<div dir="ltr">Dear Anja,<div><br></div><div>I see. Baseline correction is one of old and recurrent problem.</div><div><br></div><div>I guess this is rather a type of request. Please file it to EEGLAB bugzilla.</div><div><a href="https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/">https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/</a><br></div><div><br></div><div>Since you seem savvy in coding, I suggest the following code to start to build a manual workaround. Not checked with Matlab, so please use it with care at your own risk.</div><div><br></div><div>baselineIdx = find(EEG.tiems<0) % all negative latency</div><div>tmpData = EEG.data; % must be epoched</div><div>meanBaseline = squeeze(mean(tmpData(:,baseleineIdx,:)));</div><div>baselineValue = bsxfun(@minus, meanBaseline, tmpData);</div><div><br></div><div>I believe this is what EEGLAB does now (no?) You modify the last line to do what you want to do.</div><div><br></div><div>Makoto </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 26, 2015 at 7:14 AM, Thiede, Anja <span dir="ltr"><<a href="mailto:anja.thiede@helsinki.fi" target="_blank">anja.thiede@helsinki.fi</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hello,</p>
<p><br>
</p>
<p>I am working with newborn EEG data. We would like to remove the baseline, but not in a conventional way of removing the mean value of all channels from each individual channel, but rather by computing the baseline for each channel individually and removing
 it from the same channel.</p>
<p><br>
</p>
<p>In the corresponding EEGlab function rmbase() this issue is addressed in ln 94-107 by the variable rmeans.</p>
<p><br>
</p>
<p>Is there a straightforward way to implement this change?<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Best regards,</p>
<p>Anja Thiede</p>
<p><br>
</p>
<p>_________________________________________________________________________<br>
Anja Thiede, M.Sc.<br>
Doctoral student<br>
Cognitive Brain Research Unit (CBRU)<br>
Department of Behavioural Sciences<br>
University of Helsinki<br>
</p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>