<div dir="ltr">Dear Leonardo,<div><br></div><div>Delorme et al. (2007) NeuroImage technical paper showed that epoch rejection on IC activations (not components!) rather than channel EEG is 2SD more efficient etc. If you haven't checked out the paper I recommend you do.</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 18, 2015 at 9:53 PM, Leonardo Lion <span dir="ltr"><<a href="mailto:llionname@gmail.com" target="_blank">llionname@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Dear Makoto,</p>
<p dir="ltr">Thank you so much for your helpful advices.</p>
<p dir="ltr">In fact, I didn't get the idea behind copying ICA weights from dataset to other, especially that I did this but didn't find any changes in the resulting dataset from the copying process. </p>
<p dir="ltr">Any highlights about this point?</p>
<p dir="ltr">Regards, <br>
Leonardo <br>
</p><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<div class="gmail_quote">On 19 Dec 2015 02:54, "Makoto Miyakoshi" <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Leonardo,<br><br>> 1- As I understood, we need to apply the ICA data because it is clean to the (e.g., raw data that is not clean). Is this correct? I.E., do I need to copy data from data number 7 to raw data (number one?) <br><br>The recommendation is that you run ICA, then you perform epoch rejection ON ICA-DECOMPOSED TIME SERIES (i.e. IC activation), then run ICA again.<br><br>> Let's say I performed ICA and now my data reached number 7 in the preprocess stage within eeglab. Now, I'm satisfy with the results of this data after ICA, how can I apply this note on the data Is it necessaay to apply the results (copy it) to the dataset 1(raw data)? if yes, then I need to do the follwing steps:<br><br>No, save the dataset instead. That's your cleaned data.<br><br>> 2- What is the next step after this important note? after copying the data, what should we do?<br><br>Compare ERP/ERSP/ITC/etc across conditions to answer your question.<br><br>FYI, there is alternative and unofficial wiki page for the preprocessing issue. <br><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline</a><br><br>Good luck.<br><br>Makoto<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 16, 2015 at 6:49 AM, Leonardo Lion <span dir="ltr"><<a href="mailto:llionname@gmail.com" target="_blank">llionname@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi EEGLAB list, <div><br></div><div>I have quesnito reslted to the impplimentation of ICA, my quesitno belong to the link </div><div><br></div><div><a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA</a><br></div><div><br></div><div>where there is this note:</div><div><br></div><div><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.05px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px"><u>Important note:</u> we believe an optimal strategy is to:</p><ol style="line-height:19.05px;margin:0.3em 0px 0px 3.2em;padding:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px"><li style="margin-bottom:0.1em">Run ICA</li><li style="margin-bottom:0.1em">Reject bad epochs (see the functions we developed to detect artifactual epochs and channels, if any, in the <a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_01:_Rejecting_Artifacts" title="Chapter 01: Rejecting Artifacts" style="text-decoration:none;color:rgb(90,54,150);background:none" target="_blank">tutorial on artifact rejection</a>). In some cases, we do not hesitate to remove more than 10% of the trials, even from 'relatively clean' EEG datasets. We have learned that it is often better to run this first ICA composition on very short time windows.</li><li style="margin-bottom:0.1em">Run ICA a second time on the 'pruned' dataset.</li><li style="margin-bottom:0.1em">Apply the resulting ICA weights to the same dataset or to longer epochs drawn from the same original (continuous or epoched) dataset. For instance, to copy ICA weights and sphere information from dataset 1 to 2: First, call menu <font color="brown">Edit > Dataset info</font> of dataset 2. Then enter <i>ALLEEG(1).icaweights</i> in the <i>ICA weight array ...</i> edit box, <i>ALLEEG(1).icasphere</i> in the <i>ICA sphere array ...</i> edit box, and press <i>OK</i>.</li></ol><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px">1- As I understood, we need to apply the ICA data because it is clean to the (e.g., raw data that is not clean). Is this correct? I.E., do I need to copy data from data number 7 to raw data (number one?) </span></font></div><div><br></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px">Let's say I performed ICA and now my data reached number 7 in the preprocess stage within eeglab. Now, I'm satisfy with the results of this data after ICA, how can I apply this note on the data </span></font><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif">Is it necessaay to apply the results (copy it) to the dataset 1(raw data)? if yes, then I need to do the follwing steps:</span><br></div></div><div><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif"><br></span></div><div><font color="brown" style="font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">Edit > Dataset info</font><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">of dataset 1. Then enter</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">ALLEEG(7).icaweights</i><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">in the</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">ICA weight array ...</i><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">edit box,</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">ALLEEG(7).icasphere</i><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">in the</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">ICA sphere array ...</i><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">edit box, and press</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> </span><i style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">OK</i><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">.</span><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">2- What is the next step after this important note? after copying the data, what should we do?</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">Thanks.</span></div><span><font color="#888888"><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px">Leonardo</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif"><br></span></div><div><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif"><br></span></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.7px;line-height:19.05px"><br></span></font></div><div><br></div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>