<div dir="ltr"><div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">​Hello Irene, some quick comments below. Best wishes.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">​</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">​******************​</div><br></div><div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">​1. you could try reducing with the PCA flag in the runica function. this would effectively give you "fewer components" than the "number of channels" that go into ICA. Check out runica documentation in matlab, and online tutorial info on running ICA if you haven't had a chance to yet. However there are some issues with a PCA vs.ICA approach, for some researchers the differences between the two approaches are very important, whereas other researchers use PCA whenever they think it's necessary to "reduce dimensionality".</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">2. Have not heard of an option where one can tell eeglab's ICA function to ignore some channels. Check and see in the  AMICA distribution, it might have some advanced functions like that.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">3. I think within eeglab you have to have the all and only the channels you want ICA to use inside the data before starting ICA, and nothing else. In other words, it may not be easy to just ask ICA to skip or not include some channels. </div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">4. Remember that after ICA eeglab needs the EEG data to have the same number of channels that were there when ICA is run. I think also any file you want to apply the ICA solution to needs to have the same channels as the file that went into ICA.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">5. I would suggest removing and saving the special channels you want to keep but that you want ICA to ignore. So for ICA, don't have those channels "in" the dataset.</div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">Perhaps you can analyze or add those channels in later if you need to.  </div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)"><br></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(51,51,153)">6. Please refer to pass eeglablist discussions and Makoto's pipeline for recommendations on how to maintain the rank of the data before feeding it to ICA (usually by removing one channel from the whole set if you have done re-referencing). </div></div><div class="gmail_extra"><br></div></div>