<div dir="ltr">Specifically, the method was first published by Makeig, Delorme, and company, in 2014, here: <div><br></div><div><br>"Neuroimage. 2014 Dec;103:391-400. doi: 10.1016/j.neuroimage.2014.09.010. Epub 2014 Sep 16.<br>RELICA: a method for estimating the reliability of independent components.<br>Artoni F1, Menicucci D2, Delorme A3, Makeig S4, Micera S5."</div><div><br></div><div>Thanks! I really think this is a game-changer in ensuring reproducible component-space results, and would like to begin implementing this method as soon as possible.</div><div><br>James</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 7, 2015 at 3:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send eeglablist mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://sccn.ucsd.edu/mailman/listinfo/eeglablist" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/mailman/listinfo/eeglablist</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:eeglablist-owner@sccn.ucsd.edu">eeglablist-owner@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of eeglablist digest..."<br>
<br>Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Average Reference after measuring 128 Ch using one of the<br>
      128 channels as reference (Cz)? (Ernesto Gonzalez Trejo)<br>
   2. RELICA download available? (James Jones-Rounds)<br>
   3. t2circ (Buz?s P?ter)<br>
   4. Re: Error while precomputing STUDY: NaN values in<br>
      cluster.sets (Tarik S Bel-Bahar)<br>
   5. Re: Electrolyte gel question (Tarik S Bel-Bahar)<br>
   6. Re: Time- frequency analysis (Makoto Miyakoshi)<br>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Ernesto Gonzalez Trejo <<a href="mailto:gonzalez@snn-unit.de">gonzalez@snn-unit.de</a>><br>To: <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>><br>Cc: eeglablist <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Date: Fri, 4 Dec 2015 10:33:03 +0100<br>Subject: Re: [Eeglablist] Average Reference after measuring 128 Ch using one of the 128 channels as reference (Cz)?<br>Dear Makoto,<br>
<br>
thanks again for your answer. Still:<br>
<br>
> If you have reference channel in your data, the recorded signal is (ref chan)<br>
> - (ref chan) = 0, so it should be flat. You want to remove this flat channel,<br>
> of course.<br>
<br>
As i mentioned on the previous emails, the reference channel in the recorded<br>
signal is NOT zero, due to the manufacturer (g.tec) settings (since there are no<br>
dedicated reference electrodes, the channel chosen as a reference will be<br>
measured against Ground and not against itself, in order not to lose the<br>
channel).  That's why i was not sure if this channel should be used within the<br>
averaging or if EEGLAB ignores it for the calculation of AR.<br>
<br>
It seems then, that EEGLAB ignores the reference channel (since theoretically<br>
should be 0) so from now on i will remove it pre-AR, and afterwards i will write<br>
the inverted mean of all electrodes into the reference channel (as it should be<br>
(ref chan-ref chan)-(average of all channels)).<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Ernesto<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
> On December 2, 2015 at 7:19 PM Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear Ernesto,<br>
><br>
> > Should I remove the reference channel from my data (select><br>
> If you have reference channel in your data, the recorded signal is (ref chan)<br>
> - (ref chan) = 0, so it should be flat. You want to remove this flat channel,<br>
> of course.<br>
><br>
> After average referencing, you may want to discard *any* one channel to make<br>
> the data full-ranked.<br>
><br>
> Makoto<br>
><br>
> On Wed, Dec 2, 2015 at 3:11 AM, Ernesto Gonzalez Trejo <<a href="mailto:gonzalez@snn-unit.de">gonzalez@snn-unit.de</a>><br>
> wrote:<br>
><br>
> > Dear Makoto,<br>
> ><br>
> >  thank you for your answer.<br>
> ><br>
> >  There is no problem when importing the data and setting Cz (ch 30) as<br>
> > reference<br>
> >  when i set the channel locations. But i don't know if it is valid for<br>
> > EEGLAB if<br>
> >  i assign one of my existing 128 channels as reference (by edit->channel<br>
> >  locations->set reference-> Channel Indices 1:128, Reference Cz).  There is<br>
> > no<br>
> >  exclusive reference channel appended at the end. Is this refrence<br>
> > assignment<br>
> >  only a label? does it matter when computing the average reference?<br>
> ><br>
> >  I can "synthesize" my question as follows: Should I remove the reference<br>
> > channel<br>
> >  from my data (select><br>
> ><br>
> > > On December 1, 2015 at 9:17 PM Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>><br>
> > > wrote:<br>
> > ><br>
> > > Dear Ernesto,<br>
> > > > i have a brief question<br>
> > ><br>
> > > I thought it was quite long, which is why I did not understand the<br>
> > > question.Let me start from here: What's the problem of importing the data<br>
> > > and<br>
> > > apply average reference?<br>
> > > REST is a good solution but I've never been used it myself. Does REST has<br>
> > > Matlab code? If it's available I'd love to try it out.<br>
> > > Another approach is Nima Bigdely-Shamlo's PREP. It'll do conscientious<br>
> > > channel<br>
> > > cleaning before average<br>
> > > referencing.<a href="http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2015.00016/abstract" rel="noreferrer" target="_blank">http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2015.00016/abstract</a><br>
> ><br>
> > > Makoto<br>
> > > On Thu, Nov 26, 2015 at 7:14 AM, Ernesto Gonzalez Trejo<br>
> > > <<a href="mailto:gonzalez@snn-unit.de">gonzalez@snn-unit.de</a>><br>
> > > wrote:<br>
> > > > Hi everyone,<br>
> > > ><br>
> > > > i have a brief question regarding a correct average referencing in<br>
> > > > EEGLAB,<br>
> > > > that until now i've been unable to solve. I've read the EEGLAB tutorial<br>
> > > > and<br>
> > > > also searched for some answers in the EEGLAB list but until now i didn't<br>
> > > > find one that helps me solve the problem.<br>
> > > ><br>
> > > > I am doing EEG measurements with 128 Channels, using the channel in the<br>
> > > > position Cz as reference(ch. 30 in my cap). During the acquisition, the<br>
> > > > amplifier properties have Cz set as reference for all electrodes, and <br>
> > > > the<br>
> > > > Cz electrode is then measured then against the ground. Additionally, two<br>
> > > > more channels (63-64) are on the earlobes and are usually discarded<br>
> > > > since<br>
> > > > i'm not using them as reference or for data analysis.<br>
> > > ><br>
> > > > Given the nature of the measurement I consider the average reference the<br>
> > > > way<br>
> > > > to go in order to represent better the brain activity.<br>
> > > ><br>
> > > > The acquisition is done through SIMULINK and saved into a MAT file, for<br>
> > > > post-processing in MATLAB. (The output is a 128xL matrix, where L is the<br>
> > > > length of the measurement in samples).<br>
> > > ><br>
> > > > The problem i have is that i can't seem to indicate correctly to EEGLAB<br>
> > > > that<br>
> > > > the reference used in my measurement is also part of the channels. When<br>
> > > > i<br>
> > > > import the mat file, i cannot give explicitely the channel (as stated on<br>
> > > > the<br>
> > > > import window's help:<br>
> > > ><br>
> > > > "Ref. channel indices or mode" - [edit box] current reference. This edit<br>
> > > > box<br>
> > > >  cannot be edited. To change data reference, use menu<br>
> > > >  Tools > Re-reference calling function pop_reref(). The reference<br>
> > > >  can be a string, 'common' indicating an unknow common reference,<br>
> > > >  'averef' indicating average reference, or an array of integer<br>
> > > >  containing the indices of the reference channels."<br>
> > > ><br>
> > > > Then, after I import the data without a reference, I select the channel<br>
> > > > locations (using a self-made loc file for the cap i use). Here, each one<br>
> > > > of<br>
> > > > the 128 channels has a label (10-10 system names for electrodes 1-64 and<br>
> > > > just the electrode number for 65-128). Once loaded, i click on "Set<br>
> > > > Reference" and write 1:128 as channel indices and Cz as "Reference".<br>
> > > > (Channel 30 has the label Cz and was the reference in the measurement).<br>
> > > > After the locations are set, i remove channels 63 and 64, since i don't<br>
> > > > want<br>
> > > > to use them for AR.<br>
> > > ><br>
> > > > So far, so good. After this i can just go and compute the average<br>
> > > > reference<br>
> > > > using the tools from EEGLAB. I wanted to validate the results so i kept<br>
> > > > doing some tests, and i realized that if i clicked on tools-rereference<br>
> > > > and<br>
> > > > then to "add current reference channel back to the data", the error :<br>
> > > ><br>
> > > > "There are no Reference channel defined, add it using the channel<br>
> > > > location<br>
> > > > editor"<br>
> > > ><br>
> > > > appeared, although in the main EEGLAB window the Reference is stated to<br>
> > > > be<br>
> > > > Cz and Channel locations as "Yes".<br>
> > > ><br>
> > > > Question 1:<br>
> > > ><br>
> > > > Could it be that i am giving the Reference wrong in the channel<br>
> > > > locations?<br>
> > > > After reading the tutorials i only got that the reference is usually<br>
> > > > given<br>
> > > > as an extra channel, which is appended to the locations. In this case,<br>
> > > > it is<br>
> > > > not an extra channel, but channel 30 of 128. Is it wrong then, to input<br>
> > > > this<br>
> > > > channel as i did in the channel locations?<br>
> > > ><br>
> > > > Question 2:<br>
> > > ><br>
> > > > Since i wanted to see how exactly the average referencing was working, I<br>
> > > > checked also the reref.m function from EEGLAB and tried to run it<br>
> > > > standalone<br>
> > > > as follows:<br>
> > > ><br>
> > > > output=reref(eeg,30,'exclude',[63 64],'keepref','on');,<br>
> > > ><br>
> > > > where i am only interesed on the average-referenced EEG (output) and i<br>
> > > > give<br>
> > > > a 128xL matrix (my EEG measurement), I indicate my reference was the<br>
> > > > channel<br>
> > > > (row) 30, and i exclude the earlobes (63 64).<br>
> > > ><br>
> > > > The output is however very different to the one i obtain with the method<br>
> > > > explained above in EEGLAB.<br>
> > > ><br>
> > > > In order to obtain the (mostly) same result as in EEGLAB i have to input<br>
> > > > the<br>
> > > > following:<br>
> > > ><br>
> > > > output=reref(eeg,30,'exclude',[30 63 64],'keepref','on');<br>
> > > ><br>
> > > > So, what exactly am i doing wrong here? I am probably specifying the<br>
> > > > reference in a wrong way. How should one manage such a reference system<br>
> > > > within EEGLAB or in the reref function? As i understand the calculation<br>
> > > > of<br>
> > > > average referencing, i should NOT use the values of the reference to<br>
> > > > calculate the mean of all electrodes, which would be afterwards<br>
> > > > subtracted<br>
> > > > from each one. And if i wanted to see the signal of Cz post-AR, i would<br>
> > > > have<br>
> > > > it by inverting the mean of all electrodes. If so, then the right way to<br>
> > > > go<br>
> > > > here would be to exclude also the channel 30 in the reref function. Is<br>
> > > > that<br>
> > > > right?<br>
> > > ><br>
> > > > I am using currently EEGLAB v13.4.4b on MATLAB R2013a<br>
> > > ><br>
> > > > Thanks in advance!<br>
> > > ><br>
> > > > EG<br>
> > > ><br>
> > > > _______________________________________________<br>
> > > >  Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
> > > >  To unsubscribe, send an empty email to<br>
> > > ><a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
> > > >  For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
> > > > <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
> > ><br>
> > > --<br>
> > > Makoto Miyakoshi<br>
> > > Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
> > > Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
><br>
> --<br>
><br>
> Makoto Miyakoshi<br>
> Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
> Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br>
<br>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: James Jones-Rounds <<a href="mailto:jj324@cornell.edu">jj324@cornell.edu</a>><br>To: EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Cc: Jihoon Lim <<a href="mailto:jl2382@cornell.edu">jl2382@cornell.edu</a>><br>Date: Fri, 4 Dec 2015 11:16:53 -0500<br>Subject: [Eeglablist] RELICA download available?<br><div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>Is a downloadable version of the RELICA toolbox, featured in this article: <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4330719/" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4330719/</a> (Callan DE, Durantin G, Terzibas C. Classification of single-trial auditory events using dry-wireless EEG during real and motion simulated flight. Frontiers in Systems Neuroscience. 2015) available yet?</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>James</div><div><br></div><div><div>-- <br><div><div dir="ltr"><div>James Jones-Rounds</div>Laboratory Manager<br>Human Development EEG and Psychophysiology (HEP) Laboratory,<div>Department of Human Development,<br>--------------------------------------------<br>Cornell University | Ithaca, NY<br></div><div><a href="tel:607-255-9883" value="+16072559883" target="_blank">607-255-9883</a></div><div><a href="mailto:eeg@cornell.edu" target="_blank">eeg@cornell.edu</a></div></div></div>
</div></div></div>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: "Buzás Péter" <<a href="mailto:peter.buzas@aok.pte.hu">peter.buzas@aok.pte.hu</a>><br>To: <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Cc: <br>Date: Fri, 4 Dec 2015 15:39:23 +0100<br>Subject: [Eeglablist] t2circ<br>Dear EEGLabListers,<br>
<br>
is anyone aware of an implementation of theT_square_circ test integrated in<br>
the EEGLab workflow? I mean the statistical test described by Victor and<br>
Mast ("A new statistic for steady-state evoked potentials",<br>
Electroencephalography and clinical Neurophvsiology, 1991, 78:378-388).<br>
<br>
As a novice to EEGLab, I would really appreciate your help.<br>
<br>
Peter Buzas<br>
<br>
<br>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Tarik S Bel-Bahar <<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com">tarikbelbahar@gmail.com</a>><br>To: Nikola Vukovic <<a href="mailto:vukovicnikola@gmail.com">vukovicnikola@gmail.com</a>><br>Cc: EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Date: Thu, 3 Dec 2015 23:51:29 -0500<br>Subject: Re: [Eeglablist] Error while precomputing STUDY: NaN values in cluster.sets<br><div dir="ltr"><div style="color:#333399">Thanks very much Nikola for sharing your experiences. So the workaround is manual but effective!</div><div style="color:#333399">This is close to what I remember, it was definitely an issue of missing or mismatched ICs, which I could not fully resolve.</div><div style="color:#333399">Will try to followup if I find anything useful. </div><div style="color:#333399">Respectfully,tarik</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 2, 2015 at 1:18 PM, Nikola Vukovic <span dir="ltr"><<a href="mailto:vukovicnikola@gmail.com" target="_blank">vukovicnikola@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">So I was playing some more with the STUDY files, and I found the solution! For some reason, the ICA matrices were not copied correctly from the continuous subject-level dataset into the separate epoched sets - despite the fact that loading the latter in eeglab shows the ICA as present, and even allows the components to be plotted. The solution for me was to manually copy the ICA weights from the non-NaN epoched sets to the problematic ones. Having done that, it seems to work now - I was able to precluster the STUDY components without the error message.<div>Hope this helps someone with a similar issue...</div><span><font color="#888888"><div>N</div></font></span><div><div><div class="gmail_extra"><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 2, 2015 at 12:33 PM, Sebastian Grissmann <span dir="ltr"><<a href="mailto:sebastian.grissmann@lead.uni-tuebingen.de" target="_blank">sebastian.grissmann@lead.uni-tuebingen.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi there,<br>
<br>
I had the same issue twice.<br>
<br>
The only (suboptimal) solution I found<br>
was to remove the subjects with NaN values.<br>
<br>
Best,<br>
Sebastian<br>
<br>
<br>
<br>
Quoting Nikola Vukovic <<a href="mailto:vukovicnikola@gmail.com" target="_blank">vukovicnikola@gmail.com</a>>:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div>
Hi Tarik,<br>
<br>
Indeed this seems to be a long standing bug - it has stalled my analysis<br>
for two weeks now... I have found one similar post on Bugzilla a couple of<br>
years ago, but it was not resolved, and so I posted it again there (<br>
<a href="https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/show_bug.cgi?id=1822" rel="noreferrer" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/show_bug.cgi?id=1822</a>), but it hasn't been<br>
looked at by the admins...<br>
<br>
As for EEGLab not knowing which dataset belongs to which subject, it must<br>
be due to some non-obvious field. At study creation, I tag all datasets<br>
with subject and condition information, like this:<br>
{ 'index' 1 'load' '/EEG/RF01/Epoched/RF01_S 1.set' 'subject' 'RF01'<br>
'condition' 'IAllo' }<br>
<br>
N<br>
<br>
On Tue, Dec 1, 2015 at 5:45 AM, Tarik S Bel-Bahar <<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div>
Greetings,<br>
<br>
I've seen this several times, and it's led to a lot of wasted time. I'm<br>
sure others have come across it before,  perhaps it was already mentioned<br>
it on eeglablist posts, did you check?.<br>
<br>
This issue sounds like a bug, if so it should be reported to the EEGLAB<br>
bugzilla.<br>
<br>
I believe that the problem is that eeglab is looking for exactly matching<br>
ICs across datasets that it considers to be coming from one ID or subject.<br>
I would also check if there is not some special information (such as ID or<br>
group) that is being read incorrectly and affecting how STUDY thinks about<br>
organizing the ICs.<br>
<br>
Try uploading a small study of short datasets with the ICs, which<br>
replicates the problem when STUDY is set up.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Wed, Nov 25, 2015 at 10:41 AM, Akshay Maggu <<a href="mailto:akshaymaggu86@gmail.com" target="_blank">akshaymaggu86@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div>
Hi Nikola,<br>
<br>
I am facing the same issue. All pre-processing steps carefully followed<br>
and ICAs done for all subjects. But still this 'Na' error (<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/sw6xvujbalidg24/error_preclustering.JPG?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/sw6xvujbalidg24/error_preclustering.JPG?dl=0</a>)<br>
pops up saying that some of the datasets have ICA decompositions missing.<br>
<br>
Let's see what experts on the list have to say about it.<br>
<br>
Akshay<br>
<br>
On Tue, Nov 24, 2015 at 7:33 AM, Nikola Vukovic <<a href="mailto:vukovicnikola@gmail.com" target="_blank">vukovicnikola@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear EEGLAB list<br>
<br>
I would be very grateful is someone could help me out with an error I've<br>
been getting. When I try to precluster components in a given STUDY (it<br>
happens for several study files), I get the following error:<br>
<br>
FOR CLUSTERING, YOU MAY ONLY USE DIPOLE OR SCALP MAP CLUSTERING. This is<br>
because some datasets do not have ICA pairs. Look for NaN values in<br>
STUDY.cluster(1).sets which indicate missing datasets. Each column in this<br>
array indicate datasets with common ICA decompositions.<br>
<br>
Looking inside the cluster(1).sets, I can indeed find some NaN fields, suggesting not all files have associated ICA decomposition data. This, however, is puzzling because I made sure to do ICA on each subject's dataset *before* epoching, meaning that all sets for individual conditions share the same weights for a subject. After getting this error I even tried to copy the weights (EEG.icawinv + EEG.icasphere + EEG.icaweights + EEG.icachansind) from the unepoched set to all the epoched ones.<br>
<br>
Did anyone have this error too, and how could it be solved?<br>
<br>
Thanks for any help,<br>
<br>
Nikola<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to<br>
<a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Akshay Raj Maggu,<br>
PhD Candidate,<br>
Laboratory for Language, Learning and the Brain,<br>
Department of Linguistics and Modern Languages,<br>
The Chinese University of Hong Kong,<br>
Hong Kong.<br>
Webpage: <a href="http://www.cuhk.edu.hk/lin/new/people/students/maggu/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.cuhk.edu.hk/lin/new/people/students/maggu/</a><br></div></div>
*Save trees.. Save life! Please don't print this email unless you really<br>
need to.....*<span><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to<br>
<a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
<a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
<br>
</span></blockquote>
<br>
<br><span><font color="#888888">
</font></span></blockquote></blockquote><span><font color="#888888">
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Sebastian Grissmann (Mag. rer. nat)<br>
PhD student<br>
<br>
LEAD Graduate School<br>
University of Tübingen<br>
Gartenstrasse 29 (1st floor)<br>
72074 Tübingen<br>
Germany<br>
Phone  <a href="tel:%2B49%207071%2029-73579" value="+4970712973579" target="_blank">+49 7071 29-73579</a><br>
<br>
<a href="http://www.lead.uni-tuebingen.de" rel="noreferrer" target="_blank">www.lead.uni-tuebingen.de</a></font></span><div><div><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Tarik S Bel-Bahar <<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com">tarikbelbahar@gmail.com</a>><br>To: Pamela Leigh Stevenson <<a href="mailto:pamela.stevenson@unb.ca">pamela.stevenson@unb.ca</a>><br>Cc: "<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>" <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Date: Fri, 4 Dec 2015 00:20:19 -0500<br>Subject: Re: [Eeglablist] Electrolyte gel question<br><div dir="ltr"><div style="color:#333399">Hello Pamela, it sounds like there used to be no bubbles! Try moving to another gel from another manufacturer, unless the eeg manufactuer has specified that the bubble gel is the only one that should be used with their EEG system/trodes. I've not seen bubbles in most gels. try contacting other RAs or labs. Try Elefix, Redux used with EGI systems. We also like Abralyte distributed by brain products with "grit" in it that helps with reducing impedances, it might be manufactured by easycap. All gels you try will likely wash out of your caps/trodes easily. Although unlikely, there may be some bits in your caps/trodes that don't like other gels besides the one you have. all the best.</div><div style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 1, 2015 at 5:29 PM, Pamela Leigh Stevenson <span dir="ltr"><<a href="mailto:pamela.stevenson@unb.ca" target="_blank">pamela.stevenson@unb.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hello everyone!</p>
<p><br>
</p>
<p>I would like to get your advice on an issue related to electrolyte gel:</p>
<p><br>
</p>
<p>We ordered some electrolyte gel this summer and noticed that it arrived full of bubbles. We contacted the company to let them know and they send us some replacement gel. Unfortunately, the replacement gel has just as many bubbles as the original batch. We
 sought advice on how to decrease the amount of bubbles from the company who makes the gel, but nothing they suggested has helped. This has made data collection much more difficult (in terms of reducing electrode impedance). </p>
<p><br>
</p>
<p>Have any of you experienced this? If so, have you been able to reduce the amount of bubbles in the gel? Can anyone suggest a brand of gel that you have had a good experience with?</p>
<p><br>
</p>
<p>Thank you for your advice/suggestions!</p>
<p>Pam<br>
<br>
</p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div>
<br><br>---------- Forwarded message ----------<br>From: Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>><br>To: Leonardo Lion <<a href="mailto:llionname@gmail.com">llionname@gmail.com</a>><br>Cc: EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>><br>Date: Mon, 7 Dec 2015 11:32:52 -0800<br>Subject: Re: [Eeglablist] Time- frequency analysis<br><div dir="ltr">Dear Leonardo,<div><br></div><div>I haven't tested the time-frequency baseline parameters myself so I'm afraid I'm not so much of your help.</div><div><br></div><div><div>> 1- For me, in order to select the baseline, I try first (with code) applying several values (a few ms before or after 0), and best on the worthy plot, I determine the suitable baseline. Is considered a good way to select the baseline?</div><div><br></div><div>No I don't think so. It seems as if you are cherry picking. Use the most reasonable and a priori definition of baseline and stick to it unless you have clear reason not to do so.</div><div><br></div><div>> 2-Now, without code, when I use the eeglab, 0 is the value that is selected by default in the time-frequency dialog (<span style="font-size:12.8px">pop_newtimef()</span>). In the case of my continuous data, when I change select values for my baseline, e.g., [0 300] or [-400 -200], I get the folllwing error message:</div><div>There are no sample points found in the default baseline. This may happen even though data time limits overlap with the baseline period (because of the time-freq. window width). Either disable the baseline, change the baseline limits.<br></div></div><div><br></div><div>Sorry but I have no idea about this. If you like please post it to EEGLAB Bugzilla</div><div><a href="https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/" target="_blank">https://sccn.ucsd.edu/bugzilla/</a><br></div><div><br></div><div><div>> a- My major aim is to know when to select any of the options of drop-down list (Use divisive baseline (DIV) as selecting them keep change the dB into e.g., STD, Use standard deviation (STD), Use single trial DIV baseline, and single trial baseline) because when I change the default option that produces dB unit, it will be change into STD.</div><div><br></div><div>If you don't know which one to use because you don't know what they do, use the default. If you know the differences but still not sure which one to use, make a decision. If you can't, use the default.</div><div><br></div><div>> Is the STD (or any of the left 3 choice in drop-down list) produces dB unit? In the 2 attached plots, I highlighted both default option and STD option results where the dB changed to STD.</div><div><br></div><div>No, if the unit is STD it probably means X times deviant from the baseline STD.</div><div><br></div><div>> b- When to select each of Use divisive baseline (DIV),Use standard deviation (STD), Use single trial DIV baseline, and Use single trial STD baseline? </div></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">The developer's implicit recommendation would be to use the default... I would take so.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 4, 2015 at 7:39 PM, Leonardo Lion <span dir="ltr"><<a href="mailto:llionname@gmail.com" target="_blank">llionname@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Makoto and the list, <div><br></div><div>Thanks a lot for your explanation and help. In fact, I still have some issues about this particular topic.</div><div><br></div><div>1- For me, in order to select the baseline, I try first (with code) applying several values (a few ms before or after 0), and best on the worthy plot, I determine the suitable baseline. Is considered a good way to select the baseline?</div><div><br></div><div>2-Now, without code, when I use the eeglab, 0 is the value that is selected by default in the time-frequency dialog (<span style="font-size:12.8px">pop_newtimef()</span>). In the case of my continuous data, when I change select values for my baseline, e.g., [0 300] or [-400 -200], I get the folllwing error message:</div><div><br></div><div>There are no sample points found in the default baseline. This may happen even though data time limits overlap with the baseline period (because of the time-freq. window width). Either disable the baseline, change the baseline limits.<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>How to solve this matter?</div><div><br></div><div>3- </div><div><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span><div>For baseline, when to select the option "Use standard deviation (STD)", "Single trial DIV baseline", and "Single trial STD baseline"?  When we change from one to another, does that change the dB unit or not, knowing that the default option "Use divisive baseline" produces bar column in dB. However, this bar color will be changed (e.g., std.) when we change the option into "Use Single trial STD baseline".</div></span></div><div><br></div><div>I believe the difference is how to take the baseline. It's my guess but sounds like the default is the std of the baseline period after averaging, while the 'single trial' option calculates it at single trials (I don't know exactly how). The dB unit will be the same, but the baseline values would be different since they are differently calculated.</div><div><br></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>a- My major aim is to know when to select any of the options of drop-down list (Use divisive baseline (DIV) as selecting them keep change the dB into e.g., STD, Use standard deviation (STD), Use single trial DIV baseline, and single trial baseline) because when I change the default option that produces dB unit, it will be change into STD. Is the STD (or any of the left 3 choice in drop-down list) produces dB unit? In the 2 attached plots, I highlighted both default option and STD option results where the dB changed to STD.</div><div><br></div><div>b- When to select each of Use divisive baseline (DIV),Use standard deviation (STD), Use single trial DIV baseline, and Use single trial STD baseline? </div><div><br></div><div><br></div><div>Kind regards, </div><span><font color="#888888"><div>Leonardo</div></font></span><span><div><br></div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Thu, Dec 3, 2015 at 9:42 AM, Leonardo Lion <span dir="ltr"><<a href="mailto:llionname@gmail.com" target="_blank">llionname@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi everyone, <div><br></div><div>My question is about applying ht e Time- frequency analysis on my continuous dataset (I don't have any epoch in the data).</div><div><br></div><div>In the EEGLAB, under the "Time-frequency transforms" option, there is a parameter called "Sub-epoch time limits". In the help of this parameter was written that "sub epochs may be extracted (note that this function aims at plotting data epochs not continuous data). You may select the new epoch limits in this edit box".</div><div><br></div><div><br></div><div>1- Does that mean, I can't do time-frequency analysis using "Time-frequency transforms" of EEGLAB because I don't have epochs in my data)? Is this could be a limitation of Time-frequency transforms (only dealing withe epoch data rather than continuous one)?</div><div><br></div><div>2- In same "Time-frequency transforms" option, what is the meaning of the word "log" that we find it in both "Log spaced" and "log power" parameters?</div><div><br></div><div>3- For baseline, when to select the option "Use standard deviation (STD)", "Single trial DIV baseline", and "Single trial STD baseline"?  When we change from one to another, does that change the dB unit or not, knowing that the default option "Use divisive baseline" produces bar column in dB. However, this bar color will be changed (e.g., std.) when we change the option into "Use Single trial STD baseline".</div><div><br></div><div><br></div><div>Kind regards, </div><span><font color="#888888"><div>Leonardo </div></font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><span><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></span></div><br></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
eeglablist mailing list <a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a><br>
Eeglablist page: <a href="http://www.sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsub@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsub@sccn.ucsd.edu</a><br>
To switch to non-digest mode, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-nodigest@sccn.ucsd.edu">eeglablist-nodigest@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>James Jones-Rounds</div>Laboratory Manager<br>Human Development EEG and Psychophysiology (HEP) Laboratory,<div>Department of Human Development,<br>--------------------------------------------<br>Cornell University | Ithaca, NY<br></div><div>607-255-9883</div><div><a href="mailto:eeg@cornell.edu" target="_blank">eeg@cornell.edu</a></div></div></div>
</div></div></div>