<div dir="ltr">Dear Sebastian,<div><br></div><div>If you are separating conditions into different .set files, stop doing it. As long as your conditions are all within-subject, use one datafile per subject and let STUDY design separate the within-subject conditions. By doing so you can probably avoid the current issue.</div><div><br></div><div>Makoto </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 2, 2015 at 3:33 AM, Sebastian Grissmann <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebastian.grissmann@lead.uni-tuebingen.de" target="_blank">sebastian.grissmann@lead.uni-tuebingen.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi there,<br>
<br>
I had the same issue twice.<br>
<br>
The only (suboptimal) solution I found<br>
was to remove the subjects with NaN values.<br>
<br>
Best,<br>
Sebastian<br>
<br>
<br>
<br>
Quoting Nikola Vukovic <<a href="mailto:vukovicnikola@gmail.com" target="_blank">vukovicnikola@gmail.com</a>>:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
Hi Tarik,<br>
<br>
Indeed this seems to be a long standing bug - it has stalled my analysis<br>
for two weeks now... I have found one similar post on Bugzilla a couple of<br>
years ago, but it was not resolved, and so I posted it again there (<br>
<a href="https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/show_bug.cgi?id=1822" rel="noreferrer" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/show_bug.cgi?id=1822</a>), but it hasn't been<br>
looked at by the admins...<br>
<br>
As for EEGLab not knowing which dataset belongs to which subject, it must<br>
be due to some non-obvious field. At study creation, I tag all datasets<br>
with subject and condition information, like this:<br>
{ 'index' 1 'load' '/EEG/RF01/Epoched/RF01_S 1.set' 'subject' 'RF01'<br>
'condition' 'IAllo' }<br>
<br>
N<br>
<br>
On Tue, Dec 1, 2015 at 5:45 AM, Tarik S Bel-Bahar <<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
Greetings,<br>
<br>
I've seen this several times, and it's led to a lot of wasted time. I'm<br>
sure others have come across it before,  perhaps it was already mentioned<br>
it on eeglablist posts, did you check?.<br>
<br>
This issue sounds like a bug, if so it should be reported to the EEGLAB<br>
bugzilla.<br>
<br>
I believe that the problem is that eeglab is looking for exactly matching<br>
ICs across datasets that it considers to be coming from one ID or subject.<br>
I would also check if there is not some special information (such as ID or<br>
group) that is being read incorrectly and affecting how STUDY thinks about<br>
organizing the ICs.<br>
<br>
Try uploading a small study of short datasets with the ICs, which<br>
replicates the problem when STUDY is set up.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Wed, Nov 25, 2015 at 10:41 AM, Akshay Maggu <<a href="mailto:akshaymaggu86@gmail.com" target="_blank">akshaymaggu86@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
Hi Nikola,<br>
<br>
I am facing the same issue. All pre-processing steps carefully followed<br>
and ICAs done for all subjects. But still this 'Na' error (<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/sw6xvujbalidg24/error_preclustering.JPG?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/sw6xvujbalidg24/error_preclustering.JPG?dl=0</a>)<br>
pops up saying that some of the datasets have ICA decompositions missing.<br>
<br>
Let's see what experts on the list have to say about it.<br>
<br>
Akshay<br>
<br>
On Tue, Nov 24, 2015 at 7:33 AM, Nikola Vukovic <<a href="mailto:vukovicnikola@gmail.com" target="_blank">vukovicnikola@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear EEGLAB list<br>
<br>
I would be very grateful is someone could help me out with an error I've<br>
been getting. When I try to precluster components in a given STUDY (it<br>
happens for several study files), I get the following error:<br>
<br>
FOR CLUSTERING, YOU MAY ONLY USE DIPOLE OR SCALP MAP CLUSTERING. This is<br>
because some datasets do not have ICA pairs. Look for NaN values in<br>
STUDY.cluster(1).sets which indicate missing datasets. Each column in this<br>
array indicate datasets with common ICA decompositions.<br>
<br>
Looking inside the cluster(1).sets, I can indeed find some NaN fields, suggesting not all files have associated ICA decomposition data. This, however, is puzzling because I made sure to do ICA on each subject's dataset *before* epoching, meaning that all sets for individual conditions share the same weights for a subject. After getting this error I even tried to copy the weights (EEG.icawinv + EEG.icasphere + EEG.icaweights + EEG.icachansind) from the unepoched set to all the epoched ones.<br>
<br>
Did anyone have this error too, and how could it be solved?<br>
<br>
Thanks for any help,<br>
<br>
Nikola<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to<br>
<a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Akshay Raj Maggu,<br>
PhD Candidate,<br>
Laboratory for Language, Learning and the Brain,<br>
Department of Linguistics and Modern Languages,<br>
The Chinese University of Hong Kong,<br>
Hong Kong.<br>
Webpage: <a href="http://www.cuhk.edu.hk/lin/new/people/students/maggu/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.cuhk.edu.hk/lin/new/people/students/maggu/</a><br></div></div>
*Save trees.. Save life! Please don't print this email unless you really<br>
need to.....*<span class=""><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to<br>
<a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
</span></blockquote>
<br>
<br><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Sebastian Grissmann (Mag. rer. nat)<br>
PhD student<br>
<br>
LEAD Graduate School<br>
University of Tübingen<br>
Gartenstrasse 29 (1st floor)<br>
72074 Tübingen<br>
Germany<br>
Phone  <a href="tel:%2B49%207071%2029-73579" value="+4970712973579" target="_blank">+49 7071 29-73579</a><br>
<br>
<a href="http://www.lead.uni-tuebingen.de" rel="noreferrer" target="_blank">www.lead.uni-tuebingen.de</a></font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>