<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:#333399">Hello Fang-yu, some responses below. Cheers!</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">1. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399">If you apply the 1 hz ICA results to the .01 hz files, you may have some problem. Google the eeglab list for previous mentions of this. It's kind of a problem, as 1 hz highpass if recommended for good ICA decompositons, but filtering can create artifacts in erps and eeg. It's best to follow steps in a top-level publication using the technique (a recent eeglab paper where you see this done).</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">To apply the ICA you need same channels in the file without ICA and the file with ICA.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">2.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Eyeblink ICs are not usually removed at the creation of the study when the ICs with high-dipole variance are removed from consideration. Eyeblink and lateral ICs usually have (incorrect) inside-the-head localizations near the eyes. You will usually get a cluster of eyeblink ICs in the study IC clusters. You may also use the eyeblink-specific eeglab toolboxes, or the ICA-rejection toolboxes including SASICA or  IC-MARC from Frolich, which can also detect blink and lateral eye artifact. </div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399">3.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Double check that you are are discarding the one channel AFTER you average reference. This might help the message go away.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399">Google the eeglab list for past extensive discussions on the topic of rank and some common error messages/questions, including response from Jason Palmer and Makoto.</div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div><div class="gmail_default" style="color:#333399"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 13, 2016 at 10:07 AM, Fang-Yu Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:hardheard101@gmail.com" target="_blank">hardheard101@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear EEGLABlisters,<div><br></div><div>I would like to ask three questions.</div><div><br></div><div>First,</div><div>If I would like to apply ICA metrics which is from high-pass at 1 hz to high-pass at 0.01hz dataset, should the dataset be same condition? In my situation, before running ICA, should removed bad channels be the same for both 1 Hz and 0.01 Hz high-pass filtered datasets.</div><div><br></div><div>Second,</div><div>About creating STUDY. By "Makoto's preprocessing pipeline" reads "<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:13px">Importantly, creating STUDY means you clean your data, because you can 1) Exclude dipoles with > 15% residual variance (Artoni et al., 2014), and 2) outside brain. Don't forget that this is very powerful cleaning, and this is why you don't need to manually reject ICs at the individual level. Don't forget to set STUDY.design before you start precompute.</span>" My question is can eye blinks be removed as well during this step?</div><div><br></div><div>Third,</div><div>I applied 1 Hz high-pass filter, imported channel location, removed bad channels, did re-reference to average (discard 1 channel) and then ran ICA. However, there was a message showing a rank-deficient in the dataset. Should I continue anyways? Or are there any other ways to solve this kind of problem?</div><div><br></div><div>Thanks your help in advance.</div><div><br></div><div>Sincerely,</div><div>Fang-Yu Chang</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Eeglablist page: <a href="http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/eeglab/eeglabmail.html</a><br>
To unsubscribe, send an empty email to <a href="mailto:eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu">eeglablist-unsubscribe@sccn.ucsd.edu</a><br>
For digest mode, send an email with the subject "set digest mime" to <a href="mailto:eeglablist-request@sccn.ucsd.edu">eeglablist-request@sccn.ucsd.edu</a><br></blockquote></div><br></div>