<div dir="ltr">Dear Clemens,<div><br></div><div>Even though I do have a case I am investigating regarding the same re-referencing issue after adding an additional channel, the rule of thumb is that 1) do not add any additional channel 2) after re-referencing, reject one channel to match the rank (or use PCA option when running ICA to specify channel-1 rank).</div><div><br></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6666669845581px">> Perhaps not the two mastoids, thus 63 channels for the ICA?</span><br></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6666669845581px"><br></span></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6666669845581px">If you say this because 65-2 == 63, you reason in a wrong way. The two channels you think here must be the mastoids, but for any re-referencing, rank reduction is just by 1. In your case, if there are 64 channels for data recording, after re-referencing you should reject any one channel (or PCA to reduce rank) to run ICA so that your rank is 63, hence 64-1 == 63 is correct (as I said, this reasoning could be changed after the investigation I mentioned).</span></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6666669845581px"><br></span></div><div><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6666669845581px">Makoto </span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 16, 2016 at 7:27 AM, Clemens DICKHUT <span dir="ltr"><<a href="mailto:clemens.dickhut@uni.lu" target="_blank">clemens.dickhut@uni.lu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="LB-LU" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none">I am using a 64 channel acticap, online reference FCz. To recover FCz I append a 65th channel and rereference to the average. Then, I rereference to linked mastoids (TP9, TP10).<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal">When running an ICA now, I try to include all 65 channels and a window popped up saying the rank computation may be inaccurate (?). I changed the channel number from 64 to 65 and ran the analyses.  All the resulting components where the
 same (kind of mastoid topgraphy). I am therefore asking which electrodes I have to include for the ICA... Perhaps not the two mastoids, thus 63 channels for the ICA?
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I am including my code for the rereferencing here<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:forestgreen">% Get channel locations, append FCz, set as reference<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">EEG = pop_chanedit(EEG,
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'lookup'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'C:\\Program Files\\MATLAB\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'append'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,64,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'changefield'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{65
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'labels'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'FCz'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'lookup'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'C:\\Program
 Files\\MATLAB\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'setref'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'1:65'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'FCz'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">});</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">[ALLEEG EEG] = eeg_store(ALLEEG, EEG, CURRENTSET);</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">EEG = pop_chanedit(EEG,
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'setref'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'1:65'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'FCz'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">});<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:forestgreen">% Average reference
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">EEG = pop_reref( EEG, [],</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'refloc'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,struct(</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'labels'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'FCz'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'type'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">''</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'theta'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{0},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'radius'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{0.12662},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'X'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{32.9279},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'Y'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{0},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'Z'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{78.363},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'sph_theta'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{0},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'sph_phi'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{67.208},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'sph_radius'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{85},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'urchan'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{65},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'ref'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'FCz'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">},</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'datachan'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,{0}));</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 1,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'setname'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'average_ref'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'overwrite'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'on'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'gui'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'off'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">);
</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">EEG = eeg_checkset( EEG );</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black"></span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:forestgreen">% Re-reference to linked mastoids (TP9 TP10) and retain the two channels
</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">EEG = pop_reref( EEG, [17 22] ,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'keepref'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'on'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">);</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 1,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'setname'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'ref_linked_mastoids'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'overwrite'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'on'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'gui'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">,</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:#a020f0">'off'</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">);
</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New";color:black">[ALLEEG EEG] = eeg_store(ALLEEG, EEG, CURRENTSET);</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Courier New""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I am looking forward to your ideas.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Clemens <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div>