<div dir="ltr">Dear Adrien,<div><br></div><div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">> Is there a way to import the data without referencing</div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">This is possible. Just import the data.</div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">> and use the pipeline to remove bad channels and reference with the robust algorithm? </div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">I thought that's what PREP does--otherwise what's the point?</div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">> Or should I reference to common average at import and then run the PREP pipeline? Would the latter not still introduce artefacts if there is a noisy channel?<br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">You don't need to reference when you import them. Re-referencing can be done anytime after importing. Maybe that EEGLAB warning for biosemi is a bit misleading.</div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">> The high-pass filter of the prep pipeline is said to be temporary so did I understand correctly that if the detrend high-pass is set to 1Hz I can still high-pass filter later at 0.5Hz for example?<br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">When PREP returns the data, they are NOT high-pass filtered at all.</div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">> Lastly, I’d like to use PREP pipeline with the command line (so as to run it for multiple subjects in a row), does anyone have an example option file that can be adapted and used to call the prep function?</div></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Did you check if there is sample code for batch process in the downloaded packet?</div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-size:13px;font-family:Helvetica,Arial;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 21, 2015 at 5:20 AM, Adrien Martel <span dir="ltr"><<a href="mailto:amartel@tcd.ie" target="_blank">amartel@tcd.ie</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Dear all,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">I’m trying to use the PREP pipeline to preprocess my data and I have yet another question concerning referencing.</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">As stated in the paper every form of referencing is problematic and the most commonly used (common average) can introduce huge artefacts if only one channel is noisy. The solution is to first remove bad channels. </div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">I’m wondering how to achieve this if during the import of BIOSEMI data a reference is required. Is there a way to import the data without referencing and use the pipeline to remove bad channels and reference with the robust algorithm? Or should I reference to common average at import and then run the PREP pipeline? Would the latter not still introduce artefacts if there is a noisy channel?</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">The converter given by BIOSEMI does not solve the problem as it still requires a form of referencing.</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">The high-pass filter of the prep pipeline is said to be temporary so did I understand correctly that if the detrend high-pass is set to 1Hz I can still high-pass filter later at 0.5Hz for example?</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Lastly, I’d like to use PREP pipeline with the command line (so as to run it for multiple subjects in a row), does anyone have an example option file that can be adapted and used to call the prep function?</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Thanks very much,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgb(0,0,0);margin:0px">Adrien</div><div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>