<div dir="ltr"><div><div>You need to do <span><span>Freesurfer</span></span> <span><span><span class="">pre</span></span></span>-<span><span><span class="">processing</span></span></span> before loading an MR image:<br><br><span><span><span><span><span>Freesurfer</span></span></span></span></span> <span><span><span class="">pre</span></span></span>-<span><span><span class="">processing</span></span></span>:<br><br><span><span>mri_convert</span></span> -i fine_name.nii -ot analyze -o test1.img<br>mri_nu_correct.mni --i test1.img --o t1c.img --n 2<br><span><span>mri_convert</span></span> -i t1c.img --conform_size 1 --out_orientation PSR -ot analyze -o test2.img<br><br></div><div>It will arrange the orientation and the dimension of the image.<br><br></div>Thanks,<br></div>Zeynep.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 17, 2016 at 12:49 PM, Greg Mierzwinski <span dir="ltr"><<a href="mailto:gmierz1@live.ca" target="_blank">gmierz1@live.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>I seem to be receiving an error whenever I try to save either the "Filtered Image" or "Segmentation" image from the Image Segmentation sub-menu of NFT. I'm wondering if I am causing this problem by not having something set correctly or if this is a bug?
 Here is the error I get: </p>
<p><br>
</p>
<p>------------------------------------------------------------------------------------------------------------</p>
<p></p>
<div>Subscripted assignment dimension mismatch.</div>
<div><br>
</div>
<div>Error in Segmentation>pushbuttonSaveFiltered_Callback (line 957)</div>
<div>   filt_im(:,:,i) = rot90(filt_im(:,:,i),3);</div>
<div><br>
</div>
<div>Error in gui_mainfcn (line 75)</div>
<div>        feval(varargin{:});</div>
<div><br>
</div>
<div>Error in Segmentation (line 61)</div>
<div>    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});</div>
<div><br>
</div>
<div>Error in</div>
<div>@(hObject,eventdata)Segmentation('pushbuttonSaveFiltered_Callback',hObject,eventdata,guidata(hObject))</div>
<div><br>
</div>
<div> </div>
<div>Error while evaluating uicontrol Callback</div>
<p></p>
<p>----------------------------------------------------------------------------------------------------------</p>
<p><br>
</p>
<p>The image I am trying to segment has dimensions 290x200x290.</p>
<p><br>
</p>
<p>I did some more digging into the |pushbuttonSaveFiltered_Callback| and noticed that 'i' was 1 when it stopped working but the value of M was 290. <span style="font-size:12pt">From what I can see here, the image should be in a saggital orientation, but
 it seems as if it should work with or without the specific orientation.</span><span style="font-size:12pt"> </span></p>
<p><span style="font-size:12pt"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size:12pt">Thanks,</span></p>
<p><span style="font-size:12pt">Greg</span></p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div>