction method and
      permutation based statistics. <br>
      <br>
      Regarding the data-input to statcond: so I could provide a
      one-element cell containing a single data matrix with the four
      dimensions electrode, frequency, time, subject?<br>
      Regarding permutation: for a one-sample test against zero, I would
      have to flip the sign of the data of randomly selected subjects in
      order to permute the data. As I understand it, this is not
      implemented. Am I wrong?<br>
      <br>
      All the best,<br>
      Simon<br>
      <br>
      <br>
      <hr><br>
      <font size="-2"><br>
        <b>From:</b> <a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a><br>
        <b>Sent:</b> Freitag, September 18, 2015 5:36AM<br>
        <b>To:</b> Simon Ruch<br>
        <b>Cc:</b> Eeglab List<br>
        <b>Subject:</b> Re: [Eeglablist] contrast single-condition
        ersp/erp with baseline/zero: statistics<br>
      </font><font size="-1" face="Arial"> </font></div><div><div class="h5">
    <br>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">Dear Simon,
        <div><br>
        </div>
        <div><span style="font-family:Arial">> My basic question is:
            what ERP/ERSP does my sound presented during sleep evoke?</span></div>
        <div><span style="font-family:Arial"><br>
          </span></div>
        <div><span style="font-family:Arial">What an interesting
            question!</span></div>
        <div><span style="font-family:Arial"><br>
          </span></div>
        <div><span style="font-family:Arial">> To compute statistics,
            eeglab requires two conditions. How can I perform a
            one-sample test against zero or the baseline?</span><br>
        </div>
        <div class="gmail_extra"><br>
        </div>
        <div class="gmail_extra">It's better to use statcond() to
          perform one sample T test. If you have trouble extracting data
          from EEGLAB data structure let us know.<br>
        </div>
        <div class="gmail_extra"><br>
        </div>
        <div class="gmail_extra">Makoto</div>
        <div class="gmail_extra"><br>
          <div class="gmail_quote">On Tue, Sep 15, 2015 at 1:25 AM,
            Simon Ruch <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.ruch@psy.unibe.ch" target="_blank">simon.ruch@psy.unibe.ch</a>></span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
              <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"> <font size="-1"><font face="Arial">Hello<br>
                    <br>
                    I would like to contrast my evoked
                    potentials/perturbations against the pre-stimulus
                    baseline, respectively against zero (for baseline
                    corrected data). I would like to perform
                    significance tests that tell me where/when/at what
                    frequencies the signal peaks. My basic question is:
                    what ERP/ERSP does my sound presented during sleep
                    evoke? To compute statistics, eeglab requires two
                    conditions. How can I perform a one-sample test
                    against zero or the baseline?<br>
                    <br>
                    My approach so far:<br>
                    I created a dummy dataset as zero-control condition
                    for each participant. In this dataset: 
                    EEG.data(:,:,:) = 0. I used these datasets to create
                    a repeated measures study design (stimulus vs. zero
                    condition) and precomputed study parameters. In the
                    spectral data generated for the control condition
                    files (*.datersp), I replaced all NaNs with zeros
                    and set the baseline (chanX_erspbase) to the
                    baseline of the real data of the respective
                    participant. This allowed me to perform tests
                    against the baseline for both ERPs and ERSPs<br>
                    <br>
                    While this works fine, I was wondering if there is
                    an easier and more elegant approach to what I want.<br>
                    <br>
                    Kind regards<br>
                    Simon Ruch</font></font><br>
                <div>-- <br>
                  <font size="-2"><font face="Arial"> <br>
                      <br>
                      ________________________________________________<br>
                      <br>
                      <b>Simon Ruch, Dr. phil.</b><br>
                      University of Bern<br>
                      Department of Psychology, Division of Experimental
                      Psychology and Neuropsychology<br>
                      Center for Cognition, Learning and Memory (CCLM)<br>
                      Office A 362<br>
                      Fabrikstrasse 8<br>
                      CH-3012 Bern<br>
                      Switzerland<br>
                      Phone <a href="tel:%2B41%20%280%2931%20631%2037%2029" value="+41316313729" target="_blank">+41 (0)31
                        631 37 29</a><br>
                      <a href="mailto:simon.ruch@psy.unibe.ch" target="_blank">mailto:simon.ruch@psy.unibe.ch</a><br>
                      <a href="http://www.apn.psy.unibe.ch/content/team/henke/" target="_blank">http://www.apn.psy.unibe.ch/content/team/henke/</a><br>
                      <a href="http://www.cclm.unibe.ch/" target="_blank">http://www.cclm.unibe.ch/</a>
                    </font></font> </div>
              </div>
              <br>
              _______________________________________________<br>
              Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
              To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank"></a><a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
              For digest mode, send an email with the subject "set
              digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
            </blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          <div>
            <div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>
              Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
              Institute for Neural Computation, University of California
              San Diego<br>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>