<div dir="ltr">Dear Adrien,<div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px">> Removing bad channels from epochs would be ideal, is there a function that supports it?</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px">No, that's not available.</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px">> I had been looking for one but only found methods for continuous data.</span><br></div><div><br></div><div>I see your point. There is Christian Kothe's plugin 'clean_rawdata' available.</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Plugin_list_process">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Plugin_list_process</a><br></div><div>This one cleans data for each 1-sec window AND channel. It's currently the smartest way to clean the raw EEG as far as I know. Here is Christian's explanation of how it works.</div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/plugins/ASR.pdf">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/plugins/ASR.pdf</a><br></div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 10, 2015 at 4:51 AM, Adrien Martel <span dir="ltr"><<a href="mailto:amartel@tcd.ie" target="_blank">amartel@tcd.ie</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Dear Makoto,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">thanks very much for the swift reply. I will use the amplitude threshold then, I’ve never used the improbability test but will definitely give it a look. </div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Removing bad channels from epochs would be ideal, is there a function that supports it? I had been looking for one but only found methods for continuous data.</div><span class=""><font color="#888888"><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Adrien</div></font></span><div><div class="h5"> <br><p>On December 10, 2015 at 00:55:39, Makoto Miyakoshi (<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite"><span><div><div></div><div>






<div dir="ltr">Dear Adrien,
<div><br></div>
<div>In calculating kurtosis if you have continuous zeros or
near-zero values it would fail. Remove those problematic portions
before calculating kurtosis.</div>
<div><br></div>
<div>By the way I don't recommend you use kurtosis for cleaning
epochs. Use simple amplitude threshold at +/-500 or around (i.e.
absolutely unacceptable), then improbability test with SD==5-8
(i.e. relatively bad).</div>
<div><br></div>
<div>Makoto</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Dec 8, 2015 at 7:12 AM, Adrien
Martel <span dir="ltr"><<a href="mailto:amartel@tcd.ie" target="_blank">amartel@tcd.ie</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
When using pop_rejchan with kurtosis (normalised) in the results
one of the channels is returned with the Measure NaN. Other methods
of that function return a value between 0.5-1.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
<br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
What could be the reason for this? This is after importing raw
data, filtering (0.5-40Hz with separate lowpass and then highpass)
and downsampling (512->256). </div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
When I look at the raw data, the channel seems weirdly flat but the
values do change. This happens with 2 subjects out of 3 on the same
channel (POz). I would just interpolate it after the rest of the
analysis but that channel is of particular interest to my
study.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
<br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
Any help would be greatly appreciated,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">
Adrien</div>
<br>
<div><br></div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>

For digest mode, send an email with the subject "set digest mime"
to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br></div>
--<br>
<div>
<div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>
Swartz Center for Computational Neuroscience<br>
Institute for Neural Computation, University of California San
Diego<br></div>
</div>
</div>
</div>


</div></div></span></blockquote></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>