<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Hello Ben, </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">I've referenced before ICA with biosemi data, <br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">as well as only rereferencing after the ICA. I think both are near equivalent as long as you control for the rank in how you PCA the ICA. On the list I've seen suggestions for both pre-ICA and for post-ICA rereferencing.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Just rereference after the ICA. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Also make sure you are using only good channels for your rereferencing, whenever you do it.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Note that you probably have some issue with whole head coverage so average reference is not recommended.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">It cannot hurt to run ICA and rereferencing several different ways, and review the results for yourself. I don't think enough people take the time to do that.<br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">I think once you've ICAed, you can remove components safely, and then stay in channel-level data.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">I don't think any referencing of the ICA matrices themselves is necessary, though I may be wrong, please let us know if you find out otherwise.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 7, 2016 at 4:04 PM, Benjamin Skerritt-Davis <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsd@jhu.edu" target="_blank">bsd@jhu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I need some advice on cleaning BioSemi EEG data using ICA. I have data with 38 channels, and I would like to be able to analyze the data using different re-reference channels after ICA cleaning (e.g., linked mastoids, nose). My intuition is to run ICA on all 38 channels (before re-referencing) so the data is full rank, project out any "bad" components, then re-reference the cleaned data.  A couple of questions:</div><div><br></div><div>1) Given that BioSemi data is collected essentially "reference-free", is it OK to perform ICA before re-referencing?</div><div><br></div><div>2) After using ICA to remove eye blink components and project back to sensor space, can I re-reference the cleaned data directly?  Or do I need to first re-reference the original data AND the unmixing matrix from the ICA before removing the bad components?  </div><div><br></div><div><br></div><div>I've found conflicting answers to similar questions online, so I'm hoping for consensus this time around. =)</div><div><br></div><div>Thanks for the help,</div><div>-Ben</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div>