<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br><br></div>Thank you very much for your replies. They have been very useful. I will follow the advice and I will interpolate after running ICA. <br><br></div><div>I have another question related to the filters this time. <br><br>I am filtering between 1 and 30 Hz before running ICA. I have read 
that very low frequencies aren't good for ICA but the problem is that I 
have also read that the amplitude of the components might be reduced 
when low frequency are filtered. <br><br>D<b>o you thnik this might be a problem? In case it is </b>I have also found a way to apply the ICA weights from 1Hz filtered data to the 
0.1Hz filtered data.  <br><br><pre><i>Load 1Hz filtered data set after ICA has been conducted and bad
</i>>>><i> components have been removed, then:</i></pre><pre><i>>>* TMP.icawinv = EEG.icawinv;
</i>>>><i> *>>* TMP.icasphere = EEG.icasphere;
</i>>>><i> *>>* TMP.icaweights = EEG.icaweights;
</i>>>><i> *>>* TMP.icachansind = EEG.icachansind;
</i>>>><i> *>>>>* % apply to epoched dataset
</i>>>><i> *>>* clear EEG;
</i>>>><i> *>>* EEG = pop_loadset('filename', [SUBJ{s}, '_bcgrem.set'], 'filepath', PATHIN);
</i>>>><i> *>>* EEG.icawinv = TMP.icawinv;
</i>>>><i> *>>* EEG.icasphere = TMP.icasphere;
</i>>>><i> *>>* EEG.icaweights = TMP.icaweights;
</i>>>><i> *>>* EEG.icachansind = TMP.icachansind;
</i>>>><i> *>>* clear TMP;
</i>>>><i> *>>* EEG = pop_saveset(EEG, 'filename',[SUBJ{s}, '_epoched.set'],
</i>>>><i> *>>* 'filepath',PATHOUT);
</i>>>><i> *>>* [ALLEEG, EEG, CURRENTSET] = eeg_store(ALLEEG, EEG, 0);
</i>>>><i> *>>>>* end
</i>>>><i> *>>* eeglab redraw;*</i></pre><b>Do you think this would solve the problem?<br><br></b> ... and I have another problem related to the previous  point. I apply 
the same pre-processing (before running ICA) to the two data sets (1Hz 
filtered data and 0.1Hz filtered, following a protocol proposed by 
EEGLAB: <a href="http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto%27s_preprocessing_pipeline" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/wiki/Makoto's_preprocessing_pipeline</a>). 
 Using this protocol I reject epochs automatically but I don't get the 
same number of epochs in both datasets. The 0.1Hz filtered data is 
noisier, so I get less good epochs and I can't pass the ICA components from one datasets to the other. So, the questions are<br></div><div><br><br></div><div><b>Should I just export the epochs from one dataset to the other?</b><br></div><b>Do you know how to do that?<br><br><br></b></div><b>THANK YOU IN ADVANCE FOR YOUR HELP!<br></b></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Feb 28, 2016 at 1:39 AM, Tarik S Bel-Bahar <span dir="ltr"><<a href="mailto:tarikbelbahar@gmail.com" target="_blank">tarikbelbahar@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Andrea, I think you are re-referencing at a good time.  If you<br>
haven't had a chance to, try Googling the eeglablist + your<br>
keywords/questions to find any similar posts from the past. Makoto's<br>
pipeline mentioned in past eeglablist posts has a<br>
prototypical data processing pipeline. Consider staying in ICA space<br>
and analyzing the components.<br>
<br>
You wrote: 1- Is it possible interpolate channel in epoched data or is<br>
<span class="">it  better to always interpolate in continuous data?<br>
</span>**Yes, I think either way is fine, but it may depend on the algorithm<br>
that is used for interpolation.<br>
<br>
You wrote: 2- I have removed bad channels to run ICA, so those<br>
<span class="">channels are not in the list of channels to be interpolated anymore<br>
after ICA. So, is there a way to interpolate after removing channels?<br>
</span>**Yes, u should be able to use the interpolate function in eeglab gui.<br>
See also the matlab help and Google online documentation on<br>
interpolation function in eeglab.<br>
<br>
<br>
**Let's say you have 2 infants. One has 45 good channels for ICA, and<br>
one has 40 channels for ICA. No problem. Each one has their own ICA. I<br>
assume you will then "remove the bad ICs" and "rebuild the EEG data"<br>
for each participant. Then you would interpolate channels for each<br>
participant. Then you would have ICA-cleaned data from two<br>
participants, with the same 64 channels for each participant.<br>
<br>
**Please note that various groups drop  low channels below the ears<br>
and eyes line before ICA for infant data, e.g., J. Richards)<br>
<br>
***I would say take a look at the differences in any in ICA results<br>
when using jsut shorter (~1000 ms) epochs versus using longer (3000<br>
ms+) epochs. They shoud look very similar.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Thu, Feb 25, 2016 at 8:39 AM, Andrea Helo <<a href="mailto:andreahelo@gmail.com">andreahelo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear all,<br>
><br>
> I have an issue regarding ICA for artifact correction that I really would<br>
> appreciate some help with. I would also  appreciate if someone could approve<br>
> or suggest any modifications in my pre-processing order.<br>
><br>
> Here is some background information:<br>
> I have recorded children data (24-month-olds) with EGI, 128 channels.<br>
> The experiment contains 144 trials (72 per condition) where a picture is<br>
> presented during 500 ms  followed by a word (700 ms) then there is an<br>
> intertrial of 2500 ms (I trigger the trials manually when the child is<br>
> looking at the screen).<br>
> I exported the data, and I am currently starting to pre-process the data<br>
> using EGGLab.<br>
> I have created epochs of 3500 ms in order to run ICA to detect eye-movement<br>
> artifacts (I have chosen 3500ms because I would like to keep as much data as<br>
> possible for ICA. I would like to compare ERP in shorter epochs of 1000 ms<br>
> later).<br>
><br>
> My pre-processing order is the following:<br>
><br>
> Filtering (1HZ-30Hz),<br>
> Reducing number of channels to 64 and then removing bad channels<br>
> Re-referencing to average<br>
> Epoching (3500ms),<br>
> Removing baseline,<br>
> Removing bad epochs<br>
> Running ICA to detect artifacts<br>
><br>
> One thing I am not sure about is whether I am re-referencing- at the right<br>
> point.<br>
><br>
> Another issue is interpolation. I have read that it is not recomended<br>
> interpolate before running ICA . So I am removing bad channels before<br>
> running ICA but as a consequence I am having different amount of channels<br>
> per subject. I have also read that it is possible interpolate after running<br>
> ICA but I am not sure how to do it and I have two doubts related to that:<br>
><br>
> 1- Is it possible interpolate channel in epoched data or is it  better to<br>
> always interpolate in continuous data? I have run ICA in epoched data first<br>
> and after that I will have to interpolate in the epoched data.<br>
> 2- I have removed bad channels to run ICA, so those channels are not in the<br>
> list of channels to be interpolated anymore after ICA. So, is there a way to<br>
> interpolate after removing channels?<br>
><br>
><br>
> Thanks in advance for your help,<br>
><br>
> --<br>
> Andrea<br>
><br>
><br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> _______________________________________________<br>
> Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
> To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
> For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to<br>
> <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature">Andrea <br><br></div>
</div>