<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Thank you all for your suggestions; I have used them to create a 'template' dataset for channel locations. By editing the channel locations either manually or using the code provided earlier I can properly put a 'Cz' channel in the dataset.</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"> However, I am still running into the issue where Cz has a different waveform depending on whether pop_interp was used or the  </span><span style="font-size:12.8px;color:rgb(80,0,80)">"add ref channel back to data" option in pop_reref. This issue shows up even with datasets that have been preprocessed/cleaned with ICA, so I don't think it's a matter of bad channels. </span><div style=""><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Therefore, I am still uncertain as to which option is valid. My current working assumption is that pop_reref includes 'Cz' in the average computation, thereby producing different results. The wrinkle in this hypothesis is that activity at all sites except 'Cz' is identical - only at 'Cz' is there a discrepancy. This can be seen in these images:</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><a href="https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!3143&authkey=!ADQdX1b8aLVm9Vo&v=3&ithint=photo%2cpng">https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!3143&authkey=!ADQdX1b8aLVm9Vo&v=3&ithint=photo%2cpng</a></span><br></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><a href="https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!3144&authkey=!AFhRR52ewq1woDc&v=3&ithint=photo%2cpng">https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!3144&authkey=!AFhRR52ewq1woDc&v=3&ithint=photo%2cpng</a>  </span><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style="font-size:12.8px">Here is a link containing a sample dataset and the code I use for each of the two options. I would greatly appreciate it if someone could confirm what I'm witnessing and advise on what is wrong here (perhaps I'm missing something obvious). </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style="font-size:12.8px"><a href="https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!3146&authkey=!ALCzmvm0xZVfAJk&ithint=folder%2cpng" target="_blank">https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!3146&authkey=!ALCzmvm0xZVfAJk&ithint=folder%2cpng</a><br></div></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Thank you, </div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-04-20 23:04 GMT-04:00 Makoto Miyakoshi <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Isaiah,<div><br></div><div><span class=""><div>> 1) There seem to be two options - interpolation using pop_interp and the checkbox to "add ref channel back to data" using pop_reref. They produce different results when used:</div><div><a href="https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!2206&authkey=!AMJUTORsc9y3ao4&v=3&ithint=photo%2cpng" target="_blank">https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!2206&authkey=!AMJUTORsc9y3ao4&v=3&ithint=photo%2cpng</a><br></div><div>It seems from the discussion here that interpolation after rereferencing is the correct option - I assume because these functions differ in how they calculate Cz?<br></div><div><br></div></span><div>I thought whichever works is fine...until I clicked the link. Wow. Why are they so different? Are you sure that you rejected all bad channels before the process?</div><span class=""><div><br></div><div>> 2) After interpolation I receive the following message: "Warning: some channels have the same label." Checking the chanlocs struct there are now two Cz entries, one marked as a data channel and one not. Is this a problem?</div><div><br></div></span><div>I believe you can't have two channels with the same name.</div><span class=""><div><br></div><div>> Should I delete the non - data Cz?<br></div><div><br></div></span><div>Yes, why not.</div><span class=""><div><br></div><div>> 3) When interpolating Cz, do I need to have a dataset with Cz from the same subject or can it be any dataset with Cz?</div><div><br></div></span><div>I thought that's easier if you are using EEGLAB. Have one 'template subject' who has all the channels, and always refer to the one to interpolate whatever is 'missing' compared with it.</div><span class=""><div><br></div><div>> Do I have to manually edit pop_chanedit to get Cz in a dataset?<br></div></span></div><div><br></div><div>Whichever more convenient for you (and works) is fine.</div><div><br></div><div>Makoto</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Mon, Apr 18, 2016 at 1:32 PM, Isaiah Innis <span dir="ltr"><<a href="mailto:isainnis@umail.iu.edu" target="_blank">isainnis@umail.iu.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">---------- Mensaje reenviado ----------</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">From: Makoto Miyakoshi <<a href="mailto:mmiyakoshi@ucsd.edu" target="_blank">mmiyakoshi@ucsd.edu</a>></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">To: Fang-Yu Chang <<a href="mailto:hardheard101@gmail.com" target="_blank">hardheard101@gmail.com</a>>, EEGLAB List <<a href="mailto:eeglablist@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist@sccn.ucsd.edu</a>></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Cc: </span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Date: Wed, 13 Apr 2016 12:25:54 -0700</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Subject: Re: [Eeglablist] Re-referrence to average and add Cz back</span><span><br style="font-size:12.8px"><div dir="ltr" style="font-size:12.8px">Dear Fang-Yu,<div><br></div><div><div>> If I would like to add Cz back with computing average, should I operate " 're-reference'-> 'Compute average reference' with 'add current reference channel back to the data' ?"<br></div><div><br></div><div>Compute average reference first and then interpolate Cz next.</div><div><br></div><div>> I would like to ask more question. You mentioned one(any) channel need to be discarded after computing average. How do I discard one channel? I operated " 'Edit' -> 'Channel locations' -> 'delete channel' " by EEGLAB, but it didn't work. I'm not sure it is right to operate like this.<br></div><div><br></div></div><div>Yes this is confusing. Sorry for that. What you need to do is to 'Select data' and not channel editing. Select a channel to discard from the list, check the box to perform rejection for the selected (otherwise it'll leave the selected).</div><div><br></div><div>Makoto</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 12, 2016 at 11:44 PM, Fang-Yu Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:hardheard101@gmail.com" target="_blank">hardheard101@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Makoto,<div><br></div><div>Thanks for your reply. I think I just confused with adding Cz back and interpolating Cz, and Cz dose exist in my dataset. </div><div>If I would like to add Cz back with computing average, should I operate " 're-reference'-> 'Compute average reference' with 'add current reference channel back to the data' ?"</div><div><br></div><div>I would like to ask more question. You mentioned one(any) channel need to be discarded after computing average. How do I discard one channel? I operated " 'Edit' -> 'Channel locations' -> 'delete channel' " by EEGLAB, but it didn't work. I'm not sure it is right to operate like this.</div><div>Thanks for your help in  advanced.<br></div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Fang-Yu Chang</div></div></blockquote></div></div></div></span></div><div><br></div><div><br></div><div>Hello EEGLab list:</div><div><br></div><div>I still have some confusion regarding Re-referrencing to average and adding Cz back for an EGI system. </div><div><br></div><div>1) There seem to be two options - interpolation using pop_interp and the checkbox to "add ref channel back to data" using pop_reref. They produce different results when used:</div><div><br></div><div><div><a href="https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!2206&authkey=!AMJUTORsc9y3ao4&v=3&ithint=photo%2cpng" target="_blank">https://onedrive.live.com/redir?resid=A1398B0A4C8F85DE!2206&authkey=!AMJUTORsc9y3ao4&v=3&ithint=photo%2cpng</a><br></div></div><div><br></div><div>It seems from the discussion here that interpolation after rereferencing is the correct option - I assume because these functions differ in how they calculate Cz? </div><div><br></div><div>2) After interpolation I receive the following message: "Warning: some channels have the same label." Checking the chanlocs struct there are now two Cz entries, one marked as a data channel and one not. Is this a problem? Should I delete the non - data Cz? When importing channel locations for our 64 channel system, there are 68 values in chanlocs; after interpolation there are 69.</div><div><br></div><div><br></div><div>3) When interpolating Cz, do I need to have a dataset with Cz from the same subject or can it be any dataset with Cz? Do I have to manually edit pop_chanedit to get Cz in a dataset?  I have been using datasets from the same subject, but this issue has made me question that. </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you in advance, <span><font color="#888888"><br clear="all">-- <br><div><div dir="ltr">Isaiah Innis<br>Indiana University '13<br>EEG Technician, IUB IRF<br><br></div></div>
</font></span></div></div>
<br></div></div><span class="">_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu" target="_blank">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Isaiah Innis<br>Indiana University '13<br>EEG Technician, IUB IRF<br><br></div></div>
</div>