<div dir="ltr">Dear Belen,<div><br></div><div>I hope the authors of the papers have already given you explanations.</div><div><br></div><div>I thought European Journal of Neuroscience would publish a nice technical paper about baseline correction method that criticized the paper you cited. Their idea was simple; when you compute a joint baseline for ERSP, make sure that you concatenate baseline data of all single trials (more than 30? if I remember correctly) to compute unbiased baseline data... something like that.</div><div><br></div><div>Makoto</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 22, 2016 at 2:19 AM, Belen De Sancristobal <span dir="ltr"><<a href="mailto:bdesancr@uottawa.ca" target="_blank">bdesancr@uottawa.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
I am following the Methods described in Grandchamp, R. and Delorme, A. Front Psychol, 2011.<br>
In particular, I am applying the full-epoch length single trial correction using eqs. 1, 3, 5 and 6 (this is what is called ERSP_Full-log in the paper). I follow this equations for each frequency and channel of interest individually. However I am interested, at the end, on grouping my results in 6 frequency bands (delta, theta, alpha, low-beta, high-beta and low-gamma). Here is my first question: Can I average my ERSP across frequencies within each band after applying eq. 6 and not before? This means that I do my average across frequencies after I average across trials.<br>
I am building my own Matlab code in order to make sure that I understand the steps.<br>
<br>
My second concern is regarding the computation of significance. Here I am following the baseline permutation method described in the same paper. It is said that prior to computing statistics, single-trial power estimates need to be baseline corrected. Since to compute my ERSP estimates I followed the full-epoch length single trial correction procedure, I did not divide by the baseline (actual pre-stimulus baseline) until I averaged across trials (classical baseline approach as opposed to single-trial baseline correction). Hence, I understand that to proceed with the statistics I have to, after doing the full-epoch length single trial correction, divide by real baseline on a single-trial basis as well. Is this correct?<br>
Once I have done that I compute the surrogate distribution for my baseline period and compute the exact p-values for the original ERSP values from a Wilcoxon test. However, this original ERSP values are now the ones obtained from a single-trial baseline correction as opposed to baseline correction on the resulting trial averages. Does this makes sense or I am confused?<br>
Because I am interested on frequency bands, for this statistical analysis I am already using ERSP signals that are averaged across frequencies within bands.<br>
<br>
Hope it is clear enough.<br>
Thanks a lot,<br>
Belen S<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>