<div dir="ltr">Dear Matthew,<div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">> EEGLAB</span><span style="font-size:12.8px"> provides a warning that failing to indicate a reference on importation will add noise to the data.  Am I correct in understanding that, regardless of this warning, if BIOSEMI is imported without indicating a reference and then put through the PREP pipeline, that subtracting out the robust average reference will negate this issue of noise?  That is what I think is correct but I would like wiser heads to confirm it.</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Basically yes.</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Biosemi amps does not perform 'common mode noise rejection' itself, but it lets users to perform it by re-referencing. For example, when I analyzed Biosemi data which I forgot to re-reference, I encountered highly non-stationary 60Hz noise that can't be treated with CleanLine at all. However, this weird noise got disappeared when I applied re-referencing.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">However, I said 'basically' because when you start thinking exact cancellation of the common mode noise, channel rejections and interpolation may affect the exactness (of course, still better than including noisy channels). I believe that this deviation from the 'exact' cancellation is negligible (without empirically testing it ...)</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">> Second, I have already imported all of my data using the mastoid electrodes as the reference.  If I understand correctly, if I apply the PREP pipeline to this imported and mastoid-referenced data, even after re-referencing to the robust average, I would still be vulnerable to contamination from a noisy mastoid electrode, as that noise would have been added to all of the data. </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Yes, I agree with you.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">> Or would re-referencing to the average successfully negate that problem?</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Yes, re-referencing to average will cancel the effect of the initial reference.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Whew, thinking about these problems is a good learning experience for myself too.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Makoto</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 31, 2016 at 2:09 PM, Matthew Stief <span dir="ltr"><<a href="mailto:ms2272@cornell.edu" target="_blank">ms2272@cornell.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hello,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I have a question regarding the robust referencing approach of PREP and how it relates to the importation of BIOSEMI data that asks for an reference electrode when it is being imported.  For my data we used mastoid electrodes anticipating that these would be used as the reference on importation.  </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><span>EEGLAB</span> provides a warning that failing to indicate a reference on importation will add noise to the data.  Am I correct in understanding that, regardless of this warning, if BIOSEMI is imported without indicating a reference and then put through the PREP pipeline, that subtracting out the robust average reference will negate this issue of noise?  That is what I think is correct but I would like wiser heads to confirm it.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Second, I have already imported all of my data using the mastoid electrodes as the reference.  If I understand correctly, if I apply the PREP pipeline to this imported and mastoid-referenced data, even after re-referencing to the robust average, I would still be vulnerable to contamination from a noisy mastoid electrode, as that noise would have been added to all of the data.  Or would re-referencing to the average successfully negate that problem?  It would be convenient if I didn't have to start from scratch with the unimported data as the channel locations for each subject (109 of them) have been set up and they vary slightly by cap size so it would be some labor to make sure that that was all set up again correctly in the new pipeline of the raw unimported data.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">_________________________________________________________________<br>Matthew Stief<br>Human Development | Sex & Gender Lab | Cornell University<br><a href="http://www.human.cornell.edu/hd/sexgender" target="_blank">http://www.human.cornell.edu/hd/sexgender</a><br><br>One ought to know that on the one hand pleasure, joy, laughter, and games, and on the other, grief, sorrow, discontent, and dissatisfaction arise only from the brain. It is especially by it that we think, comprehend, see, and hear, that we distinguish the ugly from the beautiful, the bad from the good, the agreeable from the disagreeable.<br>-Hippocrates<div><br></div><div>Is the blood the element with which we think, or the air, or the fire? or perhaps nothing of the kind--but the brain may be the originating power of the perceptions of hearing and sight and smell, and memory and opinion may come from them, and science may be based on memory and opinion when they have attained fixity.</div><div>-Plato</div></div></div></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Makoto Miyakoshi<br>Swartz Center for Computational Neuroscience<br>Institute for Neural Computation, University of California San Diego<br></div></div>
</div></div>