<div dir="ltr">Dear Ben,<div><br></div><div><div>> 1) Given that BioSemi data is collected essentially "reference-free", is it OK to perform ICA before re-referencing?</div><div><br></div><div>That's my understanding, since common-mode noise you reject by re-referencing is basically a linear operation which ICA should not be affected. HOWEVER, if your common-mode noise is huge, I recommend you average-reference before ICA--it may help (or not, I don't know but should not hurt).</div><div><br></div><div>> 2) After using ICA to remove eye blink components and project back to sensor space, can I re-reference the cleaned data directly?  Or do I need to first re-reference the original data AND the unmixing matrix from the ICA before removing the bad components?</div></div><div><br></div><div>I discussed it with my super smart colleague Jason Palmer. He strongly recommended you average-reference BEFORE ICA. The reason for it is that it realizes zero-sum assumption that dipole model has... which sounded quite trivial to me but again it does not hurt! If you re-reference before ICA you want to explicitly adjust the rank by pca option or you want to reject one channel (I always recommend this solution since simple).</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 7, 2016 at 1:04 PM, Benjamin Skerritt-Davis <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsd@jhu.edu" target="_blank">bsd@jhu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I need some advice on cleaning BioSemi EEG data using ICA. I have data with 38 channels, and I would like to be able to analyze the data using different re-reference channels after ICA cleaning (e.g., linked mastoids, nose). My intuition is to run ICA on all 38 channels (before re-referencing) so the data is full rank, project out any "bad" components, then re-reference the cleaned data.  A couple of questions:</div><div><br></div><div>1) Given that BioSemi data is collected essentially "reference-free", is it OK to perform ICA before re-referencing?</div><div><br></div><div>2) After using ICA to remove eye blink components and project back to sensor space, can I re-reference the cleaned data directly?  Or do I need to first re-reference the original data AND the unmixing matrix from the ICA before removing the bad components?  </div><div><br></div><div><br></div><div>I've found conflicting answers to similar questions online, so I'm hoping for consensus this time around. =)</div><div><br></div><div>Thanks for the help,</div><div>-Ben</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>